多爾袞在清兵初入北京，麵臨複雜局勢的情況下，以無畏的氣概，力排一切困難，決策遷都，使清王朝把統治中心從偏遠的沈陽轉移到北京，在統一中國的道路上又前進了一步。
順治元年(1644年)，清王朝遷都北京以後，攝政王多爾袞便著手進行以武力統一全國的戰略部署。但分析當時的軍事形勢，農民軍李自成部和張獻忠部，共有兵力四十餘萬；而剛建立起來的南明弘光政權，彙集江淮以南各鎮兵力，亦不下五十餘萬，並且雄踞長江天險。清軍多爾袞所部的滿、蒙，漢八旗軍，不過二十萬人。如若在遼闊的中國腹地同諸多對手作戰，兵力明顯不足。況且初入中原，人心不穩，很可能顧此失彼，造成腹背受敵的窘境。
順治元年七月，多爾袞先安撫南明政權的計策，收到了明顯效果。對農民軍的進攻取得了很大進展，後方也亦趨穩固。見最後消滅南明的時機已經到來，多爾袞便先致書南明，令福王“削號歸藩。”指出：如不削號，便是天有二日，就是我大清的死敵。這樣，我將撥出西征的精銳部隊，轉旗東征。對南明弘光政權進行威脅。十月，他又命發布檄文，嚴申“擅立福王”是“王法所不赦，”定將興師問罪。十二月，多鐸所部清軍在潼關重創大順軍，轉年正月十八，清軍攻占西安。二月，多爾袞在清軍平定陝西全省之後，命令多鐸率軍直撲南京。
順治二年(1645年)四月中旬，多鐸大軍圍攻南明揚州，經過十天的激戰，揚州城破，明大學士史可法死於兵難。清軍在揚州大肆屠戮，釀成“揚州十日”的空前劫難。五月六日，多鐸揮師渡過長江，南明守軍不戰潰敗。十四日，清軍順利占領南京，不久便俘獲福王，南明政權的大批文武官員紛紛向清軍投降。至此，清朝的統治很快擴展到長江中、下遊的廣大地區。
清軍在南方的暴行和一係列高壓政策，激起當地人民的強烈反抗，嚴重阻礙了繼續統一南方的行動。在這個緊要關頭，多爾袞又靈活地改變了策略。七月間，他將南方人民最為痛恨的多鐸召回北京，改派漢人大學士洪承疇“招撫”江南。
多爾袞這個以漢人治理漢人的辦法，在關鍵時刻收到了實效。洪承疇坐鎮南京之後，先後招降了大部分反清力量，輕而易舉地攻下浙江，進而平定了福建。在順治五年(1648年)，多爾袞以他謀略家的氣魄和智慧，除了東南沿海和西南一隅，基本上完成了清朝在全國的統治。
順治四年(1647年)二月，多爾袞以“府第腧製”的罪名，罷免了濟爾哈朗的輔政大臣；轉年三月，他又舊賬重提，以在繼嗣問題上包庇豪格為由，革去濟爾哈朗的王爵，降為郡王。對待政敵豪格，多爾袞更是無所不用其極。順治五年(1648年)二月，豪格擊破張獻忠農民軍回到北京，多爾袞立刻羅織罪名，把他逮捕下獄，三月便折磨致死。不久，皇太後博爾濟吉特氏下嫁多爾袞，他便由“叔父攝政王”尊封為“皇父攝政王”。
順治五年(1648年)，多爾袞設立了六部漢尚書、都察院漢都禦史。在此以前，這些部的正職都由滿人擔任，漢人隻能擔任副職。
順治六年(1649年)，多爾袞進一步明令貴族不得幹涉國政和限製漢宮行使職權。對諸王“有幹預各衙門政事及指責漢宮，謂某賢能應升，某劣應降者，不論言之是非，即行治罪”。同時規定：“各王有以衙門事，私行傳呼各衙門官至府者，罪在王。聽其傳呼而去者，罪在各官。”從而剝奪了貴族幹預國家政務的權力。順治元年(1644年)，宣府巡撫李鑒劾奏赤城道朱壽貪酷不法，多爾袞下令議察。朱壽得知以後，十分驚慌，便賄賂滿臣綽書泰，求托英親王阿濟格代為說情。阿濟格派綽書泰和總兵劉芳名往見巡撫李鑒，脅迫李鑒為朱壽鍪開脫罪行。多爾袞得知這些不法行為後，立即將綽書泰，朱壽等人斬首棄市，將劉芳名奪職入旗，將阿濟格降為郡王，並罰銀五千兩。
多爾袞在削弱王權的過程中，注意調整統治階級內部的滿漢關係，並且比較開明和公正，是難能可貴的。他主張“滿漢一家”，提倡滿漢人民通婚，較之清朝其他統治者確實高出一籌。