其次是我國產業結構的轉型升級需要協調與就業的關係。作為一個轉軌中的發展大國，長期以來我國安置就業的任務特別繁重。根據第六次全國人口普查數據，目前我國勞動力總量已達到了9.2億，且大多數勞動力的教育水平為初中或以下，與美國相比，我國勞動力總量約為美國的5倍。這種客觀事實使得政府在製定結構調整政策時，必須考慮產業結構的轉型升級對就業結構的影響，也就是產業結構的轉型升級必須兼顧國內就業目標的實現。因此，我國的產業結構的轉型升級就存在如何處理工業內部勞動密集型產業、資本密集型產業與技術密集型產業的矛盾。在未來一段時間內，隨著東部沿海地區產業結構的調整、轉型與升級，直接後果將是大量勞動密集型企業的撤退，接踵而來的必然是大量就業崗位的減少與失業問題的突出。這裁減下來的剩餘勞動力如何安置，將直接影響我國和諧社會目標的實現。因此，勞動就業因素也是我國產業結構轉型升級過程中不可逾越的政治現實。
第三是我國加工製造業內部的關鍵環節薄弱，缺乏轉型升級的技術基礎。按照全球價值鏈的理論，加工製造業內的環節分為研發、設計、生產、加工、銷售、服務等環節，其中產品的研發、設計，精密加工，品牌、營銷與供應鏈管理是高技術、高附加值與信息密集環節，而生產、加工、組裝則是高能耗、低技術、低附加值、勞動密集型環節。長期以來，基於廉價勞動力的比較優勢，國內加工製造業的產業選擇主要集中在生產、加工、組裝等環節，產品的研發、設計，精密加工，品牌、營銷與供應鏈管理等環節的發展嚴重不足。國外企業在產業鏈關鍵環節的高端壟斷與國內加工製造業的低端鎖定，使得加工製造業的發展隻能依賴低成本的規模競爭，這又誘發產業的過度競爭、產能過剩與資源依賴，並使得經濟粗放增長、能源需求與外貿依存度持續加大等。根據世界銀行的統計，盡管中國的出口占到了GDP的40%，但半數屬於加工貿易，若隻計算增加值部分則出口還不到GDP的20%。目前，我國已出現了大量中小企業的倒閉，表明加工製造業的生產、加工、組裝模式正麵臨著嚴峻的挑戰。
三、我國產業結構調整的重點
針對我國產業結構轉型升級的難點，未來產業結構轉型升級的重點就需要突破重點、綱舉目張，即需要重點關注以下幾個方麵：突破加工製造業的關鍵環節，繼續發揮產業對經濟增長的支撐效應；加快現代化服務業的發展，推進產業之間的融合與互動；協調區域產業發展，實現產業升級與就業保障的協調等。
首先需要突破加工製造業的關鍵環節，並繼續發揮產業發展對經濟增長的帶動效應。目前，我國仍然處於工業化時期，加工製造業依然是國內經濟增長的重要推動力，因此產業結構調整的重點就必須突破加工製造業的關鍵環節，並繼續發揮產業發展對經濟增長的帶動效應。針對我國加工製造業的低端鎖定，產業結構調整的重點就需要通過製度創新與政策安排，強化對加工製造業的研發、設計、精密加工、供應鏈管理、品牌、營銷、全球運營等薄弱環節的支持，加快培育加工製造業的技術創新能力、係統集成能力與品牌營銷能力，推動加工製造業由產業鏈最低端的低技術的生產、加工、組裝環節，向高端的技術密集型的研發設計、品牌營銷等攀升，提升產業的分工層次，實現“中國製造”向“中國創造”、“中國設計”與“中國製造”的轉變。
其次需要加快現代化服務業的發展，推進產業之間的融合與互動。在信息化、知識化背景下進行產業結構的調整，就需要推動信息經濟、知識經濟由第三產業向第二產業各領域的R&D、設計、管理、經營等各環節滲透，推動現代服務業與先進製造業的相互融合、相互促進與相互發展。由於我國產業結構調整的關鍵在於R&D能力、創新設計能力、係統集成能力與市場營銷能力，這一切在很大程度上又依賴於知識經濟與信息經濟的高度發展。因此，產業結構的調整、轉型與升級需要通過製度創新與政策安排，加快知識管理、創新管理、市場分析、產品創新、電子商務、營銷渠道、現代物流等現代服務業的發展，強化現代服務業與先進製造業的融合與互動。