很明顯，傅斯年是挾政府之命，以學校負責人的身份帶著平息事態的重任飛抵昆明的。行前，朱家驊專門請示過蔣介石，蔣認為傅斯年是合適的人選，也會在政府與聯大師生之間周旋，並不至於和其他政客一樣引起知識分子的反感。傅斯年對事件經過稍做了解，便以他的精明和以往處理學潮的經驗，認為必須堅持將學生複課與懲凶事項分別辦理，隻有如此，方有處置的可能，這個想法與朱家驊不謀而合。
第二天，朱家驊自重慶拍發密電告訴傅斯年並轉馮友蘭、周炳琳和姚從吾，說“學潮若不早息，影響所及實匪淺解”，同時認為“一俟事實明了，凶必嚴懲，弟可保證”。但又站在政府立場上，竭力主張“複課與懲凶似應分別辦理，至複課至關重要”，要求傅斯年等“全力協助，約同其他至友，勸導學生早日上課，最好能俟複課後再來較妥，否則罷課久延或將波及他處，致難收拾”。[25]
12月5日，重慶《新華日報》以《昆明學生流血慘案》為題發表社論，指出：雲南當局“一麵在昆明動手，一麵在重慶的官辦報紙上已登著皇皇大文，硬指反對內戰的教授和學生都是共產黨所煽動，來作為把他們當做‘匪徒’，用美國機關槍來對付的理由。像這樣的周密布置和輿論配合，那是段祺瑞和宋哲元萬萬及不上的”。與此同時，全國其他報刊相繼刊發文章，矛頭直指國民黨當局，昆明慘案成為重慶大街小巷議論的熱門話題。
當各種說辭傳到蔣介石耳中時，蔣明顯有些不耐煩起來。據唐縱日記12月6日載：“美國務卿貝爾納斯致函安德遜闡明美國在華政策，主張建立一‘強大團結民主之中國’，設法協助中國完成國內之團結與穩定，基於機會均等及尊重國家主權原則循正當合法之途徑努力。由此可知馬歇爾上將使華，其任務在調查蘇聯在遠東之勢力與動態，並將相當修改赫爾利對華之態度，而用各種方法與力量以促成中國之團結與民主運動。”又記：“主座兩次電話詢問昆明學潮情形。主座致盧主席電，謂如不能解決，即應解散其學校，另將學生集訓。”[26]
這則日記透出的信息是，蔣介石的焦急與焦慮不安，與國際大環境有著密切關聯，他極不願因為昆明的血案而在國際政治旋渦中陷於被動。但事實上，眼見昆明學潮有蔓延全國之勢，蔣所謂解散學校、集訓學生，也隻是一時氣極的瘋話罷了，誠如曆史學家黃仁宇所分析蔣介石的性格和處世手段：“當曆史已在他蔣介石眼前和手下高速地展開，他無從采取通常合乎情理的方法對付。於是他以直覺作判斷，先以道義為手段，不及則雜之以權宜，多時仁厚，偶爾心狠。被逼不得已則以宗教哲學思想和禦己的紀律堅持下去。”[27]
蔣在處理此次學潮的一係列做法，正應了黃仁宇對其性格的判斷和歸納。蔣采取的措施仍是加緊安撫學生，如下令批準立即槍決陳奇達、劉友治以表當局態度。這一做法在得不到學生和輿論認可的情形下，蔣介石開始“雜之以權宜”，下令關麟征停職，著其立即赴渝報告。
關麟征預感大事不妙，為顧全臉麵，於12月7日，向重慶拍發電報自請處分。電雲：
蔣委員長：
自昆明學潮發生以來，職深知其中有人操縱，含有政治陰謀，故無時不在戒慎恐懼，本鈞座之意旨，小心防範，以免事態擴大，殃及無辜。而東日（一日）午聯大文法學院與軍官第二總隊之鬥毆及聯大師範學院之慘案，陡然而起，職已竭盡諸種方法，以求補救，緝凶慰撫，凡於職分應盡之事，無不廢寢忘食，竭盡綿薄。今投彈凶手陳奇達、劉友治均已就捕，並於盧主席主持之下，約請各界首長約百餘人公開會審，據供確係受共黨分子薑凱嗾使，凶器亦薑所與，事態已明，學潮理應告一段落。然恐奸人絕不以此為足，仍將利用學生並其生命，以為遂行其陰謀之工具，而職身負治安之責，事前防範未周，以致可愛青年死者四人，傷者十餘，擬請先於撤職，並以法議處，以平奸人之憤，兼慰罹難學生之心，且為失職者戒。謹請鑒核。
職 關麟征叩[28]
殘酷的現實與社會各界強烈反響以及傅斯年等人的態度，促使蔣介石不得不做出讓步。決定將關麟征“明令停職，聽候處分”，由青年軍編練總監霍揆彰中將接替其職。[29]同時撇開李宗黃，正式授權由盧漢出麵主持慘案的調查和善後事宜。