學校包了兩架民航飛機，將決定南遷的教職員與眷屬，連同所帶行李，由濟南空運到青島。兩架飛機兩次飛航就完成這項空運。到了青島後，有親友者往親友家暫住，無親友者被安排在幾所教會中學宿舍內。在青島停留了十天，使大家有與親友相聚及告別的機會。然後全體登上預先訂妥的輪船，直航上海。到上海下船後，在安排好的旅館中休息一天，翌日即乘火車去杭州，由杭州市再租大型汽車進入雲棲寺。學生們的旅行也是取這些方式，經過這條路線。
校本部與文學院、理學院則在吳克明校長與孫恩三教務長領導下，坐飛機到蘇州，從蘇州坐火車遷到杭州。到杭州後，雖有當地基督大學盡量做各項協助，但住的問題仍不能解決，於是宿舍選在杭州郊外兩公裏的雲棲佛寺。去杭州的學生是二百八十名，其中女生九十九名。教職員五十五名，連同眷屬共一百二十名，大家擠住在雲棲寺。
醫學院選擇了另一處南遷地。馬挺光、彭萬程、段惠靈等回憶：“醫學院師生及圖書儀器、病理標本、簡易病床等均乘飛機至青島，轉乘二戰後退役的美軍登陸艇由海路到福建馬尾港，再乘木船逆行閩江，到福州碼頭。醫學院基礎科學生在福州蒼前山協和神學院開課及住宿，臨床科學生則在福州南門協和醫院開課，宿舍在烏山路一教會大院內。”
至此，齊魯大學再一次成為流亡大學，並分置杭州和福州異地辦學。校長吳克明則於急遽動蕩的時局之中，奔波兩地。
四
流浪中辦學，艱辛備嚐。時任齊大文學院院長的楊懋眷回憶：
齊魯大學遷到雲棲寺後的情況可以分三方麵說。論教學，可以勉強進行。寺內有不少房間稍事改裝後，就可以在其中進行教學，也可做辦公室。需要做實驗或試驗的教學比較困難。幸該時齊魯大學的經費尚能由英美與加拿大等國源源彙到，教職員薪津得按時發給。在杭州市的國立浙江大學卻因政局紊亂，其教授領不到薪水，於是有人願意應雲棲寺齊魯大學之聘，為其兼課教授。
吳克明從浙江大學請來蘇步青、陳建功、王淦昌、束星北、王承基、譚其驤等一批名教授來為學生上課，讓流浪中的學生有一種意外的驚喜。當年理學院的學生苗永明回憶：
當時浙江大學數學係兩位頂尖的教授蘇步青和陳建功，都是全國數學界的泰鬥。我有幸做了他們的學生，記得陳建功先生為我們開設了複變函數論課。我們從微積分步入複分析，一時還適應不了，就去問沈慶辰。她習慣性地歪著頭笑著說，我也聽不大懂。陳建功教授隻好為我們改講高等代數，並叮囑我們要買吳大任譯本，不要買另一位教授的譯本……
物理係的幾位著名教授王淦昌、束星北、盧鶴紱，也來到雲棲。束是齊大校友，曾在齊大物理係讀過一年。他前額寬大，麵色殷紅，氣宇軒昂，個性剛直，聲如洪鍾。為了抗戰，他棄教從軍，研製成功雷達後，又回浙大任教。他與當時已經是著名核物理學者的王淦昌教授私交甚篤，在同學中流傳著束對王說“諾貝爾物理獎應該屬於你”的故事。……多年以後，楊振寧說過：“吳有訓、趙忠堯、王淦昌，是與諾貝爾獎擦肩而過的人物。”……在三位大師的教育和熏陶下，高年級同學收獲多多，其中四年級學長苑之芳較為突出。曾在雲棲寺讀醫預科的王裕民和張正荃回憶
醫預科附設在理學院，有預科一年級及二年級兩個班。預科一年級多是由上海等南方考進的學生，人數較多。至於文理學院，除藥學係外，還有其他係的同學。著名教授有化學係劉遵憲、生物係的秦西燦、藥學係的劉國華等。因為是教會學校，自然有外國老師，如教我們英語的裘柯農老師，對教課很認真。教室因陋就簡，能開的課都開，能做的實驗都做，有生物、化學、藥理等實驗室。校長吳克明先生不常在校，教務長孫恩三教授住在校內，掌握大權。他要求很嚴格，考試不及格者留級或退學。
我們在那裏（雲棲山上的雲棲寺）讀三年級。剛從美國回來的李炳魯教授開課講授毒物分析。當時這是一門很新穎的課程，國內沒有參考書，李教授講授內容很豐富，要求將英文講義先打印成稿，人手一份。廟裏沒有印刷廠，我們又沒有經費來源，隻好由班裏自行解決講義的打印。
這群異鄉客就像鑽進沙裏的鴕鳥，一時間竟然忘記了天地玄黃的大變革已悄然來臨。
山中數日，世上千年。1949年春，解放軍渡江戰役正在緊張籌備。吳克明正在台灣、香港訪友，他完全可以金蟬脫殼一走了之，但他拒絕了親友故舊要他留居海外的勸告，毅然回到戰火紛飛的大陸。他去到春花爛漫的雲棲寺，當他召集文理學院師生開會，宣布將前往解放了的濟南一探究竟時，不少師生為校長的安全竟失聲痛哭，他是校長，怎能在意一己之安危。
這年5月3日，解放軍攻占杭州。
五
在暴風驟雨來臨前的低氣壓中，遷到福州蒼前山協和神學院及福州市南門協和醫院的齊大醫學院照常開課。醫學生張汝黻、丁雲鵬回憶：
齊大醫學院醫本科為躲避戰火，1948年夏由濟南經青島遷往福州，我們男生分別住在福建神學院的蒼前山和黑石山宿舍，女生全住在福建女子文理學院的宿舍裏。每天乘學校的交通車往返於協和醫院和幾個其他較小的醫院上課、實習。為了便於和病人交往，詢問病史，我們還學福州方言。
8月底，我從北京到天津，再乘船經上海到達福州。從閩江入海口溯流而上，經馬尾、協和大學到達市內碼頭，約行四小時。一路風景秀麗，宛如一幅山水畫卷。校址位於南台倉前山，地勢較高，閩江和對麵市區盡收眼底，有大橋連接兩岸……
在福州那一年，同學們學習上刻苦攻讀，生活上卻十分困難。不少人隻好靠賣血維持生活。我也賣過三次，一次三百毫升，得到一擔（一百六十斤）大米的錢，夠一個月的飯費。那時，早飯隻有大米粥，喝三四碗撐飽了，但不到十點鍾就餓得腹內轆轆作響。
福建本地學生範啟修、程素琦卻因為齊大的到來而改變命運。他們寫道：
很多同學是從小就立誌學醫，當醫生治病救人。但由於家鄉——福建省山多平原少，解放前沒有鐵路，公路也不發達，交通很不方便，到外地上學甚為困難，因此不少同學都先在本省大學學習醫預科，以等待機會。1948年秋適逢齊大醫學院本科遷到福州，經過考試錄取後，我們就成為本科一年級的學生。一年的基礎課學習，更激起我們對醫學的興趣。
1949年8月，解放軍攻下福建長泰，截斷福州廈門交通線。在福州的齊大醫學院負責人也在思考出路。馬挺光寫道：“據說張光璧教授（福建人）及醫學院負責人，想借助福州教會、協和醫院為依托，另立福州齊魯醫學院，李纘文教授為醫學院院長。福州解放前夕，醫學院負責人又準備將師生搬遷到菲律賓。當時醫學院學生邵孝珙在校圖書館半工半讀，了解到醫學院當局將要收拾圖書，準備裝箱，搬遷到菲律賓，學生得知後即在醫學院內展開了‘返校’‘反搬遷’的鬥爭。”
大多數師生在靜待轉機。據張汝黻、馬挺光、彭萬程、段惠靈、範啟修、程素琦、王裕民等回憶：