高等動植物的遺傳物質dna主要是隱藏在細胞核中的染色體上。一般的生物細胞、染色體總是成雙成對存在的，每一對染色體長度一樣，看起來像雙胞胎，這些“雙胞胎”叫同源染色體，這樣的生物叫做二倍體。三倍體細胞在減數分裂形成生殖細胞時，染色體的等量分配就成問題了，總是不均勻，不是多了就是少了。這樣的生殖細胞，雖能刺激卵細胞發育，長出果實，但不能發育成種子。既然三倍體植物發育不出正常種子，能不能將三倍體的西瓜變成三倍體無籽西瓜呢？答案是肯定的，因為這早已成為事實。三倍體西瓜是怎樣變成三倍體無籽西瓜的呢普通西瓜染色體有11對，細胞分裂形成生殖細胞時，正常情況下，每條染色體被複製成兩條，以備“分家”時，公平地分到兩個子細胞中。可是當它遇到一種叫做秋水仙素的神奇化學藥物時，細胞分裂往往出現“差錯”，為細胞分裂準備好的雙套染色體，無法分開，從而使染色體數目多了一倍，即由二倍體變成了四倍體。
有了四倍體，就好辦了，科學家們用正常的二倍體西瓜給它授粉，使四倍體西瓜和二倍體西瓜雜交，於是後代的瓜籽便是含有三套染色體的三倍體了。三倍體瓜籽種下去以後，也能開花結果，但基本上沒有成熟的種子。有一些種子雖有發育，但往往發育到一半就敗育了，這就是我們在無籽西瓜中時常看到的白色的軟瓜籽。
無籽西瓜好是好，但由於沒有種子，不能繁殖後代，所以必須采用年年製種的方法。即每年用四倍體西瓜同二倍體西瓜雜交，以獲得三倍體種子，供次年大田栽培用。因此無籽西瓜價格上稍微高一些是很自然的。