8月15日，解放軍攻入福州，國民黨部隊潰不成軍。他們有的拉著架子車或黃包車，有的用扁擔挑著羅筐，攜家帶小，雜亂地從蒼前山宿舍門前狼狽逃竄。在槍聲還斷續未停的緊張氣氛中，有的同學參加了由醫學院發起臨時組成的救護小組，帶著擔架和急救箱，別著帶有紅十字的袖章，快步沿著去大橋頭的大路為遇到的傷員服務。
福州一解放，解放軍派員入校宣傳政策，並對學生介紹解放後濟南的情況。解放軍有很多山東人，老鄉見老鄉情緒激動，同學們要求返校的呼聲很高。當時醫學院領導對返校態度猶豫。8月下旬的一個周末，學生在烏山路食堂開會，由學生會主席劉琨、楊葆真主持，會上除個別學生反對外，大部分學生堅決要求返校，在解放軍福州十兵團政治部的支持下，成立了“返校委員會”。學生代表多次與醫學院代院長李纘文商討返校事宜，最後取得院方同意。經與濟南校本部聯係，得到校方支持，並彙來三千五百美元為返校經費。
當時，華東軍政委員會責成校長吳克明負責齊魯大學回遷事宜。濟南市軍管會負責教育的李澄之，要求校方盡快派代表接回醫學院師生，重整齊大，造福人民。吳克明和學生代表段惠靈起程前去。他們到了上海，住在新亞酒家。吳克明在上海召開了齊大董事會，沈克非、張彙泉、孫恩三等人與會，商定了齊大醫學院院長由張彙泉擔任，返校經費去圓明園路中國教會大學辦事處爭取，由吳克明等到福州，去接回醫學院師生等項決定。
1949年10月下旬，齊大醫學院所有圖書儀器設備全部裝箱，師生們分乘幾艘機動木船沿閩江上行抵達南平。再由解放軍十兵團政治部利用往前線運輸軍用物資的空車返回之便，免費把齊大的師生從南平運輸到上饒。當時，沿途都能感受到戰時氣氛，軍車上覆蓋著綠樹枝葉的偽裝，還遇到過一架國民黨的空軍飛機在上空跟蹤。經過武夷山時，仍有散兵和土匪騷擾，解放軍全副武裝戒備，在卡車上架有機槍護衛。師生們安抵上饒，住在一教會中學內。李纘文和彭萬程、高維濟先去上海找軍管會魏文伯政委。魏文伯認為齊大醫學院回到新解放區，會起到很好的政治影響，並寫信給上海鐵路局軍管會，要求免費提供火車送師生回濟南。
當時幾個福建同學曾有些猶豫，怕遠離故土，人地生熟，與家裏失去聯係。當時福建有些小城鎮被國軍殘餘占據，擔心經濟發生問題。在大家的關懷和勸說下，他們終於打消了顧慮，隨學校去濟南繼續上學。北返途中，一位叫韓培慈的女生不幸患腦炎在杭州病逝，她的芳魂永遠留在西子湖畔。
1949年11月，在吳克明的率領下，齊大醫學院全體師生終於返回濟南。
六
此時，齊大麵臨新的困難，濟南原來的校園已被別的單位占用，隻得臨時在擁塞的空間裏艱難辦學，許多學生還得住地下室。當時校門口掛了兩塊牌子，一是私立齊魯大學，一是華東革命大學。
1950年，華東軍政委員會教育部接管了齊魯大學，校長職務由原總務長楊德齋代理。學校在新形勢下加強了政治教育工作，將新民主主義論和曆史唯物論列為公共必修課，各學院也成立了相應的政治教學委員會。各係師生經過集中學習曆史唯物論、土地改革、階級鬥爭、社會發展規律和國際主義的教育，思想發生很大的變化。齊大醫學院畢業生原被加拿大多倫多大學承認學曆和資格。1950年，抗美援朝初期，醫學院學生為了表達新中國的主權意識和愛國思想，宣布放棄加拿大授予的醫學博士學位。
1952年9月，根據華東高等學校調整方案，齊魯大學撤銷文、理學院，理學院部分係科並入南京大學，物理、化學、生物等係師生和圖書資料、儀器設備，以及天算係和文科的部分教師合並到山東師範學院。據苗永明回憶：“1952年，院係調整，程廷芳先生領著齊大應屆畢業生徐邦信和胞弟（苗）永寬到南京大學與中山大學。調過去的四位老師組建天文係時，帶走了天算係擁有的兩架天文望遠鏡。……‘人去樓空’，齊大的天文望遠鏡被拆走了，兩座觀象台隻剩下空殼，不久也就拆掉了。其中一座，鑲有‘澤普觀象台’的石碑，以紀念我國知名天文教育家、齊大天算係主任王澤普先生。齊魯大學又失去兩座標誌性的建築。”
齊大醫學院與山東省立醫學院合並，組成山東醫學院，原齊大的校園由新組成的山東醫學院使用。那群從福建考入的學生趕上了好日子。據範啟修、程素琦回憶：“齊魯醫學院良師薈萃，他們在教學中具有認真負責和踏實的工作作風，注意把醫學理論與臨床實際相結合，同時也注意培養學生的醫德。……1952年初，在我們即將臨床實習前，通過三天的政治思想學習，提高了同學們的思想覺悟，都表示服從國家統一分配，到祖國需要的地方。當時我們五位同學——徐麗麗、閆國珍、高維濟、範啟修、程素琦被告知到上海人民解放軍科學院（即現今軍事醫學科學院，1958年遷到北京）報到。就這樣，我們離開了濟南，奔赴新的工作單位。”
文理學院的學生命運各有不同，尤其是1949年5月那批迎接解放，參加軍管會辦的幹部學校的同學。據苗永明回憶：
我僅記得去幹校的有化學係四年級雷釗華、物理係二年級趙以成等，雷後來是山師大化學係主任、理論化學教授，趙是複旦大學的宣傳部長，他們都享受離休待遇。但是也有部分人曆經磨難，如天算係的石辰生，1950年畢業後，在紫金山天文台工作，用我堂弟院士（苗）永瑞的話說：“石是天算係真正的天文愛好者。”石幾經坎坷，備嚐艱辛，死於大饑荒年代，英年早逝，真是太可惜了。但是我們係也有幾位成功的傑出人物：永瑞在1991年被選為科學院院士，後又增選為工程院院士；與永瑞同班的趙先孜，曾任紫金山天文台台長，是天文方麵的著名學者，後任江蘇科學院副院長、中共江蘇省委候補委員；與程廷芳先生同去南大的徐邦信，在天體物理方麵有著突出的業績。沈、石、趙、苗、徐是我們天算係，也是齊魯大學培養出的優秀人才。
當時，吳克明在華東軍政委員會的授命下，奔波於戰火硝煙之中，將齊大師生包括外籍教師全部召回。但此次南遷異地辦學，被說成“在少數反動分子操縱下，裹挾部分人員和物資到了南方，打算投奔國民黨”。吳克明等人自然難脫幹係。1950年，吳克明重回山西太穀銘賢學院，1951年秋調山西大學工學院（後為太原工學院）化學工程係任教授。1957年曾被錯劃為右派分子，“文革”中再受折磨，於1977年9月12日去世。
說到母校的命運，著名的牙科專家、原華西醫科大學口腔醫學院院長王翰章晚年仍有些憤憤不平：
幾十年過去了，人們幾乎不大知道曆史上曾經有那麼一所大學。齊魯沉寂湮沒的其中一個原因，也有解放後政治的因素。解放初，四野有個衛生隊，後來成立衛校，一下子占了齊魯校址，說是合並，實把齊魯的有生力量都摒棄在外麵去了。後來成立的山東醫學院齊魯就沒有入了，連教研室主任都沒有入當上。
（《齊魯大學八十八年——齊魯大學校友回憶錄》，齊大校友會編，現代教育出版社2010年版）