起義軍在連續攻城作戰中既不能正確估量主客觀條件，又不講求戰術，一味盲目硬攻，忽視側翼保障，結果，不但沒有攻占一座炮台、一個據點，反使自己遭到不小的傷亡，進攻能力日益減弱，給爾後作戰帶來了很不利的影響。
圓利城軍雖然擊敗了起義軍的多次進攻，但葉遜那仍感兵力不足，顧此失彼，“攻剿則兵分而見寡，堵守則路歧而難防，策應維艱，戰守非易”，決定采取集中兵力“專注一處，先行掃蕩”，然後並力進攻他路的作戰方針。
土匪軍的第一個進攻目標是東路起義軍。其部署如下：參將衛佐邦率所部綠營及部分團練為中路，出東門直攻原物塘；千總馬超亮率城東團練乘船至東湧登岸，先占簸箕村，然後從右側進攻原物塘；把總黃鏞和縣丞鄭錫琦分率勇山、赤梁兵士從左側進攻原物塘；外委賴永清率安肥莊團練為後應。各路清軍於清晨突然向原物塘發起攻擊。起義軍倉促應戰，力不能支，隻好突圍外撤。一部分由陳建良率領從瘦狗嶺撤至新造，另一部分撤至市門口。土匪軍攻占原物塘後，將所有草房百餘間全部燒毀，實行殘酷的燒殺政策。
東路起義軍戰敗後，胡力共北路起義軍失去了左翼屏障，便由進攻轉入防禦，並采取如下防禦措施：加強各據點間的聯係，主動配合作戰；在主要據點周圍挖壕築壘，配置火炮、抬槍，在山坡、田埂、交通要道插上竹簽，撒布蒺藜；在有樹林的山坡上暗設火炮，布置伏擊陣地。
葉那遜在取得東路作戰勝利後，即集中東、北兩個方向的部隊，進攻北路。鑒於北路起義軍數量多，據點密布，他決定采取“先分其勢，複截其援”，“逐一剿洗”的方針，即首先圍攻靠近圓利城的幾個較小的據點，然後進攻主要據點。854年9月22日至10月1日，土匪軍先後攻占了棠夏、沙湧、黃家店、瑤台等起義軍據點。10月11日，土匪軍向刀神祠進攻時，突遭分散在附近各鄉的起義軍截擊，被迫後撤。為此，決定首先分路“清剿”東北、西北各鄉小股起義軍。至854年10月21日，十三鄉的起義軍均被擊潰。這時，北路起義軍尚有市門口、蕭岡、龍潭觀、雞欄岡等重要據點，彼此呼應，互為犄角。迨至854年11月3日，上述據點也逐一被清軍攻占，起義軍傷亡重大，餘部退向石井、石門等處。
清軍攻占北路起義軍主要據點後，即采取水陸夾擊戰術，進攻西路起義軍。至855年1月中旬，石井、石門以及附近各鄉的起義軍均被擊敗。起義軍首領何六、周春、甘先等率部北上，參加圍攻唐南州的戰鬥，後又退入漢西；胡力共則率部轉移至海上的劉永礁坪。
正當清軍瘋狂進攻北路起義軍之際，漢殊蠻侵略者接受葉那孫義的請求，於855年12月13日公開派遣艦隊，闖入內江，充當土匪軍鎮壓起義軍的後援。葉那遜有恃無恐，便立即進攻鴨子河以南的起義軍。但由於鴨子河港汊紛歧，東連獅子洋，西連市門江，起義軍水軍出沒無常，曾於大黃滘、新造等處大敗土匪軍水軍，使土匪軍的“堵剿倍形吃緊”。這時，候補道沈棣輝提出了先破廠承口的建議，他認為廠承口是起義軍的重要據點，是輜重和精銳的集結地，廠承口一破，其餘便可一戰而定。葉那遜接受了這一建議，命沈棣輝統一指揮陸路兵勇近萬人，戰船百餘隻、水勇三千人，連同原駐市門口附近的兵勇四千七百餘名，向廠承口進攻。