（二）加強電算化軟件應用控製。軟件應用控製是為了使電算化會計信息係統能適應會計處理的特殊要求而建立的各種能防止、檢測及更正錯誤和處置舞弊行為的控製製度。可分為輸入控製、處理控製和輸出控製三個部分。輸入控製的主要目的是保證輸入數據的合法性、完整性和準確性。處理控製的主要目的是保證數據計算的準確性和數據傳遞的合法性、完整性和一致性，主要是對業務處理程序、方法進行控製，包括軟件控製和硬件控製。要做到任何情況下數據都不會丟失、不損毀、不泄露、不被非法侵入。輸出控製是對係統的輸出結果進行控製，其主要目的是保證輸出數據的準確性，輸出內容的及時性和適用性，如用已結賬數據打印賬簿應給予必要的標識等。常用方法為檢查輸出數據是否準確、合法、完整；輸出是否及時，能否及時反映最新的信息；輸出格式是否滿足實際工作的需要等。軟件應用控製要求係統被破壞時，係統軟件具備緊急響應、強製備份、快速重構和快速恢複的功能。
（三）加強係統安全與網絡的安全控製。加強係統安全控製主要應從防止未經授權的人員擅自動用係統各種資源、減少因外界因素導致計算機故障等方麵人手。主要的控製措施包括：（1）訂立內部操作控製，禁止非電腦操作人員操作賬務專用電腦；（2）設置操作權限限製；（3）操作人員身份的密碼控製；（4）數據存儲和處理相隔離；（5）機房的工作環境保護。網絡安全控製包括數據保密、訪問控製、身份識別等。可采用包括：數據加密技術，訪問控製技術，認證技術等來控製。
（四）加強內部審計。內部審計既是公司、企業內部控製係統的重要組成部分，也是強化內部會計監督的有效手段。內部審計必須包括以下幾個方麵：①以會計資料定期進行審計，電算化會計賬務處理是否正確，是否遵照國家的有關法律、法規的規定，審核費用簽字是否符合有關內部控製製度等；②審查電子數據與書麵資料的一致性，如查看賬冊內容，做到賬表相符等；③監督數據保存方式的安全、合法性，防止發生非法修改曆史數據的現象；④對係統運行各環節進行審查，防止存在漏洞。
（五）加強電算化會計檔案管理工作。
在實行電算化g-it之後，會計憑證轉變為以文件、記錄形式儲存在磁性介質上，使會計核算處於無紙化狀態，修改數據也不留痕跡。而且電磁介質易受損壞，且有丟失或毀損的危險。所以電算化會計對會計檔案管理提出了更高的要求。不僅要保存好相關的紙質數據文件，還要保存、保管好已存儲在電子介質中的各種會計數據和計算機程序。在電算化會計情況下，除了打印輸出的賬、證、表以外，整個係統開發形成的全套文檔資料都屬於會計檔案的範疇。另外，對存有會計數據的有關介質也應妥善保管。
當然在加強電算化會計信係統內部控製的過程中，還應注意應在各部門配合下由財會部門立足於當前的實際需要，製定電算化會計信息係統內部控製製度；並嚴格遵守國家的有關規章製度；加強所有操作人員的職業素質。切實做好電算化會計下的內部控製工作。