話說小智獨自一人來到了方緣地區，他遇到了新人訓練家小遙。
原因是由於火箭隊的襲擊，他和小遙碰到了一起，在火箭隊的襲擊之中，小遙的腳踏車（自行車）被變成分子了，於是他和她兩人一起旅行。
在旅行中他們遇到了方緣地區的邪惡集團之一火岩隊。
小智擊退了火岩隊，收服了超古代的神奇寶貝——古空棘魚。
小智的英勇姿態把小遙的這顆純真的少女心俘虜了，隻是少女還不知道。
她以為這隻是對小智的崇拜，卻渾然不知，那名為愛慕的種子已經悄悄的落進了她那純真的少女心裏，生根，發芽了！
等到離別的那一刻，那種子長長的參天大樹就會充實她的整個內心，讓她成為愛情的俘虜。
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在旅途中加入了小遙的弟弟小勝，小智從前的‘夥伴’（夥食同伴）小剛，小智還收服了不服輸的神奇寶貝——傲骨燕。
小智還看到了武藏、小次郎、喵喵為了保護同伴而挺身而出。
小智幫助了他們，把阿婆怪、雙彈瓦斯、阿婆蛇、瓦斯彈他們送到了大木博士的研究所。
怎麼送，當然是收服了。
小智幫火箭隊他們打敗神奇寶貝獵人阿龍後，和小次郎他們說，神奇寶貝獵人不隻阿龍一個人，瓦斯彈他們依然很危險。
然後武藏他們就讓小智收服他們，還讓自己的神奇寶貝去照顧他們，所以小智就有了阿婆怪、雙彈瓦斯和一大群阿婆蛇、瓦斯彈了。
武藏的阿柏怪、小次郎的雙彈瓦斯離隊。然後小次郎得到沙漠奈亞。
小智在木守宮的森林收服到了喜歡在嘴裏叼一根樹枝的木守宮。武藏也在之後收服了飯匙蛇。小剛得到蓮葉童子。
之後，小智離第一個道館所在的成市——卡那茲市，隻有一步之遙了！