到558年初，王琳進軍湓城（九江），領有十萬甲士。北齊皇帝高歡給他派來一個小皇帝：蕭莊。王琳擁著蕭莊登上了皇帝寶座，改年號為天啟。追諡從前王僧辯立的蕭淵明為閔皇帝。組織了一個小小政權。
陳霸先見形勢危急，繼續派兵遣將之餘，又於7月13日派吏部尚書謝哲去宣諭王琳。印象中，他是陳郡謝氏最後一個政治能人了。在他之後，烏衣巷的風流就真隨堂上燕消失在了尋常巷陌。謝哲見到王琳，究竟幹了些什麼，今人不得而知。隻曉得隨後發生的事對陳霸先非常有利。史書裏說，此時周文育、侯安都等人買通了看押他們的王子晉，許以重賂，王子晉就在大船邊放了艘小船，假裝釣魚，夜深人靜後，把囚徒們用小船載上岸，藏入深草叢中，一道步行投奔陳軍。其間，謝哲究竟扮演了個什麼角色，是個迷。他回建康向陳霸先複命之時，王琳撤回了湘州。
而後長江中遊還有一堆地方武裝坐在王陳兩派之間騎牆，江州廬山一帶大混戰，嚴重毀壞自然風光。
公元559年6月，梟雄陳霸先病死。王琳趁機發起總攻。開始很順利，把陳將吳明徹打得隻身逃還。560年二月，王琳帥舟師順江東下到了蕪湖附近。北齊派出劉伯球，慕容子會領兵在西岸支援王琳。這時候宇文氏趁著王琳東走的空虛，派出數萬人襲擊郢州，王琳怕軍心不穩，壓下消息。2月14號，西南風大作，王琳領舟師順風直逼建康。屯在蕪湖的陳軍在侯瑱的指揮下開進長江跟在他後來。占了梁軍的上風口，反而使王琳處於劣勢。王琳的軍隊此時犯了一個絕對錯誤，居然向陳軍丟火炬，可逆風，反而燒了自己船。實在讓人懷疑王琳是否緊張過度而思維混亂，當然也可能某一時間段風向有變。或者是軍士私自的決定。從王琳為人來看，他的屬下自由散漫。侯瑱趁勢發起猛攻。梁軍潰不成軍。溺死了十之二，三，逃到岸上的被陳軍追殺殆盡，西岸接應的齊軍陷於蘆荻爛泥中自相蹂踐，劉伯球，慕容子會全被俘虜。至此，梁軍全軍覆沒。王琳乘坐舴艋舟逃到湓城，還想收集離散軍士，但此刻大家都保命要緊，再也沒有人願意跟他搞光複大業了，王琳隻好帶著妻妾、左右親信十幾個人逃奔北齊。同時抵達的還有小皇帝蕭莊。蕭莊後來病死在這異鄉。
北齊的皇帝讓王琳在合肥一帶召募武人，軍事威脅陳朝。王琳的侄女婿陳朝合州刺史裴景徽願意作內應，再攻陳朝。王琳見新敗，手下又都是新召的，猶豫不絕，裴景徽心急如焚等著度日如年，擔心事情泄漏，幹脆跑到齊國來了。
北齊皇帝就任命王琳為驃騎大將軍、開府儀同三司、揚州刺史，鎮守壽陽。等到王琳兵強馬壯，蓄意待發了，同在齊國對陳前線的尚書盧潛又來拖他後腿。陳茜通信到壽陽，願意和北齊和親。盧潛很配合地把這封信上報上去，同時要求息兵。北齊皇帝同意，決定改變對陳方針。王琳一肚子氣，和盧潛爭執不斷。562年初，北齊皇帝把王琳調到鄴城去，任命盧潛為揚州刺史。
寓公王琳在鄴城一晃就是十年多。南邊陳茜病死了。他弟弟陳瑣當了皇帝。北齊的皇帝是一個不如一個。落到無愁天子高緯手裏，把國家玩得日益糜爛。宇文氏挑撥陳朝進攻北齊。好漁翁得利。公元五七三年，陳將吳明徹大舉北攻。著名的美男子蘭陵王就是這時候死的，他知道自己讓皇帝高緯討嫌，在家裏稱病，高緯想，敵軍來了你還裝歪！就把他殺死了。重擔自然落到了熟悉南人的王琳身上。高緯另派了尉破胡與之配合。尉破胡開局不利，就被吳明徹擊潰。吳明徹把王琳圍在壽陽。在淝水築堰灌城，城裏人都得了水腫腹瀉，死了十之六七。而齊將皮景和等帶著十萬大軍屯在壽陽三十裏外，居然不采取任何救援行動。王琳從七月守到十月，城陷，被從前得手下敗將吳明徹俘虜。盧潛也一道當了囚徒。“援軍”皮景和見勢不利，溜得飛快。駝馬輜重一股腦兒留給了陳軍。
得知消息，無愁天子高緯終於麵露愁色。他的寵臣卻是伶俐：“就算我們齊國盡失黃河南岸，也還可作一龜茲國呢！”高緯轉愁為喜。如此沒心沒肝的朝廷，真替王琳不值！
王琳被押到陳軍軍營，一路很多當地百姓哭著跟著。吳明徹軍中不少是王琳當年的老部下，個個流著淚為他請命，爭相送來生活日用品。吳明徹本來想把王琳檻送到建康，可一看這架勢，嚇壞了。萬一有不要命的在半路上劫了囚車怎麼辦？心一橫，派人追上囚車將王琳斬殺在壽陽東二十裏。消息傳開，哭聲震天。田夫野老，知與不知，莫不為之流泣。有個老頭兒拿著酒肉來到王琳身死之處，祭奠之後，將浸著王琳熱血的，還戴著餘溫的土收集而去。塵封中，該有怎麼樣的一段往事啊！王僧辯流亡北齊的長子得知噩耗，登上高塚，對著南方痛哭而絕。
王琳被傳首建康。他的頭顱高懸市中，直視陳家三代朝廷。王琳故吏朱瑒上書陳朝廷要求埋葬王琳的首級。吳明徹居然好幾次夢見王琳向他求取首級，也開口幫著說話。陳朝皇帝同意了。於是王琳的屍首合一，被埋在壽陽附近的八公山側。在這陳朝的領土上，上千人參加了這個陳朝世敵的葬禮。不久揚州茅知勝等五人悄悄挖出王琳的靈柩，秘密送到鄴城。再次舉行了隆重的葬禮。一代絕世偶像帶著忠武王的諡號歸於黃土。
王琳其人，在曆史上爭議很大，有人說他虛偽，不值得那麼多人崇拜。我認為，他肯定是有政治野心的。從王琳的人際關係看，他總是和下級非常鐵，而和上司搞不好，感覺不是個甘居人下之輩。但是他對梁朝的忠貞決不假。雖然人很有些政治家的滑頭，在三方勢力間騎牆，打陳氏不打宇文氏，也是形勢所逼。當時他可能做到的極限頂多是光複蕭梁政權。如果他真要發展自己勢力的話，不如紮根郢，湘，高築城廣積糧，而不是急衝衝地東進。王琳為人可能有點像蕭衍。對周圍人極好，也信佛地說，對朋友對女人絕對重情重義，非常在乎眼前人對自己的評價，留著勁敵陳霸先的股閎大將不殺，真是爛好人。被朋友出賣也不回改。從後世的角度來看，王琳才華並不出眾，簡直覺得當時人們對他崇拜好像玉米愛春春。我懷疑這種感情，除了折服於其個人魅力外，很大程度上寄托著對蕭梁盛世的懷戀。現在網上好多把蕭梁時代罵得很不堪，可放眼南北朝大亂世，這四十餘年短暫的和平，簡直算是天堂時代了。
八卦八卦，王琳光兒子就生了17個，好人種！一生流離，虛歲48過世，竟然如此高產，風流程度可想而知。獻款宇文氏求妻子，背負多少罵名，但從一個女人的角度看，到感覺到王郎的俠骨柔腸。