正陽門、朝陽門和太平門，分別位於環繞皇宮的南、東、北三麵京城城牆上。其中，正陽門為皇宮南北中軸線的最南端，是外國使臣赴京朝覲入城必經之正門；而太平門外玄武湖之濱，則為1384年朱元璋設置的主宰刑殺大權“三法司”之所在。
神策門，是當前所知的南京城牆唯一的傳統形製的外甕城。有趣的是神策門外甕城與聚寶門內甕城幾乎在城市同一條南北中軸線上，這一南一北，一大一小，一內一外的不同形製的甕城。這也是明南京城牆建造中繼承與創新的例證之一。
金川門、鍾阜門、儀鳳門和定淮門四門，位於南京城牆的西北角，瀕臨長江，是抵禦江北進犯南京城的重要門戶。
1402年，燕王朱棣率“靖難之師”渡江南下，如果不是李景隆、穀王在城內策應，打開金川門迎燕師入京，恐怕朱棣當時也難以順利進城、很快就能登基稱帝。
清涼門、石城門均置內甕城單座。
堅固而形製各異的城門，是南京城牆絢麗多彩的一章，也是當年建造者設計思想的生動體現。城門的設計與建造，在充分滿足城門防禦能力的前提下，極力追求城門建造藝術上與恢弘雄偉、形製獨特的南京城牆主體協調，達到渾然一體、相映成趣的效果。
2.南京城牆的牆體 城牆最本質的原生價值之一，在於具備冷兵器時代的軍事防禦功能。城牆最初由土壘、土石混築、磚石砌築其表皮，發展到南京明城牆大規模采用磚石構造，逐步趨於完善的過程，與兵器的發展有著密切的聯係。
南京明城牆的建造者們在無數次攻城掠地實戰中，積累了豐富的經驗。因此，南京明城牆在軍事防禦功能上，針對當時的攻城器械和火兵器，結合南京地區地形、地貌，無論在城牆的高度、厚度、基礎、建材、城牆關鍵部位的設防，其城防建築體係，都達到了我國城牆建築較完美的程度。
南京，地處雨水豐沛的江南，丘崗連綿，河灣如織，湖泊池塘星羅棋布。城牆擇址的地段或山石嶙峋，或低窪鬆軟，或平坦如砥。為防止高大的城牆下陷、開裂、傾倒，建造者根據工程的要求，采取了不同的科學處理方式。有的順山勢而建，城牆與山體岩石連結成整體；有的深挖基礎至原生土，上鋪巨石為基；挖不到原生土的低窪地段，還打下十餘米長的木樁，上麵鋪設圓木井字形木排，借以達到轉嫁城牆壓力的作用。
用於南京城牆最大的條石，每塊重達500餘公斤，城磚每塊一般重10餘公斤，層層疊疊壘砌成高達12米至24米、底寬8米至27米、頂寬3米至18米的牆體，其重量可想而知。如此沉重的負荷，城牆能夠屹立迄今，與牢固的基礎密不可分。
南京明城牆在砌築中，對不同地段采取了不同質地牆體的處理方法和特殊的粘合材料。有的地段用石灰岩和花崗岩的條石作為城基、勒腳和部分城牆內外壁的主要材料；有的地段全部用城磚壘砌；還有的地段以條石、城磚砌築牆麵，中間填以片石、城磚、黃土混合夯築等。粘合牆體的材料十分堅固，以至留下了用糯米汁加石灰等灰漿建造的說法。
3.南京城牆的防排水 南京明城牆的防、排水係統科學適用，功能包括城牆自身防、排水和對城區的防、排水兩部分。
城牆填層上部，采用桐油、石灰、黃土拌合的灰漿封頂夯實，厚約兩米，在其上麵和沿牆體兩側直至牆根用灰漿砌築多層城磚；牆體頂麵設置了石質排水明溝，在其明溝約五十米距離設置石質出水槽將水排出牆體。
城區的防、排水係統，主要是利用城牆底部設置的水關、涵閘。在秦淮河出入口處分別建有東水關和西水關，水關設有閘門三道，前後兩道為木閘門，中間設鐵柵門以防潛水入城之敵。
東水關內側還設有33座甕洞，分為三層，上麵兩層為藏兵洞，中洞可通船，下層通水。
此外，還設有金川河閘、玄武湖的“通心水壩”，即武廟閘、前湖的半山園閘與琵琶湖的琵琶閘等多處涵閘。這些涵閘，設有銅、鐵管和銅水閘，隻能進水不可進人，設計巧妙、結構合理。
4.南京明城牆的護城河 環繞南京明城牆的護城河，是南京明城牆的一個重要組成部分。護城河的水源，來自秦淮河、清溪、金川河以及玄武湖、前湖和琵琶湖等，經對城牆外側河道疏浚、開挖，引導河水入濠而成。寬闊的護城河水麵，襯映高大堅固的南京城牆，使進犯之敵望而生畏。
明南京城門外護城河的橋梁，是人流車馬往來的要道口，故大多以堅硬的石質材料為主要構件。例如石城門外的石城橋、三山門外的三山橋、聚寶門外的聚寶橋、通濟門外的九龍橋、正陽門外的夔角橋、朝陽門外的平橋等。
明初建造在相關河道上的著名橋梁中，最大的石拱橋是上方橋，即七橋甕，由於這座橋是拱衛京城的門戶，以至成為曆代兵家必爭之地。
在明初建造的橋梁中，明初稱為“大通橋”，民間又俗稱“賽工橋”或“賽公橋”，現在又稱為賽虹橋。橋梁與南京明城牆的建造，傳說故事最多。
南京明城牆的建造，曆經洪武一朝。在城牆的結構、甕城的創新、護城河水源的利用、水關涵閘及橋梁的設計建造等諸多方麵，彙集了古代勞動人民的聰明和才智，是元末明初勞動人民用心血築成的一座豐碑。