離島
離島之旅一直是澎湖旅遊的重頭戲，幾個熱門島嶼都各有特色，但也有人專門跑到少有人去的幾個小島享受清靜。這些離島不管是環境或海水水質都是一流，如果不怕悶，倒是可以來住上幾天。以下是幾個比較經典的行程，每個澎湖人口袋裏其實都有個離島名單，如果想要“非主流”一點，可以請當地人推薦。
離島遊可以自行前往或參加套裝行程，自行前往適合散漫沒時間壓力的人，套裝行程則是包括接車的一切行程旅行社都幫你安排好，不管你是想參加水上活動或是浮潛都有，建議第一次到澎湖的人最好參加套裝行程，記得貨比三家。
離島的陽光比本島毒辣多了，而且很多地方沒有遮陽處，防曬油宜選係數最高的，不過通常也是在擦安慰，美白的女生怕曬的話，把自己包成采茶婦人就對了（馬公市區許多SPA館提供曬傷肌膚修複課程）。
吉貝
在本島北端的吉貝，從20世紀70年代開始就一直是離島遊最熱門的地點，一般遊客均是安排一日遊到島上那拖著數千米的沙尾沙灘玩水。這整片風景絕佳的金黃色沙灘，地勢平坦，海水清澈，也是整個島上的觀光命脈，相關設施已經很完善，吉貝的重頭戲是水上活動，即香蕉船+水上摩托車+滑水漢堡+鴛鴦飛艇+專屬浮潛喂魚區，可以照喜愛去玩。
如果隻有短短時間要選一個離島玩，吉貝是最佳選擇，幾乎到澎湖的觀光客都一定會到吉貝，不過當然也因此到處都是人。吉貝還有用玄武岩咾咕石砌成的古聚落等地方可以看一看，隻是一般觀光客普遍認為，吉貝除了海邊戲水的絕佳環境之外，也真沒有什麼其他觀光資源，如果不玩水其實吉貝是個很無聊的地方，在島上過夜的人真不太多。當年《海豚灣戀人》絕大部分的海邊場景就是在吉貝島上，不過像易天邊遇到徐澤亞那種事就別做夢了，此外，嗯……吉貝物價很高。
若要到吉貝，須先從馬公到白沙鄉的赤崁碼頭搭乘輪渡，這裏有北海遊客中心，能夠詢問索取北麵離島的一切信息，在吉貝的碼頭旁也有遊客服務中心，有什麼問題找他們都能幫你搞定。如果是第一次去澎湖，可以參加吉貝旅遊的套裝行程，這可以請洽澎湖各旅行社。
澎澎灘
這個有可愛名字的無人島嶼，在澎湖本島北邊的白沙與員貝嶼之間，真的就是在藍色海洋中浮出的一彎雪亮的金黃色海灘，整座沙灘由珊瑚碎屑、貝殼、有孔蟲以及石英等構成，是澎湖新近的熱門景點，是在這20年才冒出來的小島。
但其實澎澎灘隨著洋流及風向一直在移動，可能沒過幾年就會與其他島上的陸地連在一起。在澎澎灘上的主要活動也是水上活動，不過島上四分之三的區域規劃為海鳥保護區，遊客不得跨越管製線，僅能在水上活動區域內戲水。因為是無人島嶼，當然也就無固定船班前往，遊客要前往隻能在白沙的岐頭參加套裝行程。在岐頭，還有往東海其他小島的行程可以參考。
望安
在南海的望安是澎湖第四大島，這些年，望安因為綠蠵龜上岸產卵而知名。望安島總共有六片沙灘，遊客最常來的就是網垵口沙灘，這是一處由貝殼、沙子組成的沙灘，遊客很少，隻有潮水慢慢推來，比本島的沙灘更安靜。相傳鄭成功登陸澎湖時也是先經過網垵口，隻見望安島一片寧靜的沙灘田園風光，島的四周海岸線蜿蜒曲折，而玄武岩海崖氣勢磅礴，地勢緩緩起伏，中央岡丘地帶草原萋萋，牛群怡然地優遊其間。看到此景，鄭成功心中的不安和焦慮頓然消散，所以稱呼這座島嶼為望安，就是望而心安的意思。
望安的花宅很有名，又稱中社，目前是澎湖地區保留較完整的集體古厝民宅，距今有300多年的發展曆史。因為台灣光複前後即有大量住民遷徙至馬公跟台灣，所以原本150餘間的古厝在後期因無人使用亦未曾改建，形成今日的古厝林立卻大多頹倒的畫麵。這裏的古厝大多是咾咕石為主的建材，卻是很典型的閩南式三合院建築，有門樓、有亭、壁磚及生活空間的配置，它的意義在於保存漢人開拓台、澎的一個足跡，頹廢又滄桑，其實是個很適合女文青外拍的地方。在2003年時，“世界文化遺產基金會”（WMF）公布世界100個瀕臨危險的文化遺址，中社村被列入。結果政府一興奮，就撥了一筆錢大整修，不修還好，修了就悲劇了，鋪了一條完全不搭的石板路。