這些社交活動所帶來的壓力使他為婚姻付出了沉重的代價。其時這婚姻本已開始變成冷淡無情、名存實亡的啞劇。範妮·摩根性情羞怯，對作為一名商人銀行家妻子所應負的許多義不容辭的責任毫無興趣。她抑鬱憂傷而又多焦慮，生性溫柔甜蜜，對宗教極其虔誠。她喜歡閱讀，與朋友們閑聊時談論一些宗教問題。在家庭中她更受孩子們及外孫們的歡迎，卻難以贏得目光銳利的皮爾龐特的歡心。隨著他社交圈子的日漸擴大，範妮的品性既不夠宏大，也不情願和他一起占據這寬廣的世界。有人也曾猜測這對夫婦之所以發生衝突，恰恰是由於他們之間極為相似。他倆都十分敏感，容易失控，並且都過於鬱鬱寡歡，以至無法成為彼此的慰藉。範妮不像是皮爾龐特那慣常的陰鬱生活中的一朵忘憂花；而皮爾龐特無疑也太繁忙，根本無暇顧及妻子的欲求。這樁出於現實考慮的婚姻本來意在消除咪咪病逝的陰影，不料卻變得很不現實，岌岌可危。
1877年聖誕節，當朱尼厄斯在晚宴結束後回到倫敦時，皮爾龐特尾隨而至。這是皮爾龐特第一次不與孩子們共度聖誕節。次年春天，範妮沒有與他同去一年一度的國外旅遊。從此之後，皮爾龐特便養成了帶上一個女兒在歐洲旅行的習慣，借此可以與妻子分居幾個月的時間。這些旅程集商業業務與休閑為一體，為他另覓新歡提供了掩護。作為一個嚴謹的維多利亞式的人，他在公眾麵前對範妮頗講禮遇，即使是在他們分居時間延長之後亦是如此。隨著歲月流逝，範妮漸漸開始變得性情乖僻，疾病纏身。她遂將滿腹心裏話都向傑克和其他人傾訴。
皮爾龐特並非那種對缺乏情愛的婚姻生活可以置之度外的人。他對咪咪一往情深，展示了其性格中極為浪漫的一麵。每逢他和咪咪的結婚紀念日或是她的忌日，皮爾龐特必然前往她在康涅狄格州費爾菲爾德的墓地，追撫往事故人。9那些日子裏，他的眼光陰鬱茫然；在那銀行家慣常的行頭之下，他原本有一副憐香惜玉的心腸。即使他的威嚴使眾人望而生畏的時刻，他也是一個孤獨的人，心裏有著一種無法與任何人分擔的深刻的絕望之情。他的毫無快樂可言的婚姻也許更深地把他推入到生意場中，然而卻又使他失去了享受這些成功的樂趣。
皮爾龐特在慈善事業上的各種關係，幾乎可與他商業聯絡之廣泛相提並論。他樂意捐助的是一些宗教、文化及教育方麵的事業，而不是社會慈善救濟機構。他從未試圖解決貧窮這一社會問題。皮爾龐特所要資助建立的學校必須是私人貴族化的。他是大都會博物館和美國自然曆史博物館最初的讚助人之一。在大都會劇院的金馬蹄廳裏，皮爾龐特擁有一個私人包廂（他喜歡那些浪漫而又熱情洋溢的歌劇，尤其是《行吟詩人》）。同時，他又是聖盧克醫院的主要捐助人。朱尼厄斯接受恩迪科特·皮博迪（他是喬治·皮博迪的一個遠親）為在倫敦的合夥人之後，皮爾龐特幫助他的兒子恩迪科特·皮博迪牧師在波士頓以北買下了一塊90英畝的地皮，以期創辦一所名為格羅頓的新私立預科學校。效法拉格比學校，這所新校意在將其學生培養成為優秀且具有男子漢氣概的基督徒。然而具有諷刺意味的是，它後來造就了摩根財團的死敵——富蘭克林·迪拉諾·羅斯福。
通過他的朋友和私人醫生詹姆斯·馬科，皮爾龐特將他難得的一些禮物贈與了當時洪水般湧入紐約東部低地的大批移民。馬科講述了他如何在一個租來的廚房裏為一名移民母親和她的嬰兒動了手術，救了兩條性命的故事。皮爾龐特當時拿出300美元的鈔票，"你一定要讓那位女士能夠得到妥善護理"他說，並把錢交給了醫生。10最終馬科大夫勸說皮爾龐特捐助了100萬美元以上的巨款，為紐約婦產醫院修建了一座大樓。在這所醫院裏，護士們能夠為窮困潦倒的孕婦提供食物、牛奶以及產前的護理。馬科大夫成為醫院的負責人。隨著皮爾龐特日漸成為一位慈善家，他對未婚母親們所表示的關懷逐漸成為街談巷議的話題，同時又有些捕風捉影的故事，說那個醫院裏的醫生們與皮爾龐特的情婦們結為伉儷。