朱儁登上土山，瞭望黃巾營壘，然後對張超說道：:“我知道了！賊人的外圍堅固，內營逼急，求降不得，想出也出來不得，所以他們殊死戰鬥。萬人一心，尚且不可當，何況是十萬呢！強攻的害處太大了。不如把包圍撤除，集合部隊進城。韓忠看見包圍已經解除了，一定會自己出來，等他們出來，兵心就散了，這是易於攻破的方法啊。”
於是下令解圍。韓忠見圍解，果然引軍出戰，朱儁乘勢進擊，大破其軍，追擊十餘裏，斬殺。韓忠等人隻好投降。秦頡殺死韓忠。黃巾餘眾不能自安，又以孫夏為帥，還駐宛城。朱儁進攻，孫夏敗走，朱儁縱兵擊殺數萬。黃巾因此破散流離。
中平二年（185年）春天，朝廷任命朱儁為右車騎將軍。朱儁率兵回京，被任命為光祿大夫，增加食邑五千戶，改封錢塘侯，加位特進。後來因為母親喪離職。服畢起家，任將作大匠，轉任少府、太仆。
擊退張燕
黃巾起義之後，各地農民紛紛起義。其中大聲的就自稱雷公，騎白馬的就自稱張白騎，行動輕便的就說是飛燕，胡須多的就號稱於氐根，大眼的就說大目，如此多的稱號，都各有原因。人多的聚眾二三萬，小的也有六七千人。其中，以常山人張燕勢力最大，他輕勇矯捷，軍中都號稱是“飛燕”，他善得士卒的愛戴。據眾百萬，占據黑山，朝廷無法討平。後來，他遣使至京師，投降了朝廷，被拜為平難中郎將，領河北諸山穀事。
後來，張燕漸漸率兵侵犯河內郡，進逼京師。朝廷任命朱儁為河內太守，率領家兵擊退張燕。後來他們大多都被袁紹所討平。此後，朱儁曆任光祿大夫、屯騎校尉、城門校尉、河南尹。
拒任太仆
中平六年（189年），董卓把持政權。因朱儁是功高望重的將領，董卓對他格外小心。外表與他親近交結，內心則對他頗為忌憚。
初平元年（190年），關東州郡起兵討伐董卓，推袁紹為盟主，兵鋒甚為強盛。董卓感到恐懼，想請公卿們商議遷都長安，朱儁屢次阻止。董卓雖然厭惡朱儁和自己作對，但貪圖他的高名，於是上表奏請朱儁為太仆，做自己的副手。
使者到朱儁府上後想要宣示詔命，朱儁堅決推辭，不肯接受，卻乘機說：“國家西遷，必孤天下之望，以成山東之釁，臣不見其可也。”使者聽了，很感奇怪，問他：“召您受任，您堅決拒絕；沒問您遷都的事，您卻說了半天，這是為什麼呢？”朱儁說：“副相國，我不能勝任，遷都計，也不是急事。辭卻不能勝任的職務，說點不關緊急的話，是我們做臣子的本分。”使者又問：“遷都的事，我從沒聽到過。就算朝廷有此打算，也還沒有透露出來，您怎麼知道的呢？”朱儁又煞有其事地說：“這可是董相國告訴我的，否則，我怎能知道？”使者沒辦法，隻好回去複命。此事於是作罷。
受詔入朝
初平二年（191年），董卓進入關中後，留朱儁守洛陽，朱儁便和山東諸將通謀，想作內應。後來，朱儁害怕董卓襲擊自己，棄官逃往荊州。董卓任命弘農人楊懿為河南尹，駐守洛陽。朱儁聞訊，率兵還洛陽，楊懿退走。朱儁見河南殘破，無法作為屏障依靠，於是引軍向東麵，屯駐在中牟縣。並傳信給各個州郡，召請部隊討伐董卓。徐州刺史陶謙派來精兵三千。其他州郡也派了一些兵來，陶謙便上表奏任朱儁代理車騎將軍。董卓聞知後，讓他的將領李傕、郭汜率領數萬人屯駐河內抵擋朱儁。朱儁出擊，被擊敗。朱儁自知眾寡不敵，於是停留關下，不再前進。