當天上午，傅斯年飛抵台北。此次一去，竟是“回頭萬裏，故人長絕”了。
人生長恨水長東
1949年1月21日，蔣介石在李宗仁、白崇禧、閻錫山等派係聯合打壓下，力不能支，乘“美齡”號專機飛離南京抵達杭州，發表“引退公告”，宣布由副總統李宗仁代理總統，與共產黨進行“和平談判”。此後，蔣躲在老家溪口母墓旁之“慈庵”，韜光養晦，並以國民黨總裁的身份暗中操縱軍政大局，指揮軍隊繼續與解放軍對抗。
1月22日，駐守北平的傅作義正式宣布《關於和平解放北平問題的協議》公告，北平城內25萬餘國民黨軍移出城外，開至指定地點聽候解放軍改編。整個平津戰役國民黨軍隊損失52萬人，解放軍傷亡3.9萬人。
此前兩日，即1月20日，中共中央電賀淮海戰役勝利結束，經毛澤東修改定稿的電報中稱：現在南京城內尚有頭等戰犯及其他罪大惡極的幫凶們，例如胡適、鄭介民、葉秀峰等人。到了1月26日，延安電台廣播說：“對於去年十二月二十五日中共權威人士所提出的戰爭罪犯的初步名單，[66]有人感覺名單遺漏了許多重要戰犯，例如軍事方麵的朱紹良、郭懺、李品仙、董釗、陳繼承、張鎮；政治方麵的穀正綱、徐堪、俞大維、洪蘭友、董顯光、劉健群；黨特方麵的鄧文儀、黃少穀、陳雪屏、賀衷寒、張道藩、蔣經國、鄭彥棻、鄭介民、葉秀峰；反動小黨派方麵的左舜生、陳啟天、蔣勻田。許多學生和教授們認為名單中應包含重要的戰爭鼓吹者胡適、於斌和葉青。”[67]從這條廣播可以看出，此時的胡適由罪大惡極的“幫凶”，已晉升為重要“戰犯”，而傅斯年似乎成為漏網之魚。
眼看長江以北精華之地盡失，國民政府代總統李宗仁決定立即派代表赴北平與中共進行談判，展開旨在保住江南半壁江山的和平攻勢。為加強社會各界力量的和談砝碼，李宗仁專門向已赴台灣的“漏網之魚”傅斯年發電，希望傅能拿出翻江倒海的本領助自己一臂之力，盡快達到“和平之目的”。但此時的傅斯年對國共和談已不抱任何希望，予以謝絕。在致李宗仁的信中，傅斯年以他一貫的作風和政治立場，直言不諱地表達了對時局的看法：
德鄰先生賜鑒：
前奉複電感佩之至，我公以民生為念，倡導和平，凡在國人，同聲感荷，然共產黨之行為，實不足以理喻。共產黨本為戰爭黨，以往尚如彼好戰，今日走上風，實無法與之獲得和平，今看共產黨態度，下列數事至為明顯：
1.分化敵人，徹底消滅中央政權，隻與地方談和，以實行其宰割之策，絕不以人民為念。
2.絕對走蘇俄路線，受蘇俄指揮，而以中國為美蘇鬥爭中之先鋒隊。
3.對多年掌兵符者，必盡量摧毀，介公固彼所不容，而我公及健生宜生諸先生，彼亦一例看待，即我們讀書人，不受共產黨指揮者，彼亦一樣看待也。
在此情形之下，中央倡導和平，忍辱負重，至矣盡矣，受其侮辱亦無以複加矣，凡此情形可以見諒於國人矣。乃共產黨既如此，則和平運動恐須適可而止矣。蓋如文伯、力子、介侯諸先生之辦法，和平既不可得，所得乃下列之結果：
1.江南各省分崩離析，給共產黨以擴張勢力以方便，而人民亦不能減少痛苦。
2.合法政權既已大明，則權衡輕重，恐須即為下一步之準備，力子、文伯之談和平，毫無辦法，隻是投降而已；偏偏共產黨隻受零星之降，不受具體之降，不知張、邵、甘諸公作何解也？
3.大江以南之局勢，如不投降，尚有團結之望（至少不是公開之紛爭），如走張邵路線，隻有全部解體而已。隻要合法之政權不斷氣，無論天涯海角，支持到一年以上，將來未必絕無希望也。司徒大使實一糊塗人，傅涇波尤不可靠，彼等皆不足代表美國，今日希望以美國之助，與共產黨取和乃絕不可能之事也。[68]