闕本（舊錄有目而無經本）
合三百八十二部（請訪）七百二十五卷（二十部二十一卷訪得抄寫訖不入此數）
·閑居經十卷 晉世沙門竺法護譯
·海意經七卷 宋明帝世沙門法眷於廣州譯
·寶頂經五卷 宋明帝世沙門法眷於廣州譯
·如來恩智不思議經五卷 宋明帝世沙門法眷於廣州譯
·孛本經二卷 後漢世沙門支讖譯
·猛施經一卷（一名猛施道地經） 晉世竺法護譯
·仁王經一卷（重翻闕本） 陳世真諦譯
·阿闍貰女經一卷 晉世竺法護譯
·無憂王經一卷 宋元嘉年求那跋陀羅譯
·金益長者子經一卷 晉世竺法護譯
·離垢蓋經一卷 晉世竺法護譯
·慧明經一卷 晉世竺法護譯
·淨度三昧經一卷 晉世寶雲於楊州譯
·光味三昧經一卷 後漢世支讖譯
·嚴淨定經一卷（一名序世經） 晉世竺法護譯
·寶施女經一卷（一名須摩提法律三昧經） 晉世竺法護譯
·三密底耶經一卷 宋明帝世沙門法眷於廣州譯
·眾祐經一卷 晉世竺法護譯
·三轉月明經一卷 晉世竺法護譯
·十等藏經一卷 晉世竺法護譯
·惟逮菩薩經一卷 晉惠帝世沙門帛法祖譯
·普首童真經一卷 晉世竺法護譯
·淨六波羅蜜經一卷 晉世佛陀跋陀羅譯
·遺曰說般若經一卷 後漢世支讖譯
·決道俗經一卷 晉世竺法護譯
·廣義法門經一卷 陳世真諦於晉安佛力寺譯
·殖眾德本經一卷 晉世竺法護譯
·觀世音觀經一卷 沮渠安陽侯於高昌譯
·觀世音懺悔除罪咒一卷 南齊永明年沙門法意譯
·小法沒盡經一卷 晉世竺法護譯
·十二門大方等經一卷 吳黃武年支謙譯
·新賢劫經七卷（重翻闕本） 後秦弘始年羅什譯
·海龍王經四卷（重翻闕本） 晉世竺法護譯
·成具光明定意經一卷（重翻闕本） 後漢世支讖譯
·須賴經一卷（重翻闕本） 魏世白延譯
·大方等如來藏經一卷（一名佛藏方等重翻闕本） 晉惠帝法炬共法立譯
·光世音大勢至受決經一卷（重翻闕本） 晉世竺法護譯
·普門品經一卷（重翻闕本） 晉世隻蜜多譯
·睒本經一卷
·阿闍世女無憂施經一卷（重翻闕本） 晉世竺法護譯
·隨權女經二卷 晉世竺法護譯
·龍施女經一卷（重翻闕本） 吳黃武年支謙譯
·孔雀王神咒經一卷（重翻闕本貞觀九年入正目訖） 晉鹹康沙門白屍利蜜多譯
·孔雀王雜神咒經一卷（重翻闕本） 晉鹹康年沙門白屍利譯
·異了本生死經一卷（重翻闕本）
·菩薩十地經一卷（重翻闕本） 晉世竺法護譯
·得無垢女經一卷（重翻闕本貞觀九年入正目訖） 後魏興和三年瞿曇留支於相州譯
·維摩詰經一卷（重翻闕本） 晉世竺法護譯
·思維摩結經三卷（重翻闕本） 晉惠帝世竺叔蘭譯
·彌勒當來生經一卷（重翻闕本貞觀九年入正目訖）
·申日兜本經一卷（重翻闕本）
·失利越經一卷（重翻闕本）
·法鏡經二卷（重翻闕本） 吳黃武世支謙譯
·佛說兜沙經一卷（是如來名號品貞觀九年入正目訖） 後漢世支讖別譯
·菩薩十法經一卷（是十住品重翻闕本） 宋元嘉年沙門智猛於涼州譯
·諸菩薩本業經一卷（是淨行品重翻闕本） 晉世佛陀跋陀羅別譯
·佛藏大方等經一卷（一名開顯經見明難品重翻闕本）
·般涅槃經二十卷（重翻闕本） 宋元嘉年沙門智猛於涼州譯
·小阿差末經二卷（重翻闕本） 晉世竺法護譯
·無盡意經十卷（重翻闕本） 宋明帝世沙門法眷於廣州譯
·薩曇分陀利經一卷（是法花經寶塔品少品及提婆達多品重翻闕本）
·般舟三昧經一卷（是後十品重翻闕本） 後漢世支讖別譯
·佛說般舟三昧念佛章經一卷（是行品重翻闕本）
·出要經二十卷
·阿惟越致轉經十八卷
·摩訶衍經十四卷
·大忍辱經十卷
·行道經七卷
·正法花經六卷
·梵王請問經五卷
·三昧王經五卷
·佛從兜率降中陰經四卷
·魔王請問經四卷
·大梵天王請轉法輪經三卷
·釋提桓因所問經三卷
·法華光瑞菩薩現壽經三卷
·深斷連經二卷
·弘道經二卷
·大本藏經一卷
·無端底總持經一卷
·菩薩本行經一卷
·文殊觀經一卷
·內藏大方等經一卷
·太子法慧經一卷
·是光太子經一卷
·法誌女經一卷
·觀世音所說行法一卷
·持身菩薩經一卷（一名持身經）
·金剛女菩薩經一卷
·善意菩薩經一卷
·佛寶三昧經一卷
·金剛三昧經一卷
·文殊師利權變三昧經一卷（一名權變經）
·彌勒經一卷
·小安般舟三昧經一卷
·小阿闍世王經一卷
·小須賴經一卷
·四無畏經一卷
·菩薩十漚和經一卷
·十漚和經一卷
·普義經一卷 晉世竺法護譯
·六法行經一卷
·菩薩常行經一卷
·菩薩等行經一卷
·善德經一卷
·阿陀三昧經一卷
·阿多三昧經一卷
·百寶三昧經一卷
·提謂經一卷
·十思惟經一卷
·分別六情經一卷
·隨迦羅問菩薩經一卷
·瑞應觀世音經一卷
·功德寶光菩薩問護持經一卷
·自在王菩薩問如來境界經一卷
·目佉經一卷
·菩薩道地經一卷
·方等決經一卷
·讚七佛偈經一卷
·阿彌陀佛偈一卷
·後出阿彌陀佛偈一卷（貞觀九年入正目訖）
·迦旃延偈經一卷（一名迦旃延說法沒盡偈百二十章貞觀九年入正目訖）
·雜華經一卷