朱燮元的奏疏中建議保留安位的土司地位不變，為了增加說服力還舉了很多這樣做的優點，比如說保留土司製度是尊重當地人的風俗，讓他們自己人管自己人可以省很多麻煩，同時朝廷也不用花費錢糧來扶貧等等。最後說最大的好處是給其他土司一個榜樣，讓他們知道造反沒有前途，當良民就可以繼續關起門作威作福沒人會管你。其中心思想還是當年諸葛亮的想法，就是當地人管當地事打造一個穩定的後方。
諸葛亮的想法在當時是正確的，但是時間已經過去了上千年，以前的用力方向是中原，西南方向是後方需要盡快經營好，現在的用力方向是向西南擴張，再抱著老觀念做事就是南轅北轍就會出問題。天啟已經明確提出西南地區今後的任務是逐步調整土司，調整的原則就是土司隻能管一定的軍隊不能既管軍又管民。天啟的意思就是讓所有土司的手下都隻有軍隊而沒有民眾跟隨，如此一來他們沒有了根基都離不開朝廷想作亂也作不了。
朱燮元知道自己犯了方向性的錯誤，於是立即說道：“皇上的旨意我們必須無條件服從，隻是具體該怎麼做一時還搞不清楚，兩位欽差能不能詳解一下？”
劉僑說：“我們跟朱大人一樣都是剛剛得到旨意，怎麼辦還是朱大人自己拿主意要好些。”
楊漣說：“我是文官對軍事不懂，但這幾天我看見貴陽周邊一帶做得很好，尤其是軍隊先開進百姓隨後跟從的法子不錯，穩紮穩打快速安民不給叛匪留空隙，朱大人可以按原來的辦法繼續做就可以。”
朱燮元聽了後轉頭對大家說道：“既然如此我先暫時安排一下，如果諸位有疑問可以當著欽差的麵提出來商議，如果商議不出結果我們立即請旨便是。一直以來安位就不想跟官軍過不去，曾經還私下找我們議和過，現在首惡奢崇明和安邦彥死了，我認為現在安位也想跟我們議和，隻是不知道我們現在要拿他怎麼辦。安位現在調兵遣將固守織金、大方一帶，隻是為了展示一個強硬的態度，其目的是想在談判中多撈點好處，我的看法不知道諸位以為如何？”
川、黔諸將原來的不和是為了爭功，既然皇帝要求自己寫經過其他人證明最後朝廷專門機構認定，大家的關係才緩和了下來，現在見朱燮元相問都說朱大人所見極是。
朱燮元知道這些人也說不出什麼，於是接著說道：“既然皇上將軍隊分為野戰部隊和守備部隊，給秦良玉秦總兵的一年之期也將滿，就由秦總兵打頭開始對付安位。其他守備部隊的人馬慢慢跟進固守要害處，如果沒有出亂子就由地方官府派員管理，同時負責修建的部隊開始修房修路安置百姓。一切走上正軌後各地官府配合大鐵公司組織人做工、開礦，安位這裏順利的話就以他為例向西推進，達到皇上要求的調整所有土司的要求。”
見朱燮元點到自己的名字，秦良玉說道：“我也讚同皇上要徹底解決土司問題的想法，想當年建奴努爾哈赤曾受過朝廷的官職也算是一土司，結果他起兵造反作亂讓遼東數年處於戰火之中。假如最開始在土司中就嚴厲實行掌軍不管民的製度，努爾哈赤也好後來的楊應龍和奢崇明與安邦彥也好，手中的那幾點人馬根本就沒有威脅。朱大人要我打頭那麼我想請問一下我該怎麼打頭？是帶著兵馬先直接圍上去還是要來個先禮後兵？”
朱燮元想了想說：“皇上要慢慢調整不是要全部剿滅肯定是要先禮後兵，不過不包圍上吧就不能給他們壓力他們也不會服從，圍上去就算你不動手別人也會先動手，這確實是個麻煩事，這事我們可以議一議再決定，秦總兵還有其它問題嗎？”
秦良玉說：“還有就是想問一下朱大人和兩位欽差大人，既然土司隻管軍不管民那麼肯定就需要派官來管理，如何保證派來的官員不會欺壓當地百姓？當年播州楊應龍雖然罪大惡極，但他也可算是被官吏逼反的，還有先夫馬千乘也是被冤殺，如何防備這樣的情況繼續發生？去年我曾經給皇上提出過這樣的疑問，但一直沒有得到答複。”
朱燮元說：“官員如何派是都察院的事，欽差楊大人正管著都察院，就由楊大人來說一下吧。”
楊漣說：“這好辦，皇上曾經比較過上麵派官和下麵推舉官員的優劣，後來認為各有所長決定把官員分為兩類，貴州這地方雖然特殊點但也跟其它地方差不了多少，也可以用兩個官員位置來解決問題。具體來說就是在各地都設立施政官員和監政官員，施政官員解決日常事務由當地推舉，監政官員處理特殊事務和緊急狀況，由朝廷或者上級派駐，如此一來就不會發生隨意欺壓當地人的事。”