鹹安二年（372年）十月，也就是新皇帝即位後的三個月，京城建康突發一件怪事，區區三百名天師道教徒聚眾造反，詐稱是一年前被廢的司馬奕回宮，竟然攻進了守衛森嚴的皇宮殿廷，還奪取武器庫中的盔甲兵杖，最後出手鎮壓的是桓溫派駐宮城的親信部隊、由遊擊將軍毛安之率領的機動部隊。
這件事雖說風浪不大，但是反映出了兩個問題：第一，這件事表麵是天師道幹預皇權，實質是低層士族對高層士族的反抗。
天師道對晉室有很大影響力，簡文帝自己字道萬，後來生的兒子又分別叫道生、道子。本來，六朝人最重視家諱，父親或祖宗的名字，兒子絕對要避諱，但是大家看六朝人物中，父子叫“之”，比如王羲之、王獻之的大有人在，叫“道”的也大有人在。陳寅恪先生說，這個原因可能要歸於宗教信仰。
天師道叛眾，主要是社會的中下階層。天師道領袖多半是北方望族，通常與朝中高官有千絲萬縷的關係，所以容易得到同情和利用。天師道參與者也不隻是一般平民，一部分是中原流民，還有一大部分是來源於富庶的三吳地區。晉室南渡，有策反傳統的北方天師道勢力也播遷到江東，並與江東土著道眾結合。北方道眾的很多人嚐過權力滋味。但是過江之後，他們之中很多人地位、財富都不如從前，甚至淪為流民，新舊地位懸殊，這讓他們比單純流民更有可能發動政變。無巧不成書，這次叛亂之前，三吳地區還發生一場大旱災，前一年人民顆粒無收，雖然這是天災，但政府稅負不輕，民不聊生，江東道眾更加覺得生活無望，南北方道眾一合流，政變危機時刻存在。
對握有軍權的士族來說，隻要天師道問題一天不解決，他們的權力就可以一天不放手，所以天師道問題終東晉一世都沒法解決。對於士族來說，無論是鎮壓天師道，還是親自率領天師道眾叛亂，都隻是生存遊戲而已。
天師道剛好利用這些因素，不斷起來反抗。
第二，這次事件的實質是反對桓溫。
首先，這次叛亂能夠殺進內廷，直接跑到兵器庫去拿兵器，肯定有內奸策應。有點常識的人都知道，在中國曆史上，除了類似李自成這樣以絕對優勢兵力能攻入後宮的，在和平時期，沒有高官默許和支持，以區區幾百教眾之力，根本沒有辦法在宮禁如入無人之地，如果沒有內應，更不能知道內廷的兵器庫方位。其次，這次叛亂人員是以廢帝司馬奕回宮為幌子，司馬奕是誰廢的？是桓溫。所以政變實質是反桓溫。再次，皇城那麼多衛隊，竟然隻有桓溫的人才出手鎮壓叛亂，可見傳統勢力大有市場。
不過，政變發動者的幕後支持者身份和目的很可疑。
可能是桓溫自導自演的把戲，目的是提醒士族們，京城不能沒有桓溫。這樣的例子很多，比如1912年南北議和，孫中山同意讓袁世凱當國家元首，但是為了限製袁的權力，要求他離開老巢北京，到南京任職，為了促其南下，南京方麵還派出迎接團隊，結果南方代表一到北京，人家袁世凱陣營就自導自演了一出衝撞代表團的鬧劇。鬧劇過後，袁世凱就以北方離不開他為理由，賴在北京。
但這個可能性很小：一是京城不是桓溫勢力範圍，如果是桓溫所為，叛亂徒眾縱橫京城時，必定有其他力量阻止；二是這種行為不符合桓溫性格，桓溫為人謹慎，京城畢竟不是他能絕對掌控的地方，如果行動不慎，很容易引火燒身，得不償失。當年袁世凱陣營之所以自導自演那場鬧劇，很大原因是他們能掌控北京局勢。
所以，這場叛亂的幕後推手極有可能是反桓勢力，他們當然不是指望叛亂真的能成功：叛亂者隻有三百人，不是職業軍隊，也沒有後援，古今中外以這麼少人造反能成功的屈指可數，簡直是以卵擊石，下場可見。
但是不論真相如何，這次叛亂，給了桓溫陳兵首都的理由。