然而，淩天還是慢了一步。在堡壘計劃第二階段實行的時候，地球已經被那些六條腿的怪物毀得差不多了。他除了手底下的這一批人，已經沒有辦法在找到更多的人可以使用了。
所以，淩天決定將這一批人克隆，並且對每一個克隆體都移植入原本的記憶，讓其由堡壘的邊緣逐漸的深入，在逐漸增強的輻射中完全的適應這種輻射，從而通過輻射將女媧的血統完全的激發出來。
為了保險起見，淩天取出了自己妻子肚子裏還沒有完全成型的女兒，並且將其克隆出了兩個個體。之後，淩天不停的將女媧屍體上發現的DNA分段分批的注入自己女兒克隆體的身體之中，試圖直接利用這樣的方式製造出一個女媧來。
最後淩天發現，女媧的DNA對自己女兒的兩個克隆體產生了非常大，而且是完全不同的影響。其中一個智力極端低下，而且身體的各方麵機能，尤其是吸收方麵非常的不好，整個人瘦弱的幾乎是一包骨頭。而另外的一個的身體得到了非常巨大的強化，似乎是無限的接近了女媧的身體，但是她卻是無法直接讀取女媧墓穴之中儲存的知識，顯然這個也是失敗品。
後來淩天將女兒的兩個克隆體放入一種可以讓生命暫時停止的液體之中，存入了女媧墓穴的深處，希望未來女兒的克隆體可以被喚醒，成為自己安排的一招後手。
然後，發現了淩天秘密的六腿先生終於一怒之下，毀掉了整個‘未來’組織。組織雖然是被毀掉了，但是女媧計劃還在繼續實施著。
事實上，此時的女媧計劃已經被淩天暗地裏掉了包，成為了堡壘計劃的第二階段。而且，在淩天的計劃之中，最終成為女媧的隻能是自己的兒子或者女兒。
但是，隨著組織的被毀，六腿先生也漸漸的發現了淩天對女媧計劃的更改，於是將計就計，一方麵引導那一批克隆體一次又一次的進行著女媧計劃，另一方麵也成為了堡壘的管理者。
其實，在組織被毀的時候，淩天並沒有死，而是躲藏在了女媧墓穴最深處，當年女媧躲藏的地方。這邊躲過了六腿先生的追殺。
然後，幸存下來的淩天知道組織最關鍵的東西掌握在了六腿先生的手中，自己已經無力回天。然而，淩天存放那一批人克隆體的地方，六腿先生卻是不知道的。於是，淩天對這一批人的記憶做了一些修改。
之後，堡壘計劃便由這一批克隆體一次又一次的進行下去，持續了不知道多少個輪回。
然後，陳博淵製造出來的那些怪物實在太凶猛，每一批都沒有辦法抵達位於堡壘中心的女媧墓穴，更不可能將女媧計劃完整的進行。
隨著六腿先生的族人們完全的占據了地球，不過意外的由於地球的重力要比他們原本的世界小很多，所以六腿先生以及其族人的身體出現了變化，他們慢慢的變得巨大，並且越發感覺地球的壞境更加的適合他們。
此時，六腿先生已經無法在進入女媧墓穴，同時因為身體的巨大化也無法再繼續使用原本的技術。已經沒有辦法在回到過去，去重新對計劃進行修改，隻能引導這那一批克隆體們在堡壘之中垂死掙紮。
一直到最後的這一次，六腿先生發現，在這一批克隆體中，似乎有一些不尋常的事情發生了。這究竟是不是淩天之前動的手腳，已經無從得知了。