3.3.4改善養殖動物的商品性能
使用益生菌製劑，能減少抗生素的使用，改善養殖動物的肉質與體色，提高其耐受力與應激力。張慶等以芽抱杆菌為主導菌的複合製劑投喂斑節對蝦，對蝦肉質與體質得到改善，蝦體水份降低，粗蛋白含量升高，呈味氨基酸明顯增加，在NH4+1.8～2.Omg/L、NO2-0.4～0.5mg/L，和DO0.29～0.32mg/L條件下，試驗組半致死時間分別比對照組延長2.lh和3h。
4益生菌製劑研製和應用中存在的問題
4.1菌種的篩選
目前雖然許多商品益生菌製劑也用於水產養殖,但其原本是為陸生動物設計的，其菌株並不適合在水產動物消化道和養殖水體中增殖。Macda等發現海水中的許多細菌能抑製魚苗的生長。因此在篩選益生菌時應注意菌株來源，著重考慮養殖水體和動物消化道中的土著菌。迄今，在篩選益生菌時，人們常偏重於產生抑菌物質的菌株，這種菌株有可能使致病菌產生抗性。因此在選擇益生菌時更應注重那些具有占位競爭與營養競爭能力的菌株。同時應注意，同一菌株在不同實驗條件下可能有不同的拮抗能力，尤其在體外和體內實驗中。所以篩選益生菌時不應把在體外實驗中是否具有拮抗能力作為量主要指標而把那些體外條件下不具有此種特性的菌株排除在外將益生菌應用於生產時應對其進行長期監測。以確保不發生致病突變。作為益生菌主要來源的腸杆菌科、弧菌科和假單胞菌屬中存在著許多致病菌，如溶藻膠弧菌既是益生菌又是致病菌，但其基因型存在差異。Pizzutto等認為哈維氏弧菌(V．harveyi)中真正具有毒性基因的菌株並不多，一些菌株表現為毒性是由於毒性因子轉移造成的。
4.2保存技術
大量試驗表明，隨著時間的推移，菌劑中活菌數量不斷地消減，且其速度因微生物種類的不同而異，以芽抱杆菌最為穩定。對此，有學者認為脆弱的菌種不應作為益生菌製劑，因其很難進行工業化生產，但完全使用保存時間較長的菌類，則品種過於單一。因此，除了選育穩定性較強的菌株外，還需對保存技術作進一步研究。菌劑中的細菌以休眠狀態存在，一旦在某種情況下複活會消耗掉本身貯存的養分而死亡，變成無作用的菌體蛋白，不能發揮其應有的作用。目前益生菌製劑都以液體或固體兩種形式貯存。在保存中所受到的影響因素主要有溫度、光照、濕度、氧環境等。為了生產實踐的需要，應主要針對常溫、避光、幹燥等條件下的菌劑保存技術進行研究，選擇合適的介質與包裝材料。
4.3施用技術和劑量
為了使益生菌發揮其最大作用，有必要研究合適的施用技術和劑量。目前，水產養殖中益生菌製劑使用方式主要有3種:①生物體注射或浸浴；②作為餌料添加劑被生物體攝食；③直接加入水環境。這幾種方式各有利弊，在實際使用中可根據情況選擇合適的方式。注射或浸浴的方法可使益生菌與動物直接接觸。盡快發揮其作用，但要注意劑量。Austin等用lO6ml-1和l08ml-1溶藻膠弧菌分別注射和浸浴大西洋鮭，大大降低了殺鮭氣單胞菌對鮮的感染率。這種方法適合於較大的動物，而對體型較小的動物劑量較難掌握且操作不便，同時注射造成的機械損傷為致病菌感染提供了條件。
益生菌作為餌料添加劑可被動物直接吞食而發揮作用，但同時也受許多因素影響。如餌科製粒過程中微生物死亡或其活力和穩定性受到破壞，使得菌劑在實際應用中的效果不佳不穩定．在臨用前即時混合益生菌菌劑和餌料可部分解決這一問題，但所需菌劑量較大且操作不便。Rengpipat等在實驗中使用益生菌(1012CFU/g)與餌料的質量比達到了3：1.若能利用基因工程技術得到耐高溫的菌株,將從根本上解決餌料製粒過程中益生菌受破壞的問題。
將益生菌直接加入養殖水體可避免上述不足,但也需特別注意:抗生素、消毒劑等化學物質的使用會降低益生菌的效力；盡可能的減少換水，在養殖過程中應定期的加入一定量的益生菌使其能夠維持優勢，中間如確需換水或使用消毒劑等化學物質，應在換水後或使用消毒劑幾天後補加首次使用的劑量。同時，應用免疫探針和分子探針等先進技術對養殖水體和動物腸道細菌區係及益生菌在其中的地位和存活情況進行深入地研究，以確定合適的施用周期和劑量。