參議院為立法建議機構，負責所有法案草案的起草；
眾議院為立法裁決機構，所有草案隻有眾議院認可通過才能最終形成正式法案；
特區長官為執行機構，有權獨立任命所有特區官員，但無論執行過程還是最終結果需對參眾兩院負責。
參議院負責監督執行過程，有權隨時傳喚特區長官要求解釋政策執行情況；
而眾議院負責監督最終執行結果，有權隨時發起對特區長官的罷免彈劾。
立法和行政機構基本是在美國式的議會共和製思路上做了些微調。
例如，為了保證一些戰略決策實施的連貫性，特區長官無連任限製；
為了保證一些國策的隱密性，特區長官僅接受參議院傳喚解釋政策執行情況，眾議院僅掌握對執行黑匣子的輸出結果判定的最終裁決權。
而真正有特區原創的是司法係統建設方案。
法製是現代社會興起的概念，以公正和公平的全覆蓋著稱。
但興一利必生一弊，國家的完全法製化需要消耗大量的社會成本，特區當下的萬人中公務人員占比已經是大清帝國的42倍，法製化的代價是公務人員係統不斷膨脹，有淪落到吃飯財政的風險。
特區法院設置為普通法院和最高法院兩級。
每個城市和縣城設置一個普通法院，由法官解釋法律後交民眾組成的陪審團最終裁決，遵從普通法係原則。
這種源於野蠻的盎格魯撒克遜法係特征是追溯判決，簡單的說，以前怎麼幹的現在還怎麼幹，沒有判例的時候法官可以創造法律。
市場瞬息萬變，做為市場裁判的法律，也必需有恰當的靈活性。
普通法恰恰符合這個條件，而且很大意義上強化了這種源自封建社會長期依靠宗族倫理的道德構架，社會信任的構建並非源於硬性的懲罰性約束，而是沿襲生活習慣而來的前輩事跡。
最高法院則負責對具備一定社會影響力的法律糾紛進行最終裁決。
參議院對一項法律糾紛認為具備一定社會影響力時，可提請眾議院表決通過其由普通法院轉向最高法院裁決。
而最高法院遵從源自於羅馬軍規的大陸法係。
這樣，普通法院人情味重，符合民眾的曆史沿襲習慣，這種類似民眾公審的判決也突出人情和道德約束，以倫理和道德規範為約束大大降低了社會運行的成本。
而最高法院嚴刑冰冷，法不容情，對人情社會給出了公正公平的最終補充。
公元1913年1月1日，由參議院提名，眾議院批準通過產生的首任特區長官秦浩發表廣播講話，在公布一批特區高級官員任命名單後，正式宣布：
南海經濟特區製度變革已初步完成，以《特區基本法》為實際憲法大綱，確定了參議院設計法律，眾議院通過法律，大法官解釋法律，特區長官行政執行的機構框架。
先進的製度建設將是特區政府競爭力持續領先的根本保證，本屆政府對特區發展充滿信心。