傅斯年接函，見對方不把自己這位“太上總幹事”放在眼裏，竟敢公開叫板兒，火氣更盛，血壓呼呼上躥，再度潑墨揮毫，除了對陶孟和嚴加痛責，還致書朱家驊，把陶孟和欲“掛空牌於酒泉”的設想，上升到“近於蒙蔽政府之事”的政治高度，並堅稱此為“院務之大事”，應該“聞之院務會議，以商其各種可能之利害”，因為這等大事，並不是院長和某位所長合謀就可以算數和應該執行的事情。至於中央研究院的發展前景，該如何擘擬，不容許“黑箱操作”。傅斯年此言既有政治高度，又有理論依據，還有事實上的利害得失，可謂步步為營，刀刀見血，針針封喉，令處於黨國大員地位又“高處不勝寒”的朱家驊聞之心驚肉跳，不得不好好思量一番。
已經開始對傅斯年的打壓進行反擊的陶孟和並不服氣，他再次致函傅斯年直言不諱地說：“退一步講，中國學術工作，以至近於學術之工作如此幼稚，研究之處女領土如此之大，‘重複’……又有何妨？”
而傅斯年最不能容忍的就是別人與自己所掌控的領域“重複”，與自己“重複”，就等於另立山頭，扯旗造反，向自己宣戰。這一點，從傅氏當年特別看重的弟子夏鼐於1955年的說辭中即可以明了。時任中國科學院考古研究所副所長的夏鼐，在政治壓力下，於同年《考古通訊》第三期發表了《批判考古學中的胡適派資產階級思想》一文，文中列舉了胡適多條罪狀，其中第五條便是：“宗派林立，學閥稱霸。胡適傅斯年輩學閥，是以研究機構和高等學校作為地盤的，成為一種排他性的宗派。像軍閥一樣，他們雖時常打算擴充地盤到別人的勢力範圍中去，但自己的地盤是決不容他人染指的。這種風氣也傳染到考古工作中去。”夏鼐這些話，雖是處於當時嚴酷的政治形勢而不得不為之，但也從另一個側麵反映了胡適、傅斯年確實有這方麵的毛病。
而在社科所於西北掛牌的問題上，傅斯年見陶孟和把自己的警告當作耳旁風，且還振振有詞地予以辯駁，氣惱中再度給朱家驊發一密函，除了要求把此事“聞之院務會議”，還想出另外打壓製裁陶孟和的一個計策，強烈要求將社科所與史語所“兩所工作之分界，提交院務會議”，當院務會議將分界劃清並得到兩所負責人認可後，另“由全院辦一中央研究院西北工作站”，以便集中強有力的人員做更全麵的工作。
陶孟和得知傅斯年的密函內容，深知這是傅在中間攪渾水的把戲，假如全院在西北辦一工作站，派去的人員自然又是以史語所為龍頭老大，社科所人員還是在他們的打壓欺負之下且永無出頭之日。想到這裏，陶孟和大怒，再也顧不得作為長輩的麵子，幹脆撕破臉皮，以牙還牙，並以“足下伎倆高超，素所深悉”等語致函傅斯年，對其言行大加痛斥。傅斯年接函自是怒火萬丈，當即回函予以反擊，其中特別提到“伎倆”一詞。傅說道：
伎倆一詞，其Connotations在中國雖無標準字典，然試看《聊齋》、《西遊》、《兒女英雄傳》、《封神榜》等書，完全是一句罵人很重的話，意為“小小陰謀”之類或英語之Treacherous，……此等罵人話，最好盼望我公收回，即是說，下次來信，聲明收回“足下伎倆高超，素所深悉”十個大字，除非我公認為不必再作朋友的話。[30]
雙方情緒至此，已形同戰場上的肉搏狀態，裂痕既開，很難融合。
又經過幾個回合的交鋒，二人的裂痕越來越大。最終的結局是，陶傅二人形同寇仇，無論是陶孟和設想的“分店在蘭，牌子卻掛在酒泉”，還是傅斯年構想的“西北工作站”的對應之策，通通成了泡影。
意想不到的是，由於李約瑟的到來，形同陌路且於對方心懷耿耿的陶傅二人，又暫時擯棄前嫌，雙手握到了一起。
關於兩位學術巨頭是以何等心境和緣由，在這樣的時間和場合走到了一起，曆史沒有留下詳細記錄，隻是後來林徽因在給費正清夫婦的信中透露了隻言片語，信中稱：“有人開玩笑說，梁思成成功地使平時有嫌隙的陶孟和博士與傅斯年博士在李約瑟的講演會上當眾握手言和，應當獲諾貝爾和平獎。這件事因為在大庭廣眾下發生，更具戲劇效果。它剛好在李教授在中央博物院大禮堂作講演之前那一刻發生的。據報道，許多人暗自為這件事鼓了掌。李濟博士走上前去和梁思成握了手，並且私下說要授給思成諾貝爾和平獎。”[31]林徽因在信中特別提及讓費正清夫婦放心，並言“人類總的來說還是大有希望的”。最後又突如其來地插進一句：“這次和解的基本工作還得歸功於某位人士。這位人士有拚命卷入別人是非的癖好，而且盡人皆知。”[32]