鯉
大西洋鮭,萬氏對蝦
中國對蝦
大菱鮃
扇貝，大菱鮃
牙鮃
魚,蟹,蝦等
太平洋牡蠣
蟹，斑節對蝦
馬非魚
大西洋鱈
3.1.2化能異養菌菌劑
隨著研究的深入，發現已有的光合細菌菌種過十單一，對進入水體中大量大分子有饑物質(如養殖動物排泄物、殘存餌料、浮遊生物殘體等)不能很好地分解利用。美國學者研製的ALKENCLEARFLO係列製劑，用於疾病防治和水產廢物分解，在美國、東南亞等地得到廣泛應用。李卓佳等應用以芽孢杆菌為主的微生物複合菌劑進行分解養魚池有機汙泥的試驗，經l個月，池底原有厚3～5cm的有機汙泥被分解，魚類促生長作用明顯;張慶等，每隔15d向羅非色養殖水體中添加菌劑能明顯改善水質條件，底層DO增加2倍以上，有效降低氨氮與亞硝酸鹽，營造良好的水色，促進羅非色的生長。這是由於益生菌進入養殖池後，發揮其氧化、氨化、硝化、反硝化、解磷、硫化、固氮等作用，把養殖動物的排泄物、殘存飼料、幼植物殘骸等有機物迅速分解為CO2、硝酸鹽、磷酸鹽等，為單細胞藻類生長繁殖提供營養。單細胞藻類的光合作用又為有機物的氧化分解、微生物及養殖生物的呼吸提供溶解氧。構成一個良性生態循環，使養殖池裏的菌藻趨於平衡，維持和營造良好的水質條件。
3.2微生物控製劑
拮抗是微生物之間普遍存在的自然現象。在同一生態位中微生物通過營養競爭、空間競爭或分泌抗生素、細菌素等毒素抑製其他微生物的生長。微生物控製技術便是應用這一原理，將具有拮抗特性的益生菌施入養殖水體，殺死或抑製病原微生物，為養殖動物營造良好的生存環境。Maeda等最早將這一技術應用於水產養殖中，將分離的益生菌PM-4加大蝦、蟹育苗水體，以抑製弧菌和某些真菌，促進幼體生長，提高成活率。Garriques等用溶藻膠弧菌競爭性排斥育苗水體中潛在的病原菌，以提高萬氏對蝦幼苗的產量。印度尼西亞將芽孢杆菌製劑應用於成蝦養殖，成功地改善了水體和底泥中的細菌組成，發光弧菌的數目明顯減少，有效地控製了弧菌病的發生。一些海洋細菌也具有抗病毒活性。Maeda等用在水蛹交替單胞菌的去細胞上清液中培養3h的IHNV病毒
(InfectiousHematopoieticNecrosisVirus)感染EPC(EpitheliomaPapillosumCyprini)細胞，發現與對照相比病變細胞明顯減少，將此菌用於黃（魚參）育苗水體能提高幼體成活率，PCR檢測表明，對照池有SJNNV病毒（Sima-ajiNeuronecrosisVines）
3.3餌料添加劑
養殖動物體內正常的菌群其機體的健康有著重要的影響。它們與宿主間的微生態平衡保證了宿主動物的正常代謝，提高了宿主的免疫抗病力，同時還能為宿主的生長發育提供豐富的維生素等營養物質。因此以改善動物腸道菌群、促進動物健康的益生菌製成的餌料添加劑，在國內外得到普遍重視，發展迅速，其主要作用有以下幾個方麵:
3.3.1抑製有害微生物
益生菌進入消化道後，大量繁殖，並與消化道有益菌形成強有力的優勢菌群，抑製有害菌的增殖。其作用機理主要有:①分泌抑菌物質抑製病原菌增長。乳酸菌通過分泌細菌素、H2O2有機酸等物質抑製微生物生長;益生菌溶藻膠弧菌的去細胞上清液冷凍幹燥粉能有效抑製病原菌殺鮭氣單胞菌、鯉弧菌和病海魚弧菌。②與病原菌爭奪營養或附著位點。熒光假單胞菌Ah2通過分泌鐵載體與鰻弧菌爭奪遊離鐵離子。Olsson用體外實驗證實從大菱鮃腸道分離的細菌能抑製鰻弧菌，其在腸道黏液中比鰻弧菌具有更強的黏附與生長能力。③改變消化道pH和Eh。乳酸菌在代謝過程中產生乳酸等有機酸，可調節生境內的pH和Eh，從而抑製病原菌的生長、繁殖。
3.3.2補充營養，改善機體代謝，降低餌料係數
作為餌料添加劑的許多益生菌，其菌體本身就含有大量的營養物質，如PSB富含蛋白質，粗蛋白含量高達65%，還含有多種維生素、鈣、磷和多種微量元素、輔酶Q等，同時，隨著它們在動物消化道內的繁衍、代謝，可產生動物生長所必需的營養物質，如氨基酸、維生素、膽鹽等;益生菌還可產生澱粉酶、脂肪酶和蛋白酶等消化酶類，協助動物消化餌料;產生各種B族維生素，加強營養代謝，從而提高餌料的轉化率。
3.3.3刺激免疫係統，提高免疫力
餌料添加劑中的益生菌是良好的免疫激活劑，能有效提高幹擾素和巨噬細胞的活性，通過產生非特異性免疫調節因子等激發機體免疫功能，增強機體免疫力和抗病力。孫艦軍等把光合細菌拌入餌料投喂中國對蝦22d後發現蝦體PO、SOD、溶菌和抗菌活力分別比對照組高102.2%、22.1%、53.4說和14.0%，血細胞數目高出67.2%。