事實上，就當時的薪水論，史語所的研究員月薪500元，而“技正”是技術人員中最高的職銜，月薪隻有400元，這就是說，吳金鼎的晉升之路已被堵死，一輩子不可能拿到與研究員同樣的薪水了。於是，吳把這一待遇自然地看作傅斯年故意對自己的汙辱與輕慢，從而對傅大為不滿並滋生了怨恨之情。山東人固有的倔強、偏執性格與心中的鬱悶，使吳金鼎漸漸產生了拋下自己的研究事業，離開這塊令人不快的是非之地，索性一走了之的念頭。當時吳金鼎正整理編寫成都琴台永陵發掘報告，經過反複思考，借政府決定招收知識青年入伍抗日的契機，終於做出了令傅斯年、李濟以及所有相識者都始料不及的抉擇，並不顧眾人一再勸說挽留，懷著“此處不留爺，自有留爺處”的悲憤心情，於這年年底背著正在編寫的半部成都琴台永陵王建墓發掘報告草稿，在黎明的蒼茫夜色中，頂著漫天風雪孤獨而淒涼地踏上了前途未卜的旅程。
1945年年初，按照蔣介石指令，號稱由10萬知識分子組成的青年軍，在短暫集中後編成9個師，以原緬甸遠征軍總司令羅卓英擔任訓練總監，蔣經國為軍政治部主任，負責行政上的實際領導職責。青年軍的組建，為蔣經國步入軍隊高層係統並執掌軍權打開了一條寬敞的通道。
按照國防委員會頒布的命令，征召的青年軍各師、團分別在四川、陝西、貴州、雲南、江西、福建等6個不同地區整訓。自1945年1月1日起，四川省從軍的知識青年陸續集中，分批乘專車赴瀘縣軍營整編。直到8月初，同濟大學參軍的300多人，才開赴瀘縣203師受訓。
此時，中國軍隊的人格教育和兵製教育，依舊沿襲清末新軍的老套路，即靠湘勇起家的曾國藩外加“軍閥王國的始祖”、日本人山縣有朋的訓導模式。而這個時候的中國文人教育，特別是高等教育，繼五四運動之後已發生了巨大變革，民主、自由等思想已融入青年學生的血液之中，並成為學子們為之追求的理想和人生行動的目標。兩種截然不同的思想文化和教育方式，在舊式軍人與新生代學生軍之間產生了劇烈碰撞與對立，這種隔膜與對立，就不可避免地為從軍學生的個人悲劇埋下了伏筆。
早在1940年，一些滿懷愛國熱情投筆從戎的青年學生，加入了國民黨在重慶綦江舉辦的戰時幹部訓練團。其間，有學生兵開始公開傳閱有共產傾向的另類書籍，鼓吹聯合抗日，並與一些舊式軍官在思想和行為方式上發生了衝突。麵對這一情形，黃埔一期生、時任戰幹團教育長的桂永清大為震怒，強行下令逮捕了上百名“造反”與“滋事”的學生兵，除了拉到郊外槍殺外，對幾名帶頭滋事的所謂頭頭，分別挖坑活埋，這一殘酷的殺戮釀成了震驚全國的“綦江慘案”。雖然在全國民眾一片憤怒聲討中，桂永清遭到了革職處分，但不久即轉赴德國出任武官。再之後，又相繼獲得了國民黨海軍總司令、陸海空三軍總參謀長、一級上將等高職顯爵。