同時，《辦法》還規定，獨立學院五年過渡期內必須資產過戶，必須引入民間資本，依靠自身努力麵對市場競爭。過渡期結束後，現有的獨立學院或回歸母體，或轉成普通民辦，或自生自滅。
根據《辦法》精神，獨立學院轉設為民辦普通高校已經有了成功的範例。2008年10月，首批5所申報轉設為民辦普通高校的獨立學院有4所獲得教育部批準：東北大學東軟信息學院轉設為大連東軟信息學院；沈陽師範大學渤海學院轉設為遼寧財貿學院；吉林藝術學院動畫學院轉設為吉林動畫學院；哈爾濱商業大學德強商務學院轉設為哈爾濱德強商務學院。
這一舉動，被眾多正在忐忑觀望的獨立學院稱為思想解放運動的“第一聲春雷”，引起各省眾多獨立學院的強烈關注，許多省份的教育廳出台政策，鼓勵本省的獨立學院盡快轉為“純民辦”高校。
2.獨立學院是計劃內招生還是計劃外招生
獨立學院學生都是國家計劃內招生，屬於普通高等教育類型，其入學政策，在校學籍管理，畢業及就業等，在國家政策的層麵上與普通高校並沒有區別。就目前來看，絕大多數省份把獨立學院和民辦本科院校劃歸到三批本科，由於招生人數較多，加上好多考生“低就”讀專科，所以各省劃定最低控製線時，距離二本最低控製線的跨度越來越大，有的甚至差到100多分。因而，一般上三本控製線的考生隻要服從分配都能錄取。考生一旦被錄取後，後續批次的院校將不能再錄取。
需要提醒考生和家長的是，獨立學院招生計劃數不在母體高校公布的招生計劃數內，其錄取分數線也和母體高校的錄取分數線無關。獨立學院發放的畢業證書和學位證書上均要署獨立學院學校全稱，如×××大學××學院（分校）。
3.獨立學院學生錄取後能否放棄
如今，考生被錄取後不報到的狀況在全國愈演愈烈。在不報到的考生中，被獨立學院錄取後而放棄的人數最多。為此，甘肅省2007年出台新規：“凡按考生誌願錄取但未報到入學的考生，下一年度錄取時，可能因誠信缺失而不予錄取，後果由考生自負。”此規公布，輿論嘩然。許多考生和家長表示，單純將“被錄取不報到”現象歸結為“不誠信”是不合理的，這種做法實際上製約了考生的選擇權。但教育部對甘肅省這種舉措表示認可。
與此同時，每年放棄填報獨立學院誌願而甘願降到高職院校批次的考生越來越多。如江西2009年高考時，全省三本文理考生共有32802人沒有填報三本誌願，這些考生有的返校複讀，有的則選報學費相對低、畢業和就業相對早的高職學校。
4.獨立學院辦學水平如何
全國目前共有獨立學院322所，其中最多的省份是：湖北31所，江蘇26所，浙江22所，遼寧21所，成為獨立學院發展最快的“四小龍”。
在這麼多獨立學院中，許多學校專業同質化傾向嚴重，在培養方案、招生宣傳等方麵，模仿和抄襲母體高校，被網友稱為“山寨大學”。然而，也有一部分獨立學院，在發展中特立獨行，與母體“錯位辦學”，在特色和質量上下工夫，成為名副其實的獨立學院。