3，傳播擴散能力傳播擴散能力是指微生物通過土壤、空氣、水、植物殘體、昆蟲或其他動物等進行近距離或遠距離轉移的能力。微生物傳播擴散能力越強，其對環境的影響就越大。動物用轉基因微生物在使用區內和向使用區外的環境（特別是水體和高空氣流）中傳播、擴散的能力、機製及其對生態環境的潛在危害是生物安全評價的一個極重要的指標。
4，遺傳變異能力遺傳變異能力是指動物用轉基因微生物及其基因（特別是轉基因）在不同生理生態條件下遺傳的穩定性及其發生適應性變異或突變等的能力。由於微生物生長繁殖速度快，即使是低於百萬分之一甚至億萬分之一的變異率，也能在較短的時間內迅速發展為數量可觀的種群，從而對生態環境造成影響。所以，遺傳穩定性也是安全性評價的一項重要指標。
5，遺傳轉移能力遺傳轉移能力是指動物用轉基因微生物（特別是轉基因）向本地非轉基因的同種微生物和其他生物（包括微生物、植物和動物）發生遺傳物質轉移的能力。與動物用轉基因微生物屬於同一物種的本地微一物以及其他生物物種在獲得該遺傳物質（完整的轉基因或其一部分）後，有可能存在其演化為新的有害生物或增強有害生物危害性的風險。例如，有多篇研究報告報道，豬偽狂犬病病毒基因缺失疫苗株可以與野生型強毒株進行基因重組，從而使重組病毒毒力增強，並且失去診斷標記基因，進一步則可導致標準血清學試驗不能檢測的強毒株擴散，使疫病撲滅計劃難以實現。因此，動物用轉基因微生物中的抗生素抗性基因和其也外源基因（如診斷標記基因、增強生存競爭能力或傳播擴散能的基因等）向自然環境中的本地微生物或其他生物發生遺傳物質轉移的可能性及其可能帶來的生態環境影響也是生態學家十分擔憂的一個問題。
上述兩個方麵構成了科學家和公眾對動物用轉基因微生物環境釋放安全性問題的擔心。與100多年研製常規弱毒疫苗的悠久曆史相比，動物用轉基因微生物疫羈研究和開發實踐的時間還是比較短暫的。目前的科學技術水平還達不到可以完全預測轉基因在受體微生物遺傳背景中的全部表現的程度，即我們對於轉基因微生物可能出現的新組合和新性狀及其潛在的危害性還缺逐足夠的認識和預見能力。
盡管如此，就動物用疫苗而言，傳統的常規技術生產的動物用微生物疫苗也不同程度地存在安全性問題。有的滅活疫苗因內毒素或地敏原可以導致靶動物的過敏反應，甚至導致死亡；大多數減毒活疫苗在動物上都存在不同程度的毒力問題，並且在環境中有可能出現毒力返強；有的疫苗株對靶動物安全性良好，但對非靶動物存在琿一的致病性等。
當前，一些重大疫病的流行以新的麵貌出現。過去的典型豬瘟和典型新城疫比較少見，而非典型豬瘟和新城疫時有發生；馬立克氏病病毒超強毒株和傳染性法氏囊病病毒變異株引起的疾病顯著增多；傳染性支氣和炎呼吸型較少見，而腎病變型和腺胃型比比皆是；大腸杆菌除引起幼齡動物腹瀉外，還可使成年畜禽發病，而且臨床病型顯著增多；豬鏈球菌病的病原過去以C群獸疫鏈球菌為主，近來發現II型鏈球菌對豬的危害甚大，而且感染人類，並可引起死亡。這些疫病流行的新形式縱然與疫病的流行規律、疫苗使用不當等諸多因素有關，但與一些活疫苗的使用致使野生病原株發生選擇性逃逸變異不無關係。