劉宗周和高攀龍都在詢問天啟空出手來準備去幹什麼，不過天啟沒有明確告訴他們，他們盡管心裏納悶也不好多問，但在不久後他們也慢慢知道了。九月初一，天啟在征求了政務院、都察院等各部的意見後，下旨宣布在慈慶宮成立監政院，其作用就是協助天啟監管各部。
經過這一年多的重新布局，天啟將整個大明帝國的運轉機構作了一個調整，這個調整不算完美但比以前的運轉方式要有效得多。他首先拆分了什麼都管但什麼都管不好的內閣，把原來內閣管理的事務分為軍務和政務，軍務院設在武英殿，專門管理軍隊和處理軍隊事務，避免對軍事一竅不通的文官在軍務上指手畫腳，因為軍隊事務關係到國家安危，不能讓書呆子在這中間開玩笑。軍務院由他的老師孫承宗來主管，其能力和忠誠都值得信任。
除開了軍務的內閣隻能以政務院的名號來處理政務，本來處理政務隻需要就事論事按律而行或者商議決斷，但天啟知道大明官場的傳統是對人不對事，就算說得再正確隻要說話的人不令人滿意那這事也會被反對。為了不讓大家為了反對而反對，天啟把管事的政務院和管人的都察院再次拆分開。在官員的升遷上規定不以功勞論功升遷而以能力升遷，並且還規定要以年齡來限製人想不斷升遷的野心，政務院管事都察院管人互相支持與合作。
大明的官員基本上都是科舉出身，在管理方麵領悟到的知識不外乎是什麼耕者有其田、輕徭薄賦能方法，而且他們認為這樣做是對老百姓最大的恩惠，很喜歡百姓們把他們看成青天名垂青史，盡管他們中絕大多數人都不青還很黑。他們的這種管理方法在正常情況下百姓們還能勉強度日，但是遇到天災人禍老百姓就過不下去。這些官員在位時要撈銀子，不做官了就回家買田置地當地主，他們沒有想到的是他們自身就變成了禍害百姓的人禍。
大明現在土地上的出產本身不高，百姓們上交了賦稅所剩本身就不多，如果再讓這些地主盤剝一次，百姓們度日就很艱難，遇到災害隻有背井離鄉。從這點來說大明官員的管理方式是落後的、越走越沒有前途的管理方式。這種約束型的管理方式沒有或者說扼殺了創造力，被管理者看不到前途除了忍受就是茫然。為了改變這種維持了很多年都快維持不下去的管理方式，天啟決定在這種約束製度下增加點推動力和吸引力。
大明現在是一個農業帝國，農民在忙完農活的時候都是閑著或者是在幹一些勞累但沒什麼用的事，必須通過開礦、開工場等把休閑但很貧窮的農民組織起來做事。農民在農閑做工或者幹脆丟掉土地成為全職工人，一方麵可以給普通百姓一個通過勞動獲取報酬的渠道，另一方麵也可以給那些有錢人一個新的投資渠道，避免他們隻想著如何在土地上壓迫剝削普通百姓。大家都有利大家才都高興，這也可以看著是有錢人和窮人之間的新的合作方式。
但是，如何施展推動力把農民轉換成工人，如何運用吸引力將有錢人在土地上的投資熱情吸引到開礦、開工場等新興事務上，這個問題不是目前的大明官吏所能回答的，更不是他們明白並堅定去做的。為了讓官員能夠在社會轉型期間不走彎路和回頭路，也為了官員們不浪費寶貴的人力物力在不必要的事務上，天啟成立了聖學院和博學院。聖學院的作用就是總結經驗、從戰略的高度製定大方向的規劃，博學院的作用就是在具體事務上給官員們以支持。
比如說在某地要栽桑養蠶繅絲，博學院可以根據其要求幫助其規劃桑田的種植麵積，選擇桑樹和蠶的品種，繅絲車的製造，甚至繅絲車上的加撚裝置和絞裝裝置的改進。而聖學院就需要在當地官府裏查詢資料，看本地的糧庫是否充盈，周邊府縣的糧庫是否足夠。如果不滿足天啟規定的本縣糧庫中的存糧夠全縣人三年消耗，周邊府縣糧庫中的糧食夠一年消耗，那麼聖學院就會告知政務院禁止該地種桑養蠶，就算要種也得種在山坡上河道邊不得占用良田。
政務院管事都察院管人，博學院在具體事務上支持，聖學院把握大局，天啟在有大事和急事時才來看一看，這看起來能夠正常運轉不用太勞累。但是，大事和急事太多了，很多事情都是大家以前沒有見過的，比如說移民問題、良種問題、修路、開礦、工場等問題。出於穩妥起見還是有很多人來麻煩天啟，經常有人煩讓天啟感到很不輕鬆，加上日常事務的處理經過他得看，盡管別人都處理完了而且每十天才看一次。