明萬曆十年（1582年），著名的政治家、內閣首輔張居正病逝。他在任期間，實行一係列的政策，對明朝生產的發展、國力的增強貢獻頗大，他也是戚繼光在朝中的支持者之一，戚繼光在戍守薊遼期間取得的很多成就都與張居正和譚綸等一些較為開明的官員的支持分不開。但由於張居正在任期間的一些改革措施觸犯了某些權貴的利益，這些人在張居正去世以後，對他進行了汙蔑和栽贓。在一些人的煽動之下，張居正去世一年後，對他的清算活動也變得猖狂起來，張居正的諡號、贈銜也被剝奪，家被查封，連他的兒子也被逼死。
戚繼光和張居正的關係較為密切，因此清算張居正的風潮也殃及了戚繼光，一些人誣陷他和張居正有謀反的趨向。這時，戚繼光在朝中的另外一個支持者譚綸也已經去世，於是在萬曆十一年（1583年），戚繼光被調往廣東省任總兵官，這一變故對於一心想建功立業的戚繼光來說，無疑是一個沉重的打擊。這一年，戚繼光55歲，這個年齡對一個優秀的軍事家來說，正是成熟的時期，他在軍事謀略和思想上都達到了一個高峰。失去了在北方建功立業的機會，戚繼光一夜之間似乎老了許多，也許在許多人看來，這是一個不可多得的好機會，因為南方早已沒有戰事，戚繼光正好可以趁機好好休息，享受一下天倫之樂；另外在清算張居正的風潮中，戚繼光沒有被罷官、免職，也已經是朝廷對他的恩典了，但對於有著雄才大略和雄心壯誌的戚繼光來說，更多的是一種精神上的折磨和打擊。事實上，不僅戚繼光受到了牽連，而且他的弟弟戚繼美和戚繼光以前的許多部將也被罷官、革職。
當地百姓對戚繼光苦苦挽留，他們很珍惜戚繼光為薊鎮的平安與穩定所做的一切，但戚繼光卻不得不服從朝廷的命令，趕赴廣東。戚繼光雖然已經離開了北方的邊境，但當地的百姓卻久久懷念他的功績。萬曆十一年（1583年），戚繼光回到了闊別二十餘載的故鄉，看到故鄉的一草一木，看著自己曾經生活過的庭院，戚繼光感慨萬千，自己離開故鄉時，英姿勃發、血氣方剛，是一名初出茅廬的少年，而今二十餘年過去了，自己早已不再是年輕人了，二十餘年的征戰生涯已使他幾乎滿頭白發。在故鄉小住數月，當年的八月份，戚繼光又來到了當年抗倭的主戰場之一——浙江，與當年摯友汪道昆再次相聚，老友相見，戚繼光少不了把盞痛飲幾杯，訴說心中壯誌難酬的鬱悶與失落，而汪道昆也早就脫離了宦海的沉浮，對人世滄桑也看得較為淡泊，麵對戚繼光的悶悶不樂，自是少不了一番勸勉。時值中秋節，與一些老朋友的相聚和訴說也解去了戚繼光心中的不少憂愁。中秋節過後不久，戚繼光到達廣東上任，由於這裏的倭患早已平定，武將大都無所作為，除作戰以外，軍中的大小事務，均由文官負責，這些文官大都對軍事和軍營的管理一竅不通，隻顧自己斂財，很少關注軍隊的建設和士兵的溫飽，這一切都讓一向正直的戚繼光難以忍受。而文官治軍是明朝的慣例，單憑他一個人的力量又怎麼能夠改變呢。於是在上任不久後，戚繼光便要求引退，但由於他個人的威望和地方官員、民眾的請求，朝廷沒有批準他的請求。盡管他對自己的處境不很滿意，身體狀況也大不如從前，但還是拖著帶病之軀巡視了廣東沿海各地區，檢查了各地的防務和軍備，還對自己的直屬部隊進行了整治，使這支部隊的軍容有了很大的改觀。
在主持日常工作的同時，戚繼光把他的大部分精力和時間放在了整理過去的著作上麵。從少年時代開始，無論是在家還是在外作戰的間隙，戚繼光一直沒有停止過寫作，不管是即興賦詩，還是對於國家和軍隊的各種問題的思考，他都用筆寫了下來。萬曆十二年（1584年），他在自己原來的著作《紀效新書》和《練兵實紀》的基礎上，重新整理出了一部新的《紀效新書》，同時還對另一部著作《止止堂集》重新進行了整理。