本所遷移之議，於是遂決。[17]
陳氏之說當屬事實，但似乎又令人聯想起古代坊間小說的某些情節。傅斯年在赴延安會見毛澤東時，謂對方“對於坊間各種小說，連低級興趣的小說在內，都看得非常之熟。毛澤東從這些材料裏去研究民眾心理，去利用民眾心理的弱點，所以至多不過宋江一流”。其實傅的這段講演也頗具梁山好漢們特別是宋江之流慣用的伎倆，具有典型的利用民眾心理來達到目的的戲劇性效果，想來傅斯年是同樣深諳《水滸》等坊間小說精髓的。或許此時的他並未想到利用和欺騙，而是把他的真心誠意借用這一古典戲劇性手法加以表達也未可知，無論如何，他的目的是達到了。全所大部分人員開始於惶恐紛亂中，攜妻帶子緊急逃亡台灣海峽另一邊的孤島，隻有吳定良、夏鼐、郭寶鈞、逯欽立等少數人留了下來。
遷台經過是慌亂複雜的，而最終得以成行，除了傅斯年一手造就的史語所具有曾國藩締造的湘軍“兵隨將轉”的政治格局和習性，促成該所大部人員出逃的原因還有一個意外插曲，這就是濟南城被共產黨軍隊攻陷後，山東圖書館館長王獻唐被掃地出門，流浪街頭。王氏在學術界屬於德高望重的前輩，抗戰期間流亡李莊達四年之久，與史語所同人建立了深厚的感情。聞知這位學界耆老的悲慘際遇，眾人在潸然淚下的同時，也聯想到了自己日後的命運，遂下決心離開即將被共產黨占領的大陸，像當年的徐福浮海東渡一樣出走台灣。
當史語所一行人登上輪船，心懷淒涼之境，在風高浪急的台灣海峽動蕩顛簸時，傅斯年沒有離去，仍繼續留在南京，擔負起搶救學界名宿碩儒奔赴台灣孤島的重大使命。
學人搶救計劃
1948年11月29日，共產黨所屬東北野戰軍會同華北軍區主力共100萬人，在北平、天津、張家口地區聯合打響平津戰役，與國民黨軍傅作義部60萬人展開決戰。12月12日，北平城被解放軍包圍，南苑機場失守，國民黨軍氣脈已竭，力不能支，平津即將陷落。蔣介石急派飛機空投手諭致平津守軍各軍長，以鼓舞士氣。手諭末尾以悲壯無奈的口氣道：“固守待援，不成功，便成仁。”13日，北平西郊炮聲隆隆，解放軍發射的彈片從清華園上空“嗖嗖”掠過，校內師生及家屬大為驚恐，紛紛逃跑躲避，清華陷於混亂。鑒於此情，校方隻好宣布停課，師生員工自尋出路。
在國民政府風雨飄搖、大廈將傾的危急時刻，朱家驊、傅斯年、杭立武、蔣經國、陳雪屏等在蔣介石授意下，於南京緊急磋商謀劃“平津學術教育界知名人士搶救計劃”細節辦法，很快擬定了“搶救人員”名單。名單包括四類：
（一）各院校館所行政負責人；
（二）因政治關係必離者；
（三）中央研究院院士；
（四）在學術上有貢獻並自願南來者。
計劃既定，立即實施。南京方麵急電北大秘書長鄭天挺，令其迅速組織胡適等重量級知識分子火速南下，共商圖存大計。但北平方麵遲遲沒有回音。12月11日，教育部副部長陳雪屏再度致電北京大學秘書長鄭天挺，安排搶救學人事宜，曰：
毅生我兄，先後三電計達。前與俞部長商定，一俟場可著陸，即派機來迎。托石誌仁主持辦理。特囑黃澂隨機北來，切取聯係。
右所應注意之點，就一時想到者列後：
一、適師及師母必須先行，無論空軍專機或航機先到，立即動身，千萬勿猶夷，因隨時場地仍可破壞也。總統對此一再諄囑，至要至要！
二、東廠胡同如寅恪、錫予諸先生亦可與胡師偕行較為方便，此時不宜謙讓，以免耽擱有變，總之盡前利用機會。
三、其餘同人有必須走開者，如第一項名單所列海宗、壽民、孟實、佛泉、子水、貽寶、諸先生，以及各院校館行政負責人，如梅校長、袁、馬、李、賀、鄭、馮、葉、霍、褚、饒諸先生及吾兄，要走便立刻決定，不宜遲疑。此外各校有地位之教授，如今甫、莘田、景鉞、澤霖諸先生。大抵每機可坐四十人，擬用四機分兩批，何人先走，請梅校長誌仁兄商定。中院院士朱先生特別重視請注意。輔大百齡重一侍峰諸兄亦請勿遺漏。排定次序，秘密通知，立即出發，自己萬不可鬧意見，爭先後。先將必須走者定為第一批，再分別與其他者商定。