及至王敦將要叛逆時，他對謝鯤說：“劉隗奸邪，要危害社稷。我想清除國君身邊的邪惡，匡輔國君救濟時世，怎麼樣？”謝鯤回答說：“劉隗的確始成禍端，然而他還隻是城牆洞中的狐狸，社壇裏的老鼠，是有憑依而為非作歹的人。”王敦發怒說：“你是庸才，哪能通曉大理？”讓謝鯤出任豫章太守，又留著不派遣，要憑借他的才氣名望，威逼著謝鯤等都屈從己意，同下京師。
王敦軍至石頭城，歎道：“我不能再有盛德之事了。”謝鯤說：“為什麼會這樣？隻是從今以後，一天天忘記罷了。”當初，王敦對謝鯤說：“我當以周伯仁為尚書令，戴若思為仆射。”及到京都，又說：“近來人情怎麼樣？”謝鯤回答說：“明公這次舉動，雖然想保存社稷，然而世俗的言論，的確未達高義。周豈頁、戴若思，是南北人士仰望的人，明公您舉薦任用他們，群臣必定貼伏安定了。”
這一天，王敦派兵拘捕周顗、戴若思，而謝鯤不知道，王敦大怒說：“你太粗疏馬虎了吧，這兩個人不稱職，我已經逮捕了他們。”
謝鯤與周顗平素互相親近尊重，聽說後大為愕然，如同自己喪失了什麼。參軍王嶠因王敦誅殺周顗之事，勸諫很切直，王敦大怒，命令殺王嶠，當時的人士畏懼，沒有敢進言的人。謝鯤說：“明公你舉大事，不殺一個人。王嶠因呈獻興廢之策違背旨意，便將他殺死釁鼓，不也太過分了嗎？”王敦這才停止對王嶠用刑。
王敦誅害忠賢之後，便稱病不朝，打算回武昌。謝鯤諷喻王敦說：“您為保存社稷，建立不朽的勳業，而天下之人還不了解實情。如果您能朝見天子，使君臣消除隔閡，萬眾之心便會信服。依憑眾望順應群情，盡力謙讓侍奉主上。如此則勳業可與匡輔天下者相比，美名便可千載流傳了。”
王敦說：“你能保證沒有變故嗎？”
謝鯤回答說：“我近日入朝覲見，主上憂懼不安，久未見您，宮禁肅穆，必定沒有憂慮。您若入朝朝見，我請求為你侍從。”王敦大怒說：“就是再殺你等幾百人，對時事又能減少點什麼？”竟不朝而離去。
這時朝廷中有威望的大臣被害，人們為謝鯤擔憂，而謝鯤尊重禮義安於常道，時時進獻清正之言。王敦既然不采納，內心也不高興。軍隊返回後，便讓他到豫章。
謝鯤臨政清廉肅敬，百姓愛戴他。不久死在官署，享年四十三歲。王敦死後，追贈謝鯤為太常，諡號叫康。他的兒子謝尚繼承了他的爵位。