CAFTA爭端解決機製適用主體存在的問題。《爭端解決機製協議》第二條第四款將CAFTA爭端解決機製的適用主體限定為主權國家，由此將私人排除在了適用主體範圍之外。這一規定的初衷是為了避免私人主體的涉入對相關國家主權造成侵害，由此嚴重幹涉一國主權的正當行使，違背國際法中關於國家主權原則的貫徹與落實。正如有學者所言：“片麵強調私主體直接參與貿易與投資爭端的國際解決機製，不僅未必能夠確保爭端解決機製的公平正義追求，還可能不利於國家主權原則的貫徹。”但由於CAFTA爭端解決機製畢竟針對的是經貿性質的糾紛而非政治性糾紛，而中國—東盟自貿區經貿活動的主要參與者是公司、企業和個人投資者等私人主體，主權國家擔當的主要是政策製定者或宏觀調控者的角色，將私人排除在CAFTA爭端解決機製的適用主體範圍之外，既與其性質不符，也與其經貿發展實際情況相脫節，由此導致私人主體之間發生經貿爭端時隻能求助母國政府通過CAFTA爭端解決機製或外交途徑解決彼此間的糾紛，而一旦母國政府考慮到政治風險而不將此類爭議付諸CAFTA爭端解決機製而是更多地轉向尋求外交途徑，不僅嚴重背離了“法治思維”，而且由此放棄了“法律手段”，導致難以避免因政治性的因素而損害商貿私人主體的合法利益，這將在長遠上削弱CAFTA爭端解決機製在解決自貿區經貿爭端方麵應有的權威、地位與作用。
EU與NAFTA的相關啟示。在適用主體方麵，EU在世界眾多區域性經濟組織中，迄今為止其一體化程度最高，且其已將司法製度引入了爭端解決機製中來。由於歐洲法院“兼有國際法意義上的國際法院和國內法意義上的憲法法院、行政法院和普通法院的性質”，且EU成員國個人可以獨立的訴訟參與人的身份直接參與到歐洲法院的司法審判之中，因而他們也可針對EU經貿爭端提起訴訟，這使EU爭端解決機製的適用主體範圍延伸到了私人主體而不僅限於成員國的政府。NAFTA的爭端解決機製由三部分組成，其中《北美自由貿易協定》第11章規定了有關解決私人與國家之間投資爭端的專門機製，由此將爭端解決機製的適用主體擴大到了私人主體。上述規定都有利於直接保護作為RTA重要參與主體的私人主體在RTA經貿活動中的合法權益，由此保障相關爭端解決機製的公平性與權威性。
完善CAFTA爭端解決機製適用主體的基本設想。筆者認為應當在充分考慮中國—東盟自貿區發展實際的基礎上，適度借鑒EU與NAFTA的成功經驗與做法，允許私人主體（例如公司、企業、私人投資者等）獨立申請與提起CAFTA爭端解決機製的啟動，以此保障CAFTA這類重要商主體的合法權益，維護和促進CAFTA爭端解決機製的公平性與權威性。與此同時，為了避免私人濫訴和不當增加仲裁庭的負擔，應當明確規定私人主體應堅持用盡當地救濟原則，如果仍無法得到很好解決的，方可申請CAFTA爭端解決機製加以解決。此外，還應明確規定，爭端所在國的國際經貿政策與法律排除在CAFTA爭端解決機製的審查範圍之外，以此避免對成員國主權的不當幹涉。
CAFTA爭端解決機製仲裁存在的弊端及完善
CAFTA爭端解決機製仲裁存在的弊端。在《爭端解決機製協議》規定的三種爭端解決方式中，仲裁居於核心地位，發揮著最為重要的作用。目前，CAFTA爭端解決機製在仲裁方麵存在著如下幾點問題：
第一，仲裁員的任命機製不盡合理。首先，在確定仲裁庭主席問題上，《爭端解決機製協議》第七條第三款規定，各爭端方不能對仲裁庭主席人選問題達成合意時，應當由國際法院院長或者WTO總幹事為其指定仲裁庭主席。筆者認為這一任命機製不盡合理，因為WTO總幹事隻有履行WTO爭端解決機製規定的法律義務及相應職權，沒有義務也沒有權力為CAFTA爭端解決機製的仲裁指定仲裁庭主席，如果拒絕也是合理。而國際法院一般處理國際公法案件而非國際經貿案件，由其院長指定仲裁庭主席也不盡合理，況且國際法院公約也沒有相關規定。其次，該協議第七條第6款規定任何爭端一方的國民或常住於、從業於爭端國的人都不能擔任仲裁庭的主席，但沒有規定其他仲裁員也需遵照此類規定予以回避，這顯然有違仲裁的公正、公平原則。最後，CAFTA爭端解決機製對專家的資格、仲裁員候選名冊以及所要做的工作缺乏相關規定，這樣給爭端方選擇仲裁員帶來了一定的困難，實踐中常常導致爭端方在選擇仲裁員時由於人選範圍太廣而拖延時間或難以達成協議。
第二，仲裁複審機製嚴重缺失。《爭端解決機製協議》第八條第四款規定CAFTA爭端仲裁實行“一裁終局”，即排除仲裁複審。這種規定雖然有利於節約司法資源，但由於缺失複審機製，不允許爭端方對仲裁裁決提出複審，使得仲裁缺乏監督，難以保證裁決結果的合法性與合理性。而一旦裁決有失公允或違法，將使得爭端方的合法權益無法通過申請複審得以救濟和保障，這無疑會損害CAFTA爭端解決機製的公正性和權威性。