“議大禮”風波之後，世宗恐大臣不服，仍然不斷使用禦杖。嘉靖十二年（1533），郭君弼上書言星變事，觸怒世宗，被逮送錦衣衛獄，用夾棍、拶指拷逼近百次之後，又拉到午門施行禦杖責打，直打得兩腿露出白骨。嘉靖十三年（1534），世宗派武定侯郭勳替他到太廟祭祀，給事中張選上疏進諫，世宗不悅，命令將張選押到午門，禦杖八十。世宗親自坐鎮文華殿監杖，每一個校尉行杖完畢，都必須把杖責的情況報告給他，行刑用的竹杖都打斷了三根。打完之後，張選已經氣絕休克。世宗叫人把張選拖走，仍然餘怒未息，耿耿於懷。張選被抬到家中，家人給他灌藥，才慢慢蘇醒過來。嘉靖朝“四十餘年間，杖殺朝士，倍蓰前代”，“天下莫不駭然。”
嘉靖以後，直至明末禦杖未斷。隆慶二年（1568）穆宗朱載重禦杖給事中石星，杖責後又將他削職為民。萬曆五年（1577），神宗朱翊鈞的輔命大臣張居正的父親死了，因為當時皇帝年幼，張居正身負重任，他不願丟開權力回原籍為父親守孝，這便是曆史上所謂的“江陵奪情”事件。按照封建道德標準評判，張的行為顯然不合規範。於是編修吳中行、檢討趙用賢、刑部員外郎艾穆、右都禦史沈思孝、進士鄒元標等人，先後上疏進行彈劾。張居正以權謀私，勾結宦官馮保，對彈劾他的人予以反擊。於是，就讓小皇帝傳旨，用棍棒或竹杖禦杖上疏的朝臣。吳中行等人身上穿著囚衣，用繩索綁住手腕，被押出午門。午門前的空場上，百名校尉衣甲鮮麗，手執木棍左右排列。司禮監太監宣讀了萬曆皇帝的批示之後，在午門西側台階下左側就坐，錦衣衛指揮使在右側就坐，手下聽候差遣準備行刑的有數十人。不一會兒，校尉把應受禦杖的犯官拉過來一個，讓他在指定的位置臉朝下趴在地上，掀起上衣，褪下褲子，露出屁股和大腿。司禮監太監命令：“擱棍！”兩旁排列的校尉齊聲大喝：“擱棍！”這時，有一人拿著一根大竹杖走出隊列，將禦杖放在即將被打者的大腿上。校尉們又按照司禮監太監的命令齊聲大喝：“打！”於是，行刑者把禦杖高高舉起，打犯官的屁股。打三下之後，校尉們又大喝“著實打！”行刑者更加用力。打的中間，校尉們有時會按照司禮監太監的眼色，大喝“用心打”！這是暗示行刑者往死處打，行刑者心領神會，打得更加凶狠。每打五下，行刑者要換一個人，校尉們照樣用吆喝聲傳達太監的命令。每次喝令時，都是先由一人發令，然後百名校尉齊聲附和，喊聲震天動地，正在挨打的和等待挨打的犯官們莫不膽戰心驚，兩腿發抖。
最先受禦杖的吳中行和趙用賢，每人被杖打六十。吳中行被打完之後，校尉們把他放在一塊大布上，抬起四角還往地上摔幾次，然後拖出長安門，再把他放在一扇門板上，責令其家屬當天立即把他抬出京城。這時吳中行已經昏死過去，後經家人救治才蘇醒過來。家裏人雇一乘轎子抬著他南下返鄉，到家後，又請醫生把他身上腐爛的肉割掉幾十塊，大腿上往裏挖約一寸深，腿上的肉幾乎被掏空了。趙用賢是個大胖子，抬到家後，爛肉一塊塊脫落，有的就像巴掌那麼大，他的妻子把這些爛肉用鹽醃上，收藏起來，以儆後人不要再當官。
艾穆、沈思孝和鄒元標三人比吳中行、趙用賢挨得更狠，每人都被打了八十禦杖，直打得血肉模糊，死去活來。沈思孝受杖時，把右腿疊放在左腿上，所以他的屁股一邊傷勢很重，回到家後，請醫生剜去重傷處的爛肉，同時買來一隻黑羊，活著剜取羊腿上的好肉，塞到他的傷口的皮膚裏，把傷口縫好，敷上藥。據說，這樣過一段時間後，羊肉即能和人肉長在一起。不久，沈思孝按照朝廷的處分決定，被流放到粵東戍所。他徒步翻越南嶺時，血還在順著腿腳往下流淌。鄒元標的傷勢更重，他雖未被打死，終身成了一個廢人。世人皆雲當官好，但是有時當官的後遺症也挺大，上麵這些故事不是也很怕人嗎？
天啟四年（1624），屯田郎中萬燥上疏彈劾魏忠賢，魏忠賢指使一群太監到萬府抓住萬燥，拳腳相加，一陣毒打。拉到午門時已經體無完膚，魏忠賢仍然命令將他禦杖一百。打完之後，那幫太監又在萬燥身上亂踩一通，萬燥被整得血肉模糊。奄奄一息。第四天便死去了。封建社會的法就是權，權就是情感，以感情執法的流毒是非常深遠的，這種以感情行政的影子至今時而浮現。