肖遠發現問題，是在對03:12:31以後的數據包的分析過程中，這時不同的數據包並不完全相同，說明世界還沒有完全靜止下來。
分析工具一邊比對每一次的內存數據樣本，一邊將這些數據以圖表的形式展示出來，便於肖遠更直觀的觀察這些數據的變化特征，隻不過因為分析數據要花費一定的時間，所以，圖像的變化比起god程序的監控圖像來，變化慢了很多。
因為這裏的圖像和god監控程序的顯示原理一樣，所以顯示出來的圖形也與那裏的完全相同，剛開始的時候，圖像上一個與其他地方有著明顯分別區域在緩慢的四處移動，肖遠知道這個漩渦是種子的代碼在世界中的映像。
看著種子的映像仍然存在，肖遠想起第一階段的分析中，那些不再發生變化的內存影像中，好像種子不見了。
“它難道被抹殺了？”肖遠盯著電腦屏幕上的分析過程，心中暗暗思忖，“不應該的，如果種子被抹殺的話，god應該會很快就將世界的平衡恢複，但是事實是沒有恢複，這其中一定發生了什麼我沒有想到的事情。”
“咦，怎麼回事？”正在思考的時候，肖遠發現原本在圖像上還十分明顯，一眼就能分辨出來的種子突然消失了，接下來圖像又變化了兩幀，就靜止了，既沒有繼續恢複平衡，也沒有因為不平衡而繼續變化下去。
肖遠暫停了分析軟件，從圖像靜止下來的時間點提取了一個內存樣本，拿來和最後的內存樣本文件進行了對比——完全一樣。
“種子突然消失了，然後god也不工作了，有點兒像同歸於盡。”
肖遠再次回放了剛才的圖像演變過程，瞪大了眼睛盯著屏幕上的圖像，想要看清楚在圖像消失的一瞬間，究竟發生了什麼，但是卻一無所獲。
於是他幹脆不讓圖形自動運行了，而是手動讓這些圖像一幀一幀的出現，仔細觀察，在圖像消失的上一幀停了下來，仔細觀察了一下，仍然是沒有發現什麼問題，於是他將這一幀的內存樣本提取了出來，從中將種子的代碼單獨提取了出來，對其進行了反彙編。
得到種子程序這一時刻的彙編程序後，肖遠發現得到的它和種子未放入世界進行進化之前的程序相比，已經發生了很大變化，閱讀時給他的感覺就像在閱讀一段全新的程序一樣，要知道這個程序根本就是出自他手。
“看來種子真的自我進化了，隻是它為什麼會自動消失呢？”肖遠努力在代碼中尋找著種子自動消失的痕跡。
將程序通讀了一遍，肖遠發現進化後的種子程序無論是長度還是複雜性都增加了很多，其中存在一段奇異的代碼。
“這應該就是種子能夠突然消失的原因了。”肖遠覺得自己似乎已經找到了答案，但是這段代碼很晦澀，難以理解，這讓他感到有些受傷。
“見鬼了。”肖遠不由得罵了一句，然後反複讀了幾遍這段代碼，並將其中涉及到的寄存器，以及寄存器之間的數據流向繪製成了圖像，並找來一本這台工作站的CPU編碼的詳細手冊，一點一點兒加以對照。
所謂讀書百遍，其義自現，程序也是如此，反複讀過幾遍後，肖遠越來越覺得這兩端程序有些非比尋常，並有種隱隱的預感，讀懂這兩端程序將是他解開種子程序以及god程序反常表現的關鍵所在。
終於，肖遠從這些代碼中找到了最關鍵的邏輯，卻被他的發現下了一跳，甚至有些難以置信，因為這段代碼竟然用一種很巧妙的方法完成了一個遠程跳轉，跳轉到目的地已經超出了god創造的世界的內存範圍，它所使用到的指令竟然是工作站CPU的一段特殊的指令序列，而這段指令肖遠事先根本就不知道，更不會寫到程序中。