（一）新階段加強兩岸高等教育互動的必要性
新形勢下，加強兩岸高等教育的互動，無疑具有更加深遠的意義，因為，這是全球或區域高等教育交流與合作的重要發展趨勢，也是當前乃至今後兩岸高等教育充分利用彼此優勢、共同謀求發展的內在訴求和理性選擇，還是兩岸關係常態化發展、兩岸製度性經濟一體化及中華文化整合與創新的客觀需求。
1.增強交流，實現與國際或區域高等教育交流合作的對接
兩岸高等教育的互動屬於世界區域高等教育交流與合作或跨境高等教育的重要組成部分，不能獨立於高等教育全球化或跨境高等教育的發展大潮流。隨著經濟全球化與信息化的迅猛發展，尤其是教育服務貿易的日益升溫，不同國家和地區都在謀求開拓高等教育的國際或區域市場、吸引留學生和境外學生、加強合作辦學、運用現代信息技術實施遠程教育等。從當前國際高等教育交流與合作的發展態勢看，區域化的交流與合作或區域高等教育市場正在發揮著越來越重要的作用。各個區域高等教育市場都在努力完善區域內學曆、學位認證製度，加強區域內學生雙向流動等。盡管兩岸已於2001年、2002年相繼加入WTO，為兩岸高等教育製度化合作提供了法律依據、空間與平台，但時至今日，兩岸高等教育的互動基本都是在兩岸這一次級區域內進行，並未真正履行在WTO中簽署的有限開放高等教育的相關規定，與國際跨境高等教育的發展趨勢存在著明顯的脫鉤現象。顯然，探索和創新兩岸高等教育的互動方式，進一步淡化或破除交流與合作中存在的壁壘，是當前兩岸高等教育參與高等教育全球化進程的客觀要求。
2.深化合作，促進新時期兩岸高等教育的轉型與發展
深化兩岸高等教育的合作，互通有無，可以為解決兩岸高等教育發展中的出現的問題提供良好的平台，有效彌補兩岸高等教育發展中的區域差別，充分體現資源優勢互補的局麵，促進新時期兩岸高等教育的轉型與發展。改革開放以來，雖然大陸高等教育取得了快速的發展，高等教育規模從過去的精英階段向大眾化階段邁進，尤其是1999年以後，伴隨著高校擴招步伐的加快，高等教育在相當程度上滿足了社會的旺盛需求，在一定程度上適應了社會經濟發展的需要。但我們也發現，近年來大陸高等教育市場的供給不足與人們日益增長的多樣化教育需求之間的矛盾愈加凸顯。對於台灣來說，高等教育曆經半個多世紀的發展，其規模和速度在取得令人矚目的成績之後，也陷入到了發展的“瓶頸期”，高等教育發展過程中一些已顯現的及潛藏的矛盾與問題被進一步激發出來。比如說高校招生、就業、經費、管理等表象問題，以及高等教育功能迷思、資源稀缺等深層次問題都急需解決。因而，可以說，深化兩岸高等教育的合作與交流，是兩岸高等教育差異性發展的必然結果。如果兩岸能夠開拓思維，通力協作，無疑將為當前及今後兩岸高等教育彼此的轉型與發展起到積極的促進作用。
3.加快互動，推動兩岸製度性經濟一體化進程與文化的整合
教育尤其是高等教育不僅僅停留為經濟提供服務功能，還是促進經濟發展的基本要素。從當前兩岸經貿交流合作的發展趨勢看，尤其是“兩岸共同市場”、“兩岸更緊密經貿關係安排”、“三通時代”等熱門詞語的出現，標誌著兩岸經貿發展進入了更加緊密的時期，也說明越來越需要大量既掌握本行業專業知識和技能又熟悉兩岸社會、政治、經濟製度安排的人才。但從現有勞動力市場中人力資源的儲備來看，這樣的人才明顯欠缺。隻有加快兩岸高等教育的雙向互動，加強高等教育與經濟界、科技界和企業界的結合，才能為兩岸經濟持續發展及製度性經濟一體化提供有力的人力資源和智力支持。
在兩岸長期分裂狀態下和在兩種不同社會製度下形成和發展的兩岸高等教育，不管是理念、製度、發展模式、管理、師資、政策等都存在較大差異，已經逐漸發展起各具特色的文化意涵。加強兩岸高等教育的互動以及高等教育的相互開放，有助於促進兩岸高等教育的相互認識、理解與包容，逐步建立起擁有“大中華”觀念的文化整合與創新形態，進而推進兩岸關係的正常化發展。