僅僅半年時間，她就以自己出色的表現折服了眾多同行和上司，被破格聘為總住院醫，走完了按常人需要5年才能走完的路。緊接著在第三年她又贏得了去英國深造的機會。到1935年，林巧稚已成為“協和”很有名氣的主治醫了。
林巧稚事業上的成功，是以巨大的犧牲為代價的。那個時代，婦女總是處於受歧視的地位。協和醫院院規明確寫著：“願做實習女醫師，住院女醫師，請勿結婚”。林巧稚曆盡千辛萬苦為自己爭得的事業，怎麼能放棄呢？她毫不猶豫地選擇了不要家要事業的人生之路。即使後來她的地位已不受婚姻限製時，她也再沒有成家，她怕家庭、孩子拖累自己，從而影響把精力放在她的病人身上。她把這個信念堅持了一生。
林巧稚是一位勤奮的實踐家，她一生中親自為成千上萬的婦女接過生，治過病，甚至為不少母女二代人接過生。林巧稚帶學生，特別注重他們的實踐能力。她有一句非常有名的話：要想當一名合格的婦產科醫生，至少要接生一百次，才能獲得最基本的經驗。因此，她帶的學生，幾乎個個都成為婦產科的有名專家。
1941年，林巧稚成為“協和”第一位女主任醫師。在“協和”，就是外國人要想獲得這個職位也決非易事。然而，憑著高超的醫技和眾人皆知的高尚醫德，在婦產科主任空缺時，院方毫不猶豫地選擇了這個中國女醫生林巧稚。
日本人發動太平洋戰爭後，“協和”被日本人占領，林巧稚失業了。為了糊口，更為了事業，她開始個人行醫。在此期間，她更多地接觸到最廣大的勞動人民的生活，這使她深深地感到社會的不公平和人民的痛苦。她的感情發生了很大變化，開始把自己的全部愛心，獻給那些在痛苦中生活的姐妹們。
愛心
林巧稚的醫德和對病人無微不至的關懷和愛心是出了名的。她看病人，從不問貧富，更不是在手術台上向病人要錢的那種醫生。相反，她往往還向被救治的貧苦患者貼錢。
有一次，天已經很晚，一個人力車夫找上門來求她給妻子接生。她隨車夫鑽進漆黑的胡同，在車夫低矮的住房中看見了在痛苦中呻吟的孕婦。這時羊水已破，但因胎位不正造成難產，母子的生命危在旦夕。林巧稚一邊輕聲安慰，一邊緊急處置，終於使孩子在黎明時分順利生下。當車夫因沒錢覺得無以為報時，林巧稚竟從身上掏出50元給車夫，讓他買點營養品給妻子補補身子，然後悄然離去。像這樣的事在林巧稚的一生中不知做過多少次。
在醫院裏，每次她帶實習生查房時，都要向學生詢問一些諸如“產婦生下孩子後幾天下奶？喂奶姿式正確嗎？產婦吃飯情況怎麼樣？”等看似很普通的問題。但這恰恰體現了她對產婦的關心和愛護。她常說，“我們不僅要看到病，還要看到人。她們有不同的家庭和生活習慣，不同的病史和身體狀況，不同的社會背景。搞不清這些，就不易幫助產婦度過難關”。“當一個醫生，首先要知道自己的責任重大，產婦、病人入院，就把她的整個生命交給了我們，要把她們當成親姐妹，從每件細微的小事上做起，體貼和關懷她們……”
林巧稚不僅這樣說，更是這樣做。產婦生產時，隻要是她守候，總是在產婦陣痛伸出手亂抓之時，把自己溫暖的手伸過去讓產婦抓握，這就使產婦立刻感到極大的安全和有信心。她說：“我不能讓孕婦在這時去抓床頭上的鐵欄杆，因為那樣手關節是要受涼落下病的。”
林巧稚的愛，還體現在她為病人的前途著想上。特別是對影響生育和家庭幸福的病例，她更是慎之又慎。有一次，一個女工在檢查身體時被診為子宮肌瘤，並要實施子宮摘除術。這對女工和她的家庭是多麼大的打擊啊！她抱著一線希望找到了林大夫。林巧稚重新給她做了認真細致的檢查，憑著豐富的經驗她斷定這隻是個生理性瘤子，無須摘除子宮，而且還確診女工已有了一個小寶寶。當女工第二次入院來到林巧稚身邊，由林大夫親自給她接生下一個孩子時，女工是多麼高興啊！這位女工深情地說：“是林大夫救了我，挽回了我的幸福家庭！”