由牛錄製向八旗製的過渡,是滿族八旗牛錄製度的一大進步和發展,它使這一生產組織發展為有係統的國家組織形態邁進了一大步。同時,它也是後金國家組織完善化的表現。旗製與牛錄製度一樣,來源於狩獵生產。初期,女真人行大圍時,率領牛錄若幹,分四個方向圍獵。初編四旗,源於四方。總領四方的是“中纛”,又稱圍底(滿語為fere),纛色為黃,居北方,為汗旗。後來,黃旗為皇帝旗就來源在這裏。其他三個方向,為圍翼(滿語為gala),西紅、東白、南藍,都是貝勒旗。每旗各有定向,不許錯亂。攻城、駐防,一般都不改變這個位置。這就是旗製的本源。
女真的興起離不開蒙古的資助。十七世紀初年,隨著努爾哈赤對海西三部的統一,與西部蒙古呼吸相通,交往日益密切。這時,蒙古已經形成漠西瓦刺蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠南蒙古三部。漠南蒙古以察哈爾林丹汗為首,沿明朝北部邊境,由西至東為土默特(包括後期泰寧衛地)、喀喇沁(包括後期朵顏衛地)、喀爾喀、科爾沁等。察哈爾林丹汗為元太祖後裔,他的先人由瀚海南徙近邊,為內紮薩克,後又徙近遼東,所部為敖漢、奈曼、巴林、紮魯特、克什克騰、烏珠穆沁、浩齊特、蘇尼特、鄂爾多斯等九部、(亦有稱八部的)。林丹汗曾祖父為圖們紮薩克圖汗,以此明人概之為“土蠻”。萬曆二十年(公元1592年),圖們紮薩克圖汗逝去,其子布延微辰汗嗣位。萬曆三十一年(公元1603年),微辰汗卒,翌年林丹嗣位。因為林丹汗是元太祖後裔,又是強族大部,本部兵馬不下三萬之眾,還可號令幾十萬人,各部蒙古都視林丹汗如皇帝。林丹汗名為庫圖克圖汗,明人稱作虎敦兔。
科爾沁蒙古雖然不是來自林丹汗一係,但長期事奉紮薩克圖,效忠於察哈爾。萬曆二十一年(公元1593年),九部聯軍失敗以後,科爾沁鄂巴、明安、莽古思、孔果爾等貝勒相繼向後金靠攏,喀爾喀的勞薩貝勒也至後金朝貢。萬曆三十三年(公元1605年),蒙古喀爾喀巴約特達爾漢貝勒之子恩格德爾,慕建州國汗努爾哈赤之名,遠道前來朝拜,得到努爾哈赤的熱情款待和厚賞。第二年十二月,恩格德爾又引喀爾喀五貝勒使臣,貢獻駝馬,朝見努爾哈赤,並尊稱努爾哈赤為良都侖汗(滿語為kundulunhan即恭敬汗)。從這以後,每年朝貢不絕。這樣,努爾哈赤的名聲愈來愈大,稱為女真國聰睿恭敬汗。十七世紀初年,察哈爾林丹汗想恢複俺答汗統治時期的盛世,即請求明廷如封俺答汗那樣,敕封他以王爵,進而統一蒙古。努爾哈赤想統一海西各部,爭取蒙古支持。從此,東西兩大勢力始有相抗之勢,而科爾沁與喀爾喀部在這兩雄相爭之下,開始分化了。科爾沁除翁阿岱以外,諸貝勒紛紛投靠努爾哈赤,喀爾喀的一些貝勒也向努爾哈赤朝貢。這就導致後來的蒙古貴族與女真貴族之間激烈的抗爭。
聰睿恭敬汗努爾哈赤的國力雖然日益強盛,兵力不斷增加,但十七世紀最初的十多年中,在統一女真各部中,經濟上仍然依賴明朝的關東各市貿易。政治上維持臣子地位,效忠於明廷,不斷朝貢通使。他自身也親自入京朝貢,如萬曆二十六年、二十九年、三十六年、三十九年、四十三年,曾五次入京朝貢,同時,對於明邊仍然承擔保衛責任。萬曆三十六年(公元1608年),努爾哈赤盡管有遲貢三年,入京爭賞,欲搶關市等行為,表示出不馴服的態度,但也不得不從大局出發,與遼東邊將議立邊境界碑。遼東吳副將與聰睿恭敬汗共擬碑文的內容說:無論漢人或女真人,不許偷逾皇帝的邊境,知道逾境的人,見了就殺;知而不殺,則罪及於不殺的人,共同發誓保衛“皇帝之境”。可見努爾哈赤此時對明帝和邊官仍然持比較謹慎的態度。