生物安全控製
既然動物用轉基因微生物環境釋放後可能產生安全性問題，為了防範於未然，對其進行生物安全控製是非常必要的。對動物用轉基因微生物環境釋放後實施生物安全控製的內容包括：法律法規體係的建立、有效的生物安全管理、嚴格的安全性評價和切實可行的安全控製措施等。
法律法規體係的建立世界各國，特別是發達國家對轉基因技術及其產業化都極為重視，許多國家製訂了相關的法律、法規和條例，以加強管理和控製。經濟合作和發展組織、世界衛生組織等國際組織也積極進行協調，試圖建立眾多國家都能接受的生物技術產業統一管理的標準和程序。
生物安全管理目前，大多數國家對生物技術及其產品的管理模式是，在法律、法規和條例的指導下，由政府有關部門行使管理權。美國、加拿大等國對動物用轉基因微生物及其產品的管理是，依據《病毒、血清、毒素法》、《國家環境政策法》和相關的《聯邦法規》等，由農業部和國家環保局實施分類管理。對滅活類產品按照常規產品的要求進行管理，而對活性產品的環境釋放和商品化則實行較為嚴格的生物安全管理。
生物安全性評價生物安全性評價是對動物用轉基因微生物實施安全控製和管理的重要環節，是核心和基礎；科學、公正的安全性評價為安全管理提供決策的依據。對動物用轉基因微生物進行安全性評價，首先需確定其生物安全等級；和其他遺傳工程體一樣，一般將動物用轉基因微生物分為四個安全等級，並且實行分級管理。大多數國家采取“個案”分析和“實質等同性”的原則，對動物用轉基因微生物及其產品進行安全性評價；並且根據安全性評價的結果，對一些可能出現的潛在危害采取相應的安全防範措施。
生物安全控製措施生物安全控製措施是針對生物安全所采取的技術防範措施，其目的是將生物技術工作中可能發生的潛在危害降低到最低程度。在對基因工程工作進行生物安全性評價，且評定其生物安全等級後，在其工作進程中就應采取相應的安全控製措施。按照其性質，可將生物安全控製措施分為物理、化學、生物、環境和規模等控製措施；按照不同的工作階段，將動物用轉基因微生物的生物安全控製措施分為試驗研究、中間試製、環境釋放和試生產階段的控製措施，而製品的貯運、銷售及使用控製措施、應急措施、廢棄物的處理等則包含在這四個階段中。在試驗研究階段，主要是實驗室生物安全等級和動物試驗生物安全等級控製；環境釋放時主要是動物防疫和檢疫控製及環境監測；而在中間試製和試生產階段，則主要是獸藥生產質量管理規範控製。
人們對動物用轉基因微生物的環境釋放，是否會給人類、動物和生態環境帶來危險，還存在種種疑慮（如重組疫苗株與野生株可能發生基因重組改變致病性等問題）。但是，通過采取適當的生物安全控製對策和措施，可以將這些風險減少最低程度，甚至不發生。
飼料安全工程
飼料安全是指飼料中不應含有對飼養動物的健康與生產性能造成實際危害的有毒、有害物質或因素，並且這類有毒、有害物質或因素不會在畜產品中殘留、蓄積和轉移而危害人體健康或對人類的生存環境構成威脅。飼料安全工程是解決飼料安全問題的重要戰略性措施。
飼料安全工程的建設目標是建立飼料安全保障體係，依法加大對飼料和飼料添加劑生產、經營和使用環節的監督管理，使用我國飼料產品總體合格率達到95％以上，添加劑及其預混合飼料總體合格率達到90％以上，違禁藥品檢出率在5％以下。實施飼料安全工程的意義在於：
飼料安全工程的實施有利於養殖業持續發展、促進農民增收和維護社會穩定；飼料安全工程的實施有利於保障人民身體健康和保護生態環境；飼料安全工程的實施有利於提高飼料產品質量，增強養殖業出口創彙能力。
此外，飼料安全工程的實施還有利於盡快改善我國飼料監測手段，提高檢測能力、評價能力和信息處理能力，同時也有利於《飼料與飼料添加劑管理條例》的貫徹執行。