3.製度化缺失是阻礙兩岸高等教育互動的另一關鍵因素
雖然說兩岸高等教育互動在數量上已經頗具規模，從當前兩岸高等教育互動關係中的相關製度化建設來看，還遠沒有起步，整體合作水平與世界高等教育主要合作區域或合作次區域相比較，合作規模和水平都還遠遠落在後麵，處於相對初級的階段。因為，現有的兩岸高等教育互動基本上都是在彼此允許的範圍之內，經過極有限的公權力授權，依靠民間、高校、機構及個人來推動發展，具有自由、鬆散、暫時性等特點，缺乏統整性和長效性。雖然兩岸專家、學者在各類學術研討會或其他公開場合表達了推動兩岸高等教育交流的主觀訴求；各界人士在兩岸政黨交流、兩會談判、政治對話、高層互訪中，廣泛和深入探討了兩岸高等教育進一步深入交流與合作的議題，但至今兩岸尚未對高等教育互動的相關規範簽署共同協議，也未對兩岸高等教育往來中存在的一些基礎性問題，如高校學曆學位互認、職業資格認證的對接、學分或課程的轉換等簽署相關文件。因而，已有的兩岸高等教育互動政策多數是單邊政策，缺乏兩岸的共同認可，所以很多政策的執行效果並不彰顯。
當前，兩岸之間也沒有建立相應的機構或組織，專門負責兩岸高等教育往來中的規劃與激勵問題，或處理兩岸高等教育互動過程中出現的各類突發性問題或質量監管問題。總之，由於在兩岸高等教育交流與合作過程中長期以來缺乏有效的製度性支持與安排，缺乏政府間的直接對話和合作框架的指導，兩岸高等教育領域也就喪失了寬廣的溝通路徑與對話空間，導致兩岸交流無法朝向縱深領域發展，也使得兩岸高等教育的互補性沒法得到應有的挖掘和發揮，兩岸高等教育發展的依存度很低。
三、新階段兩岸高等教育互動的階段性目標及機製建構
那麼，當前及今後一段時間該如何加強兩岸高等教育的雙向互動？如何共創兩岸高等教育大合作、大交流的格局？顯然需要我們解決的問題很多。筆者認為，兩岸高等教育往來中如何實現製度化發展，以便提高互動的穩定性、規範性、安全性、緊密性和可持續性，從而進一步擴大互動的規模、提升互動的水平應是新階段必須解決的首要問題。一套相對完善的高等教育合作機製是達成這一目標的重要基礎。所謂合作機製，國際上公認的涵義是特定國際關係領域的一整套明示或默許的原則、規範、規則以及決策程序。在兩岸社會互動過程中，經貿領域對合作機製的研究與實踐要比其他社會領域領先了一步，有些經驗值得我們參考和借鑒。南開大學經濟研究所所長曹小衡認為，“兩岸經濟合作機製”是指使兩岸經貿合作的製度化、規範化，是兩岸公權力機關共同製定或認可，有相關法律或政府公權力保證其執行的兩岸經貿合作的製度性安排。
據此，我們可以把“兩岸高等教育合作機製”界定為，基於互惠互利、求同存異、優勢互補的原則基礎上，兩岸公權力機關或經公權力機關授權認可的組織、機構經過平等協商，共同製定、簽署並認可的一係列程序、規則、政策和組織製度，用以調節兩岸之間的高等教育互動關係。
（一）兩岸高等教育互動的階段性目標
建構高等教育合作機製的目的在於確保兩岸高等教育互動的順利進行。當前兩岸高等教育的往來互動應該分階段、有重點的逐步推展（見表1）。相關機製的建立應該緊密配合不同階段的互動內容。
第一階段，為了實現兩岸高等教育互動正常化、規模化與製度化，應該進一步擴大兩岸往來的人員數、項目數。在繼續推動現有互動方式的基礎上，重點突破：1.高校相互招生。兩岸高校在專科、本科及研究生各個層次都相互開放，並允許資助、獎學金、自費等多種教育成本分擔形式並存。2.強調“結對子”，即校際聯合。在當前兩岸高等教育合作製度化建設不足的情況下，以“結對子”的方式，加強校際合作是非常值得提倡的互動方式，有利於合作院校雙方及時處理互動中出現的各種問題。雖然說當前兩岸簽署校際合作協議的高校數量多，但真正落實到位的少，應避免流於形式，並由重視教師、學生互訪的校際合作真正轉向學生聯合培養、合建實驗室和實訓基地、圖書資源共享等方麵；要嚐試聯合進行課程開發，共同製訂教學計劃和課程設置，統一進行教學管理。3.推動“閩台高等教育合作先行區”等試點工作的進行。