天然色素與人工合成色素不同，安全性高，可信賴，顏色種類很多，可以有多種組合。因為大多是可以吃的食品成分，所以也有助於天然化妝品的概念宣稱。缺點是，著色原料的素材可選性不多，一些種類昂貴而稀缺，但這些缺點最近都有最新的生物技術可以克服。
天然色素應該具備的條件，首先是要對人體無害，耐熱性能（在殺菌或加熱工藝下不會褪變色）好，耐光性、耐藥品性能好，不能有變嗅。天然色素按照其根源物質可分為動物性色素（胭脂蟲紅）、植物性色素（梔子黃，紅花黃，紫色紅薯色素）、微生物色素；按照形態可分為原樣利用天然物質的（果醬類）、將天然物質進行幹燥、粉碎等簡單處理的（咖喱粉末）、從天然物質當中提取色素成分加以精煉、濃縮後進行粉末化的（梔子，紅花）、進行加熱或酶處理的（焦糖caramel）、合成出來的如類胡蘿卜素（carotenoid）色素（β胡蘿卜素）等等。
天然色素的生理活性功能重點要數抗氧化作用，另外還有改善毛細血管通暢、抑製肝功能障礙、除臭效果、促進內分泌係統分泌等附帶的功能。但是，天然色素的顏色或色度會因為加工工藝、保管狀態、化妝品的物性等因素而改變。變色因素尤數pH、氧氣、水分、熱、光、金屬離子、化妝品成分等影響為最。
我們簡單觀察一下天然色素的市場動向就可以知道，植物性的並且功能性的色素如花青苷（anthocyanin）色素、金盞花（marigold）色素、天然胡蘿卜素、西紅柿色素等以及降低血壓效果的紅曲色素等的使用逐漸增多，動物性色素如胭脂蟲紅色素和紫膠紅色素的使用稍有降低。天然色素當中用作化妝品成分的有類胡蘿卜素係（梔子黃色素、B胡蘿卜素）、類黃酮係（紫色紅薯色素）、查耳酮係（紅花黃色素）、焦糖、可可色素等等。焦糖色素價格低廉，耐光耐熱性能好，耐酸堿性也不錯，在各種pH下幾無變化，上色性能好，觀察延時變化情況也都沒有問題。色彩表現不錯的同時，能夠賦予特有的香味，所以目前應用在漢方化妝品上。可可色素具有耐熱耐光性能好，投放到產品後液相狀態不變，上色性能好的優點，所以應用在天然色素化妝品當中。
最近，韓國食品藥品安全廳（KFDA）頒布了化妝品用焦油色素的種類、使用部位及限用比例、標準和試驗方法。這些法規的頒布，加強了化妝品安全監管的製度基礎。擺在化妝品研發人員麵前的課題，就是探尋出比已知的天然色素更好、更多樣化的原料，並將其應用在產品當中。