四環素類藥物能夠與骨骼中的鈣結合，抑製骨骼和牙齒的發育。大環內酯類的紅黴素。泰樂菌素易發生肝損害和聽覺障礙。氨基糖甙類藥物如鏈黴素、慶大黴素和卡那黴素主要損害前庭和耳蝸神經，導致眩暈和聽力減退。磺胺類藥物能夠破壞人體的造血機能。長期接觸有這些藥物殘留的動物性食品，可能有害健康，引起慢性中毒。
3.1.3“三致”作用即致癌、致畸、致突變作用苯丙咪唑類藥物是一種廣譜抗寄生蟲藥物，通過抑製細胞活性，可殺滅蠕蟲及蟲卵。這類藥物幹擾細胞的有絲分裂，具有明顯的致畸作用和潛在的致癌、致突變效應。雌激素、砷製劑、喹惡琳類、硝基呋喃類和硝基咪唑類藥物等都已證明有“三致’作用，許多國家都禁止用於食品動物，一般要求在食品中不得檢出。喹諾酮類藥物是一類新型廣譜抗菌藥、藥效高、毒性低，在國內養殖業中用量很大，這類藥物主要影響原核細胞DNA的合成，但個別品種已在真核細胞內顯示出致突變作用。磺胺二甲嘧啶等一些磺胺類藥物在連續給藥中能夠誘發齧齒動物甲狀腺增生，並具有致腫瘤傾向。鏈黴素具有潛在的致略作用。這些藥物的殘留超標，將嚴重影響人類的健康。
3.2變態反應
一些抗菌藥物如青黴素、磺胺類、氨基糖苷類和四環素類能引起變態反應。青黴素類藥物使用廣泛，其代謝和降解產物具有很強的致敏作用。喹諾酮類藥物也可引起變態反應和光敏反應。輕度的變態反應僅引起算麻疹、皮炎。發熱等，嚴重的導致休克，甚至危及生命。
3.3對胃腸道微生物的影響
在正常情況下，人體的胃腸道存在大量菌群，且互相拮抗、製約以維持平衡。如果長期接觸有抗微生物藥物殘留的動物性食品，部分敏感菌群受到抑製或殺死，耐藥菌或條件性致病菌大量繁殖，微生物平衡遭到破壞，引起疾病的發生，損害人類的健康。
3.4誘導耐藥菌株
抗微生物藥物的廣泛使用，特別是在飼料中長期亞治療劑量添加抗微生物藥物，易於誘導耐藥菌株。細菌的耐藥基因位於R-質粒上，能在細胞質中進行自主複製，既可以遺傳，又能通過轉導在細菌間進行轉移和傳播。關於人和動物之間耐藥質粒的傳遞問題，一直存在爭論，但已有實驗證實了耐藥基因可以在人和動物之間相互傳遞，即動物原的耐藥菌株可以向人傳播。
另外，人們長期接觸有抗微生物藥物殘留的動物性食品，也會直接誘導人體內的耐藥菌株。
3.5激素樣作用
性激素及其類似物主要包括甾類同化激素和非甾類同化激素，70年代前，許多國家將其作為畜禽促生長劑。肝、腎和注射或埋植部位常有大量同化激素存在，被人食用後可產生一係列激素樣作用；潛在的致癌性、發育毒性（兒童早熟）、女性男性化和男性女化性。近年來我國常有兒童性早熟的報道，這與養殖業中非法使用性激素作促生長劑致使其殘留於動物食品中有關。另外，磺胺二甲嘧啶的激素樣作用也在研究中。
3.6生態環境毒性
獸藥及其代謝產物通過糞便、尿等進入環境，由於仍具生物活性，對周圍環境有潛在的毒性，會對土壤微生物、水生生物及昆蟲等造成影響，這是近年來國內外研究的熱點。
阿維菌素類藥物對低等水生動物、土壤中的線蟲和環境中的昆蟲均有較高的毒性作用。同化激素隨排泄物進入環境成為環境激素汙染物，如汙水中lng/L的雌二醇即能誘導雄魚發生雌性化。抗球蟲藥常山酮對水生動物（如魚、蝦）有很強的毒性。有機砷製劑作為添加劑大量使用，隨排泄物進入環境後，對土壤固氮細菌、解磷細菌、纖維素分解細菌等均產生抑製作用。
另外，進入環境中的獸藥被動、植物富集，然後進入食物鏈，同樣危害人類的健康。有機磷和有機氯殺蟲劑常用來驅殺動物的體內和體外寄生蟲，排泄物中的有機磷殺蟲劑對生態環境的危害性很高，而有機氯殺蟲劑在環境中能長期存在，易被動、植物富集並具有“三致”作用。己烯雌酚、氯羥吡啶在環境中降解很慢，能在食物鏈中高度富集，影響人類的健康。