1948年3月25日至27日，中央研究院代院長兼評議會議長朱家驊在南京主持召開了最後一輪院士選舉會。經過入會者五輪無記名投票，原定要選出100名院士，因許多名流大腕在投票中紛紛落馬，導致69人票數未能過半，最後隻有81人通過。按既定規矩，凡通過者即正式成為國民政府中央研究院第一屆院士。名單如下：
數理組（28人）
薑立夫 許寶騄 陳省身 華羅庚 蘇步青 吳大猷
吳有訓 李書華 葉企孫 趙忠堯 嚴濟慈 饒毓泰
吳憲 吳學周 莊長恭 曾昭掄 朱家驊 李四光
翁文灝 黃汲清 楊鍾健 謝家榮 竺可楨 周仁
侯德榜 茅以升 淩鴻勳 薩本棟
生物組（25人）
王家楫 伍獻文 貝時章 秉 誌 陳 楨 童第周
胡先驌 殷宏章 張景鉞 錢崇澍 戴芳瀾 羅宗洛
李宗恩 袁眙瑾 張孝騫 陳克恢 吳定良 汪敬熙
林可勝 湯佩鬆 馮德培 蔡 翹 李先聞 俞大紱
鄧叔群
人文組（28人）
吳敬恒 金嶽霖 湯用彤 馮友蘭 餘嘉錫 胡 適
張元濟 楊樹達 柳詒徵 陳 垣 陳寅恪 傅斯年
顧頡剛 李方桂 趙元任 李 濟 梁思永 郭沫若
董作賓 梁思成 王世傑 王寵惠 周鯁生 錢端升
蕭公權 馬寅初 陳達 陶孟和
隨著名單公布，折騰了幾年的中國有史以來的首屆院士選舉塵埃落定。
由名單可以看出，史語所相當多的研究人員當選本屆院士。其中專任研究員有傅斯年、陳寅恪、趙元任、李方桂、李濟、梁思永、董作賓、吳定良，兼任研究員有馮友蘭、湯用彤，通訊研究員有胡適、陳垣、梁思成、顧頡剛、翁文灝。整個人文組差不多有一半院士與史語所有關。後經夏鼐列表分析，本次當選院士，中央研究院有21人，北京大學10人，清華大學9人，技術機關6人，其他如中央大學、浙江大學、文化機關及行政長官各有4名，另外的機構、大學都在4名以下，如複旦大學僅童第周1人。中央研究院所占比例為26%。消息傳出，反響不一，有的認為本次選舉公平合理，有的則認為“遺珠甚多”，北大教授向達公開批評，謂：“本院的所長，大部分的專任研究員，幾乎都是當然院士。”“令人有一種諸子出於王宮之感。”[58]胡適事後對院士籍貫分布專門列表分析，並在1948年9月24日的日記中寫道：“此次院士八十一人，安徽隻有我一人。”是否暗含著一絲同鄉太少且為劉文典出局的惋惜之情？後人則難以考證了。
當然，這個時候也有對此頗不在乎者，如經胡適、傅斯年、董作賓、李濟、夏鼐等人竭力爭取，終於成為院士的郭沫若。因郭氏此時已受到中共方麵的重用，並開始在政治文化界大出風頭，對這個國民黨政府贈予的學術頭銜早已不屑一顧了。
1948年夏天，在美國的傅斯年突然提出回國，夫人俞大綵勸他再靜養些時日，但傅執意欲歸，且慷慨陳詞：“國內要做的事太多，豈能偷閑而安居異國乎？”[59]俞大綵不好阻攔，隻把兒子傅仁軌留在美國一個親友家中繼續讀書，夫婦二人回歸祖國。抵達南京後，傅斯年重新執掌史語所所務，夏鼐的代理所長就此告一段落。