陰暗的小房間裏，一個戴著厚重眼鏡的少年一手拿著一台nds，另一手握著滑鼠點著，老舊的lcd幕畫麵中，正開著一款名叫“神奇寶貝的修改軟體，，旁邊的24寸液晶電視裏頭正放著永遠10歲的渣智被一新手慘虐的劇情。
小智這家夥到底要多不靠譜啊啊，都打到合眾地區了，連特性都還不知道，皮神竟然被一個新手完虐，這是何等的不科學啊，還是打nds吧，智爺一點都不靠譜啊，如果是我上，早就把那臭屁小鬼給虐的不要不要的。”少年看到智爺如此弱智的指揮，真的悶得慌，yy著自己在那個世界就好了。
墨夜——二十一世紀華夏國的普通宅男一枚，典型的新世紀四無處男死宅，父母早亡，木有親戚，木有朋友，更不用說女朋友了。平時除了工作賺取生活費以外，所有時間基本都放在看神奇寶貝和遊戲上，習慣yy自己變成主角如何呼風喚雨、霸氣側漏、狂拽炫酷吊炸天。拳打四大天王，腳踢冠軍，成為一代傳說
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yy一番之後也思緒也回到了現實，專心於口袋妖怪的修改器，奇魯莉安進化後真是美麗，我決定了，第一隻小精靈就是你了！
第一特性同步率，第二特性嘛就用複製，第三特性就用超感知，種族值，努力值滿佩戴上混勺，最後閃光變異，存檔，最強超能係小精靈誕生。
接下來又是一陣鼓搗，路卡利歐，裂咬陸鯊，索羅亞克，巨金怪還有噴火龍弄了幾個很受歡迎的平民寵物，無論賣相還是實力都很不錯，如果用神獸通關那是一丟丟的樂趣也沒有，直接碾壓，所以弄了平民寵當神獸養，從1級開始慢慢培養。
當他把所有的資料都儲存好後，將一旁的打開，開始了他神奇寶貝的旅途，隻是當他剛走出初始村子之時，發現遊戲中的角色完全無法操作，畫麵也停在那，無法動作，上畫麵跳出一個框框，是否開始遊戲。
小夜一頭霧水，難道是我太久沒玩口袋妖怪了麼，開頭還有提問的，雖然心存疑問但是對口袋妖怪的喜愛還是點了確認按鈕。點完之後畫麵全黑，就算重啟也沒用，我他麼幸幸苦苦改了這麼久的東西直接沒了，我的傳奇人生菜剛剛開始就沒了，沒了!
氣急敗壞的小夜正當要拍電腦泄憤的時候，滋啦~滋啦滋啦~”幾聲漏電的聲音過後。。。，一道白光閃過將他與電腦吸了進去，一切仍保持原來的狀態除了消失的電腦和某人外。
小夜此時感覺頭痛欲裂，欲吐欲嘔的感覺彌漫在心中，整個人昏昏沉沉的，很想再睡上一會，可是身邊偏偏就是有一個軟綿綿的聲音始終喊著他的名字。
‘’小夜，快點起來了，不管怎麼樣，今天的實戰練習你一定不能遲到哦，不然就畢不了業了！‘’隻見一個身材妖嬈，明豔動人的青春少女，正不停的搖晃著墨夜的胳膊。
“嗯？這是哪？”墨夜艱難的睜開雙眼，卻發現眼前的房間，並不是自己所熟悉的狗窩，而眼前這位嬌豔如花比明星還美的少女更是讓墨夜摸不著頭腦。
小夜迷糊的腦袋感到異常困惑，昨天不是在玩口袋妖怪麼，難道自己還在做夢？可是少女此時的言語動作，眉宇之間透露出的濃濃的關切，其溫暖如玉的觸感是那般的真實，很明顯這並不是做夢。在看少女那青澀的麵孔，那抹嬌羞以及緊閉著的雙腿，閱片無數的他可以十分確定以及肯定眼前的女孩依然是個原裝貨？！
滿懷疑惑的小夜剛準備起身詢問女孩，豁然之間，大腦就像被充氣一樣，膨脹起來！整個頭腦頓時變得欲痛欲裂，一時承受不過，大叫一聲，還沒來得及反應，就昏了過去。
“小夜，你怎麼了？不要嚇我！小夜...”小夜的突然昏迷，讓那明豔少女嚇了一跳，呼喊聲中不禁帶了一絲哭腔，隨即反應過來，立即開門跑出去找人幫忙。
“胖子，胖子不好了，墨夜暈倒了！”
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小夜感覺自己的腦海裏仿佛被塞進了一段信息量龐大的記憶，如同親身經曆過似得，種種場景在他腦海裏猶如電影一般，真實的放映；很久，很久，這部漫長而艱辛的15年的曆程才放映完畢！
這是一個出生在常磐市的孤兒，據說父母把他扔在孤兒院便離開了，自小就表現出不凡的戰鬥天賦，可是窘迫的家境根本支持不了男孩成為訓練師的夢想。而且時常受到別人的嘲笑，說他是沒人要的野種，每當這時小夜就會衝上去跟他們撕打在一起。
可是隨著小男孩的慢慢長大，他就越想實現心中訓練師的夢想，他想要站在那星光薈萃的舞台中央，在那萬眾矚目之下享受那萬丈榮光；他想站在這個世界上的實力的巔峰，要讓全世界都知道他的名字！
而想獲得聯盟的初始精靈需要支付5w精靈幣，這對一個小康家庭都是一個難題，更何況窘迫的孤兒院。
而平民唯一的方法就是考上精靈學院，神奇寶貝精靈學院，坐落於常磐市東部，是人們學習關於神奇寶貝的知識，比如神奇寶貝的各種狀態，各種屬性，還有對戰等等的學校，同時，是人們獲取神奇寶貝練師資格的地方。