在推行新品種高產農作物的同時，雲南軍隊因為已經沒有叛軍的壓力所以也開始推動新型農莊的建設，曲靖、尋甸、武定還有北邊的東川、烏撒，都開始了轟轟烈烈的基礎建設。先是軍隊分為專業戰鬥部隊和修建後勤部隊，然後是將軍隊變成大學堂讓願意來的都進來學習，同時不斷讓已經學習到技術的人員退役，如此循環往複培訓出一大批有技術的人，也修建了眾多的新型村莊。
老百姓的生活水平提高了朝廷的稅收也增加了，這時候奢崇明和安邦彥那一套就沒有人聽了，以前聽從他們的話是因為他們能誘騙人，現在官軍這邊能夠給百姓帶來看得見的好處，誰好誰不好大家都有個比較。老百姓都是現實的人，一邊是沒好處有危險看不到前途，另一邊是好吃好喝安全生活，選哪裏不用教大家都不傻，所以奢崇明和安邦彥向雲南方向發展的路就沒有了，也是他們挺而走險要會永寧的原因。
劉僑和楊漣如此看了不到半月，心中的感受是各不相同，但都是高興多過擔憂，可以預想在如此好的狀況下西南地區的一切狀況都不是問題。十月下旬的時候秦良玉到了貴陽，湊巧的是前一天天啟的旨意也由快馬送了過來，四川總兵侯良柱也跟一些川軍降臨隨秦良玉一起到來。在大家見麵座談的時候，雖然開始都是笑逐顏開互相問候，但是明眼人都能看出大家都有些情緒在裏麵，說不清會不會當著欽差的麵當場發作出來。
有句話叫住朋友間應該同甘共苦，是說不同的人如果做到既能夠一同享福也能夠做到一起受苦，那麼這樣的人才能夠算得上真正的朋友。但是現實中這樣的人太少了，能同甘不能共苦的多，能共苦不能同甘的也多，但是真正能做到同甘共苦的少之又少，沒有其它原因利益使然罷了。在座的這些軍官就是能共苦不能同甘的人，打仗的時候可以並肩抗敵共渡難關，但是在分功勞時卻又想著如何比他人高一頭。
朱燮元沒有管黔軍將領和川軍將領的怪異態度，對這些他已經傷了心不想多管，他本想一碗水端平結果是兩邊不討好。朱燮元先是對秦良玉致意，在奢崇明起事時朱燮元剛剛由布政使升為巡撫，正需要兵的時候秦良玉率先到來，並且與敵大戰後來收複四川全境，其功勞很大不說也算是對朱燮元有解圍之德。見朱燮元向秦良玉致意其他如許成名等軍官都紛紛見禮，因為秦良玉南征北戰功勞大，充四川總兵官的時候許成名不過才是個都司屬於晚輩。
朱燮元首先請楊漣宣讀天啟的旨意，在這道送來的聖旨中天啟下令由每個軍官自己自呈經過，如果所寫不實其他人可以糾正，最後寫完無異議後由劉僑集中送北京。對這件事天啟說了軍務院的軍法處增加了新功能，除了論過處罰外還有論功行賞的功能，以免分功不均引起不滿情緒。而且天啟特別提出對那些在平叛中死亡的將士也要論功，這一提法讓大家都大為滿意都讚同皇上仁德，其實也不是天啟仁德是因為現在有了兩個閑錢，用來收買人心正合適。
專業的事由專門的部門來辦才是正理，大家聽了天啟的安排都比較認同，互相間疑惑防備的目光又變得柔和了些，有些人都已經在懷想當時並肩殺敵的友情了。不過聖旨中也不全是好事，天啟的旨意是消滅了奢崇明和安邦彥並不是結束，而且可以說就算把安位餘部都安撫好了也沒有結束，他需要的是把整個西南的土司都做一個調整。現在的土司既管軍又管民相當於土皇帝，天啟的意思是土司可以存在但是隻能管軍，要斬斷他們與百姓的聯係。
朱燮元一聽就知道自己的建議沒說好，他在奏疏中建議保留安位的土司地位，說當地人管當地事簡單方便，但現在天啟的意思是剝奪土司的一般權力，事情就有些不好辦了。其他將領聽了這些多數有些茫然，他們不知道這些調整意味著什麼，但是心眼靈活的知道打下奢崇明和安邦彥並不是結束，而是一切才剛剛開始。