（一）全麵預算管理缺乏清晰的長遠發展目標
當前許多商業銀行對全麵預算管理尚缺乏足夠重視，導致其現階段乃至長遠發展的目標得不到明確，僅僅考慮自身管理製度是否與現代管理水平相符。而長遠發展目標的缺失或不明確必然導致全麵預算管理難以發揮其良好的導向作用，也就無法有效地推動商業銀行發展。
（二）管理層次較多
商業銀行在實施預算管理過程中形成了繁冗的管理層次，以中國工商銀行為例，在全國範圍內，其營業網點多達2萬多個，自從2004年起實施管理會計與財務會計分離後，其會計核算將支行作為基本單位，從而使核算單位得到大幅削減，但就目前來看，其核算單位仍然較多，約有4500多個。
（三）預算管理體係尚未完善，缺乏全麵性
分析國內商業銀行當前的實際情況我們發現，在大多數商業銀行經營過程中都缺乏一個成熟完善的全麵預算管理體係。例如有些銀行的管理組織架構中缺失了預算管理委員會等，由此無法為商業銀行經營創建高效合理的經營環境，全麵預算管理的實施也就無從談起。
（四）編製程序混亂，缺乏靈活性
當前許多商業銀行在全麵預算管理中未妥善安排編製流程和預算編製方法，導致編製程序較為混亂，全麵預算管理也就無法發揮出應有效用。
（五）缺乏有效的激勵機製和考核機製
全麵預算管理由此無法充分發揮效用，預算目標與預期之間存在較大偏差。
三、商業銀行如何加強全麵預算管理
國內商業銀行應采取各類有效措施切實發揮全麵預算管理的效用，使預算管理製度的優越性得到充分體現，具體可從以下幾個步驟入手：
（一）商業銀行在內部管理中應首先明確預算目標，使其指導作用得到充分發揮
通常來說，銀行在其管理過程中製定了在預算期之內必須要實現的目標即為預算目標，預算目標不僅包括局部與整體目標，也包括短期和長遠目標，但無論何種目標都應作為全麵預算管理的導向。在管理過程中一旦缺失了長期發展目標，則會導致全麵預算管理過於偏重近期目標，對其長遠發展考慮的不夠全麵。此外還應確保銀行管理目標的科學合理性。商業銀行管理首先應以市場實際情況為基礎來製訂與之相適應的企業發展戰略，方能有效地指導全麵預算管理，使其更趨於合理化、科學化；其次應注意在全麵預算管理中做好各部分、各環節的協調工作；最後，應以商業銀行長短期目標和發展戰略為指導來確立預算，並保證其科學、有效，進而在商業銀行內部管理中推動全麵預算管理。
（二）樹立牢固的全麵預算管理理念
在現階段經營管理過程中，商業銀行應樹立牢固的預算管理理念並不斷強化，進而能夠在對銀行經營與運作活動中細節進行規劃的同時也對全麵預算管理體製的效用有充分認識，從而有利於銀行提高經營管理水平，獲取更多的利潤，使銀行固有戰略目標得以實現。