作為摩根財團新的主宰，傑克馬上便麵臨著他父親遺留下來的兩個危機。普約聽證會之後，這些危機使他對公眾更加沒有好感，並進一步使他感到國民對摩根的慷慨忘恩負義。第一個危機與他父親的藝術品收藏有關，皮爾龐特在遺囑中表明，由傑克處理這些收藏品。
最初，大部分繪畫和擺設都存放在王子門街。皮爾龐特本打算將那裏改建成博物館，但由於場地有限而放棄了這個念頭（書籍和手稿一直存放在紐約，由貝勒·格林管理）。在1909年之前，美國進口關稅之高，使摩根財團要把這些"外籍"收藏品運回國內極其昂貴。然而，皮爾龐特的力量之大足以搬運國會山。在他的鼓動下，一條關於100年以上的藝術品免征關稅的法令獲得通過。皮爾龐特之所以決定盡快將這些收藏品運回國內也是出於另一個考慮：如果皮爾龐特死時這些收藏品還在倫敦，他的繼承人將不得不繳納高額的遺產稅。因此，在1912年，成千上萬的藝術品被打成包，裝進大板條箱運到了紐約。為了討好摩根，美國海關甚至派檢查人員到了倫敦，以便加速檢查程序。皮爾龐特曾表示，希望將他的收藏品都集中在一起，因此這些收藏品最後落腳何處便成了頗費思量的事情。起初，他將這些收藏品遺贈給了大都會藝術博物館，他是這家博物館的館長。然而他提出一個先決條件：要求紐約市撥款，專為摩根修一個展廳。這是一個富人想要得到尊敬和感激的表達方式。然而這卻招致了一片責難。首先發難的是《赫斯特報》和一些政府官員，他們指責皮爾龐特自己不提供這筆經費。在這一年的貨幣托拉斯大戰中，納稅人準備對摩根展開進攻，他們相信摩根銀行的錢取之不盡，用之不竭。然而這場責難激怒了皮爾龐特。1912年底，他告訴市政府官員們，他們再也得不到這些收藏品了，這使他們驚奇得目瞪口呆。皮爾龐特是受不了一點傷害的，一旦他的自尊心受到挫傷，他便會像孩子般地發怒。因此，他把最後的決定權交給了傑克。這是他兒子在他死後要做的第一個重大決定。根據一項新的州法律，如果傑克希望豁免遺產稅，那麼從皮爾龐特死後算起，他可以在兩年之內捐贈藝術品。
在考慮如何做決定期間，傑克允許暫時在大都會博物館展覽那些收藏品。這是一個激動人心的事件，人們有機會在一次展覽會上一睹摩根的全部收藏品。總共有4100件來自倫敦和紐約的收藏品參展。美國還從未見識過如此豐富的藝術財富。"展覽"一詞已難以概括它的範圍：它好像是一個龐大的博物館在展示一切，將藝術史上最瘋狂的狂購亂買所帶來的成果公之於眾。展品中包括550件琺琅製品、260件文藝複興時期的青銅器、近700件18世紀的瓷器、39件掛毯、900幅袖珍畫、50多幅歐洲繪畫。瀏覽這些寶藏，公眾心中不僅感受到它們的全部價值，而且一種占為己有的欲望也油然而生。
現在，傑克必須在銀行與美國文化兩者各自的需要之間進行權衡。他和其他摩根合夥人還記得，每年當大量的賬單潮水般地從倫敦和巴黎湧來時，他們都會因擔心總裁能否平賬而感到焦慮不安。而現在傑克懷疑他是否有能力付清300萬美元的遺產稅和皮爾龐特遺囑中規定的2000萬美元的個人遺贈。財產中大約價值2000萬美元的變現財產已不能完全應付皮爾龐特的慷慨大方。傑克需要現金去支付遺贈，繳納財產稅，開展業務，而他手裏所掌握的大都是不能變現的藝術品。怎麼辦？
1915年2月，解決辦法終於產生了，而藝術界卻為之感到憤慨：傑克決定分散處理收藏品。首先他將中國瓷器以300萬美元的價格賣給了杜維恩兄弟，杜維恩兄弟又將這些瓷器轉賣給亨利·克萊·弗裏克。然後弗拉格納爾的傑作——為杜巴裏夫人而作的四組係列作品"愛的曆程"，也以125萬美元的價格轉到了弗裏克的名下。弗裏克用它們裝飾了他在第五大道的別墅。繼皮爾龐特之後，弗裏克脫穎而出，成為美國第一流的收藏家。顯然，這一點使傑克感到高興。他說，在皮爾龐特的生意合夥人中，弗裏克對他最為友好。這以後，糖業大王哈夫邁耶買下了曾使皮爾龐特神魂顛倒的弗美爾的作品。"看來我們確實需要錢。"貝勒·格林歎息道。13到這次鋪天蓋地的銷售結束時，價值800萬美元的藝術品以高價易手。這期間，格林為爭取更高的價格而進行了不屈不撓的努力。藝術市場並沒有因皮爾龐特的死亡而衰敗——軍火製造商們在世界大戰中積累起來的新的財富又彌補了這個空缺，而這些財富往往是由摩根銀行自己經手給他們的。格林的朋友伯納德·貝倫森評論說，皮爾龐特人雖死了，"但他的靈魂還在遊蕩"。14鑒賞家們對這次大規模出售感到震驚，他們形容這是一次對世界傑出的藝術收藏品慘無人道的大屠殺。盡管約瑟夫·杜維恩從這次銷售中獲了利，但他把這次出售稱之為"藝術領域的大悲劇，一如當年共和政體分發英王查理一世精心挑選的藝術寶藏"。15作為對受到感情挫傷的大都會博物館的安慰，傑克把40%的收藏品送給了他們。這一紀念性的遺贈包括7000件作品，其中有拉斐爾的《科隆納·聖母》。皮爾龐特花10萬英鎊買的這幅畫在當時是世界上最昂貴的畫。盡管大都會博物館感到非常失望，但這幅畫卻是博物館有史以來得到的最大的意外收獲，它成為博物館中世紀收藏品中的極品。