隨著兩派性質不同、主義不同的黨團隊伍在聯大崛起，往日純粹的學術氛圍被打破，越來越濃厚的政治空氣籠罩了整個校園。兩股勢力明爭暗鬥，長此消彼，直至鬧到難解難分的膠著狀態。而這兩股政治力量的叫板爭雄，不但對西南聯大的學潮再度興起與寂滅起著至關重要的影響，也為震驚中外的“一二·一”血案埋下了伏筆。
據聞一多長孫聞黎明編撰的《聞一多年譜長編》記述，當昆明學生聯合會決定於12月25日晚舉辦演講會時，曾事先邀請過聞一多、吳晗等當時被看作激進派或稱為“左派”的教授出席。中共雲南地下黨組織聞訊，派人指示聞吳二人：“為了擴大影響和個人安全，要適當減少公開出麵，而在下麵多做工作，要注意團結爭取大多數，盡可能推動更多的人站出來說話，這樣對鬥爭有利”[18]雲雲。聞、吳聽從了這個指示，當晚沒有參加演講（南按：唐縱日記列舉名單中有聞一多）。但當雲南大學迫於壓力不借給會堂，演講會即將無果而終時，聞一多力主改在聯大操場進行，並最終促成了此事。
時與聞一多、潘光旦、吳晗等一派教授聯係的神秘人物，是一位叫洪德銘的西南聯合大學二年級學生。此人乃湖南臨澧縣人，早年加入共產黨並出任過新四軍某團政治處副主任，蔣介石下令摧毀新四軍大本營的皖南事變發生時，洪氏因重傷被俘，後成功脫險。1944年，洪考入西南聯大，創建民主青年同盟，為西南聯大地下黨的主要負責人，受中共南方局昆明方麵的負責人華崗和地下雲南省工委直接領導。
後來中共在聯大成立了黨總支和下屬兩個支部，由袁永熙出任總支書記（南按：1947年，袁與陳布雷之女陳璉結婚），洪德銘、馬識途分別出任支部書記，暗中發展學生，反對國民黨在校內的統治。聞一多、吳晗等一派教授在政治方麵主動向中共靠攏，並無條件地聽從袁、洪等幾位中共地下黨員學生的直接指揮調遣。據洪德銘回憶：“慘案當天晚上深夜，我把工作安排好後，到吳晗、聞一多處碰頭，三人一見麵就情不自禁地淚流滿麵地哽咽起來。接著在一起交換情況，商量工作。聞、吳先生說教授會的工作、民盟的配合、文化教育界的發動，由他二人負責，每天他二人向我介紹情況。民青、罷聯有什麼意見要求，可以委托他二人辦理（南按：按中共指示，洪還負責分管罷聯工作）。我按照黨的指示，把我們如何擴大、堅持鬥爭的部署向他二人作了彙報，他二人表示完全同意，全力支持。聞先生還說：‘大事不先和民青商量，決不隨便向外表態。’”[19]
與聞一多等人針鋒相對的派係，是以聯大曆史係主任姚從吾為首的國民黨右翼集團骨幹分子。盡管姚氏麵貌長相似一河南農民老粗，卻如傅斯年所說“外似忠厚，實多忌猜”，同時更有陳寅恪指斥“愚而詐”的特性。就是這樣一位貌不驚人、土了吧唧的人物，可能受幼年所在地理環境影響熏陶，像他的很多同鄉一樣對政治和政客生活頗感興趣，並竭盡投機鑽營之能事。1940年，傅斯年在給胡適的信中提到的“隻有從吾胡鬧。此人近辦青年團，自以為得意……我真不能忍耐，即與之絕交”等[20]，指的就是此人。盡管傅對姚的所作所為很不感冒，但姚還是得意洋洋地幹了下去，將青年團辦得有聲有色，很受國民黨省黨部及上層的重視。初涉政治的姚從吾見辦團已有所斬獲，又開始熱火朝天地負責組建西南聯大國民黨黨部，在政治上大有衝出聯大扶搖直上之勢。
當11月27日學潮爆發後，姚就開始以西南聯大國民黨與三青團組織總負責人的名義，致快件向教育部長朱家驊彙報昆明學潮發生情況和他所采取的對策。內中說，“據團中同誌言：中立派簽名者至廿七日已有八九百人”。[21]按姚當時的觀察分析，隻要不再發生過分刺激學生的情況，事情仍有可為。因此頗有點遠見地認為：“應與辭修（南按：即陳誠）部長即電關、邱諸同誌與王政（南按：即雲南省教育廳廳長）同誌及大學團部負責人切實聯係，將‘結束罷課’與‘防遏反動’分開，以政治為主，軍隊彈壓為副，萬勿隨意行動。隨意刺激群眾，無益實際，徒增困難。簡言之，不妨及治安者，軍人切勿幹涉。”又說：“聯大事除與學校負責人接觸指示之外，應再專函周枚蓀（南按：周炳琳）、張奚若，請二先生貢獻意見，協同處理。因枚蓀實具有若幹鎮壓能力，張先生尚得學生信仰。至於端升，壞事有餘，易受利用。又CP（南按：共產黨英文縮寫）為孤注一擲計，自必竭力搗亂，此次壓下去或即可永久相安也。”[22]