英聯邦軍隊的撤退
1941年4月15日早上，韋維爾向威爾遜發出如下信息：“我們必須在與希臘人合作下繼續戰鬥，不過根據情報我們有必要盡快撤退。”
當中東戰區英軍總司令阿奇博爾德?珀西瓦爾?韋維爾將軍在4月11日至13日在希臘時已經警告威爾遜不能預計有任何增援，及授權弗雷迪?德?金根少將與有關官員討論撤退計劃，無論如何，英國人在這個階段不會提出任何建議；所有建議均來自希臘政府，第二天帕帕戈斯向威爾遜建議W軍團應該撤走後先行離開，威爾遜通知中東總部及海軍上校伯利?古樂門在4月17日到達希臘準備撤退計劃，同一天威爾遜回到雅典與希臘國王、帕帕戈斯、迪阿比亞克及古樂門會談，晚上，科裏齊斯向國王會報戰敗的消息後自殺，4月21日，韋維爾在口頭上批準威爾遜撤退的要求後補回書麵命令，命令英聯邦部隊撤退往克裏特島及埃及。
5,200人，大部份隸屬新西蘭第5步兵團在4月24日晚上從阿提卡東部的波爾圖拉斐迪，當時新西蘭第4步兵團仍在封鎖通往雅典的道路，當地已被新西蘭部隊24小時禁止通行。4月25日（澳新軍團日），少數皇家空軍中隊離開希臘（迪阿比亞克在克裏特島的伊拉克利翁設立了指揮部），及10,200名澳大利亞士兵從納夫普利翁及米加拉撤退，另外2,000人則等待至4月27日因為尤爾斯特皇子接近納夫普利翁，德軍認清撤退行動是自東伯羅奔尼撒的港口進行。
4月25日，德軍空降攻占了科林斯運河上的大橋，這有雙重目的：切斷英軍撤退路線及掩護他們進入科林斯地峽，進攻在初期便取得成功，直至英軍一枚炮彈錯誤擊毀大橋為止，武裝親衛隊第1摩托化旅在約阿尼納集結，準備經阿爾塔沿班都斯山脈西麵的山麓丘陵向米索隆基進發，及在佩特雷橫過伯羅奔尼撒從西麵進入地峽，當他們在4月27日下午5時30分到達時知道傘兵部隊已經被從雅典開來的部隊代替。
在科林斯運河上架設臨時橋梁令第5裝甲師可越過伯羅奔尼薩追擊敵人，當他們經阿爾戈斯往卡拉馬塔時，他們發現大部份盟軍單位已經撤退，他們在4月29日到達南部海岸，在這裹他們與從皮爾戈斯開來的武裝親衛隊會合，在伯羅奔尼薩他們與一些孤立和未能準時登船的盟軍爆發零星戰鬥，這次進攻對切斷從希臘中部撤退過來的英軍已遲了數天，不過他們仍然包圍了澳大利亞第16步兵團及澳大利亞第17步兵團。4月30日，大約50,000名士兵已經撤離，不過卻被德國空軍重創，大約26艘運兵船被擊沉，德軍在卡拉馬塔共俘虜大約7,000—8,000名來不及撤退的英聯邦（包括2,000名賽普耶斯及巴勒斯坦人）及南斯拉夫士兵，同時從盟軍戰俘營中釋放了很多意大利戰俘。
1941年4月13日，希特勒發出元首第27號指令，說明他即將在希臘的占領政策，他最後決定在巴爾幹的占領範圍的元首第31號指令在6月9日發出，希臘本土被德國、意大利及保加利亞瓜分，德軍占領了很多在戰略上很重要的地區，主要是雅典、塞索洛尼基及中馬其頓及一些在愛琴海的島嶼包括大部分克裏特島，他們亦占領弗洛裏納，意大利及保加利亞均要求這裹，同一天措拉格魯請求投降，保加利亞軍入侵色雷斯，目的是控製在西色雷斯及東馬其頓的愛琴海出口，保加利亞人占領了斯垂蒙河經薩莫色雷斯島至斯維林格勒西麵的薩摩斯河的分界線，剩下的由意大利占領，意大利軍在4月28日開始占領在愛奧尼亞海及愛琴海的島嶼，6月2日他們占領伯羅奔尼薩、6月8日他們占領提薩裏及在6月12日占領阿提卡。
希臘在被占領其間，人民麵對極權統治，很多人因困苦及饑餓而死亡，占領者也因此麵對困難及付出高昂代價，這導致希臘民主軍的建立，他們對占領者發動遊擊戰及建立情報網絡。
1941年4月25日，喬治二世及其政府離開希臘本土到達克裏特島，該島在5月20日受到進攻。德國人出動傘兵進行大規模空降入侵及進攻在島上馬萊邁、瑞思諾及伊拉克利翁的3個主要機場，經過7天激烈戰鬥及頑強抵抗，盟軍指揮官認為戰事已沒有希望及命令從斯法克亞撤退。1941年6月1日，盟軍從克裏特島的撤退完成及全島被德軍占領，在德軍第7傘兵師付出慘重的傷亡後，希特勒禁止以後進行任何空降作戰。克特?司徒登將軍稱克裏特島是德軍傘兵的墳墓或這場戰役是悲慘的勝利，在5月24日晚上，喬治二世及其政府從克裏特島撤退到埃及。