（二）農村金融機構產權變革，治理結構有待完善
在正規金融機構方麵，以農村信用社為例：1959年中央將農村信用社的管理權限下放到生產大隊，農民的生產資料一切歸公，使農村信用社合作金融的所有製根基喪失，破壞了合作金融的成員自願、民主管理的原則。1984年8月，提出恢複農村信用社組織上的群眾性、管理上的民主性、經營上的靈活性的“三性”原則，市場主體性質得到穩步強化。1996年農村信用社與農業銀行脫離行政隸屬關係，使其發展步伐更是加快，支農服務功能增強。2003年6月，新一輪農村信用社改革開始，主要內容是以法人為單位改革農村信用社的產權製度。2010年，銀監會正式印發了《關於加快推進農村合作金融機構股權改造的指導意見》，要求農信社農村、合作銀行等農村合作金融機構有效規範股權管理，用五年左右時間總體改製為產權關係明晰、股權結構合理、公司治理完善的股份製金融企業。縱觀農村信用社的改革曆程，雖然取得了很大進步，但是產權結構方麵麵臨縣、市、省聯社之間統一法人的選擇問題，作為獨立的法人組織，每個法人層級的農信社都有權利自主進行股份製改革，而股份製改革本身又涉及各級聯社以股權重新分配為核心的權力分配問題；在法人治理結構上，省聯社可以直接以行政方式任命縣市聯社的管理人員，幹預其經營行為，同時內部有效約束代理人機會主義的行為機製不健全；在經營上，其市場化盈利行為與服務“三農”的矛盾性和缺乏有效的外部競爭，限製了農村金融製度的有效供給。
（三）農村金融製度變革的配套製度的欠缺
首先是農村的產權製度，農村的土地、林地、宅基地及各種資源都是集體產權，缺乏作為信貸擔保的便利條件，存在抵押、擔保等的製度束縛。土地經營權和宅基地使用權是農民安身立命之本，而不健全的農村社會保障體係，也不適合其作為抵押物品。其次是農村信用製度還處於起步探索階段，不能有效起到降低金融機構風險和民間資本進入正規融資體係的製度保障。再次是農業保險製度供給短缺，加大了農業金融貸款的風險性。再次是農業合作組織製度發育不足，受到傳統體製和農戶自身素質等因素的限製。最後在金融監管製度方麵，農村金融監管主要是對正規金融機構而對非正規金融機構監管不足、缺乏靈活性且農村金融監管力量薄弱，加大了農村金融風險。
（四）“三農”問題突出造成農村金融需求不足
在農村經濟發展方麵，我國實行長期的二元經濟政策，直接表現就是城鄉發展的巨大差距，而經濟水平是金融供給的基礎，絕大部分中小企業發展水平低、貸款條件差及農民的收入低限製了金融需求；在農業的經營方麵，由於其比較利益低、風險大等先天弱質性，造成資金不願投入農業，同時經營農業的多樣化金融需求如農業保險業等缺乏政府的有效支持，進一步降低了金融服務農業的目的；在文化水平方麵，農民對現代化金融工具了解不多，且本身具有風險規避偏向，對不熟悉的金融工具更加不敢妄加應用，對金融需求也隻是存貸方麵，限製了農村多樣化金融體係的發展。
三、加快農村金融製度變遷的對策措施
（一）打破政府壟斷性供給，大力發展非正規金融
首先進一步加大農村金融的改革力度，使政府主導型製度變遷轉為政府供給與需求引誘相結合的製度變遷，特別是以立法的形式製定相應的改革方案，防止政府對金融供給的隨意性幹預；其次，改變長期以來金融機構偏向非農產業及城市大型企業投資的方向，以滿足農業及農村中小企業發展為目的，建立相應的政策支持及金融變遷與農村繁榮一體化機製；最後進一步降低民間資本進入銀行體係的門檻，大力發展有先天優勢的非正規民間金融的發展，打擊侵害人民權益、危害經濟安全的融資行為，同時合理引導非正規金融機構正規化，促使新型民間金融機構的發展，使非正規金融透明化、信息化、市場化、現代化，滿足民間各樣的金融需求。
（二）健全農村金融機構股權結構及治理結構