當天下午，由本次評議會秘書翁文灝、中央研究院總幹事薩本棟及各所負責人報告工作情形，討論院士候選人名單審查辦法。夏鼐向評議會秘書處提交了由自己主持召開的史語所所務會議通過的“推薦院士候選人”名單：
哲學：吳敬恒、湯用彤、馮友蘭、金嶽霖。
史學：陳寅恪、陳垣、傅斯年、顧頡剛、蔣廷黻、餘嘉錫、柳詒徵、徐中舒、陳受頤。
中國文學：胡適、張元濟、楊樹達、沈兼士。
考古及美術史：李濟、董作賓、郭沫若、梁思永（以上考古）；徐鴻寶、梁思成（以上美術史）。
語言：趙元任、李方桂、羅常培、王力。
民族：淩純聲。[45]
評議會幾經討論，決定院士候選人不得超過正額（88至100人）之一倍，次日上午分組審查。
16日，會議繼續進行，評議會分為數理組、生物組、人文組等三個小組審查，其中人文組由胡適召集。因夏鼐僅為副研究員職稱，不是正式評議員，不能參加評議。但胡適以人文組傅斯年、陶孟和二人缺席，隻剩胡適、李濟、周鯁生等三人為名，硬拉夏鼐與社會科學研究所的巫寶三列席。
會上，眾評議員對推薦機構和評議員分別提名的候選人進行資格初步審查，審查的內容主要看被提名人是否在抗戰期間淪陷區的偽大學等學術、教育機構任職。審查中，著名化學家趙承嘏、薩本鐵，以及參加偽“北大”的容庚被刪除。據夏鼐日記載：文史方麵選出31人，濫居其列者，至社會科學，尤其是經濟及法律部門，前者幾無其人，因巫君在座，故仍提出7人（馬寅初、劉大鈞、何廉、方顯廷、楊西孟、巫寶三、吳大業）。法律方麵提出王寵惠、王世傑，以後勉強列入燕樹棠、郭雲觀、李浩□。討論至12時始散。下午開大會審查，化學組加入數人（孫學悟、朱汝華、黃子卿、紀育經）。物理組加入桂賀廷。生物科學、農學刪去陳宗一及侯□□。礦物學加入陳克恢。醫學原擬加入李卓浩，後以其未曾返國工作故未能通過。[46]
10月17日上午，評議會繼續審查入選人員名單，而被審查的第一位就是郭沫若。有評議員認為郭是站在共產黨一邊的人，其罪過遠遠大於趙、薩、容等幾人，後者不可留，前者更該殺。胡適以和事佬的身份出麵問朱家驊，假如朱不是今日會議之主席當如何看待？朱家驊旗幟鮮明地表示郭某人“參加內亂，與漢奸罪等，似不宜列入”。薩本棟起而和之，謂：“恐刺激政府，對於將來經費有影響。”評議員吳正之幫腔道：“恐其將來以院士地位，在外麵亂發言論。”此時陶孟和已來到會場，對於這一連串反對入選意見，起而反擊道：“若以政府意誌為標準，不如請政府指派。”陶氏手下大將、會議列席者巫寶三見陶如是說，亦站起來表示擁護陶說，謂：“不應以政黨關係，影響及其學術之貢獻。”胡適見狀，思慮再三，決定附和陶說，謂“應以學術立場為主”雲雲。[47]
鑒於雙方意見各不相讓，最後決定以無記名投票的方式決定郭氏是留是除。在這一關鍵時刻，夏鼐認為“此事關係頗為重大”[48]，乃不顧自己作為列席者不能參加表決的身份和規矩，起立為郭沫若辯護，據夏鼐日記載：“會中有人以異黨與漢奸等齊而論，但中央研究院為Academia Sinica（中國的科學院），除學術貢獻外，唯一條件為中國人，若漢奸則根本不能算中國人，若反對政府則與漢奸有異，不能相提並論。在未有國民政府以前即有中國，（國民政府傾覆以後，亦仍有中國），此句想到而不須說出口，中途截止。故對漢奸不妨從嚴，對政黨不同者不妨從寬。”[49]