經過第一次千年戰爭，道門已經成為修行界唯一的領導者和俗世事實上的領導者。道門認為，下一次接引固然重要，但更重要的是建立天下新秩序，防止第一次千年戰爭的悲劇重演，才是保證人類種族延續的關鍵。
必須盡量削弱俗世政權是道門的第一共識。道門從不曾忘記周國一國獨大、周國皇族稱雄俗道兩界從而給俗道兩屆帶來的慘痛教訓，他們一麵繼續對周國遺族斬盡殺絕，一麵盡可能阻止俗世政權的統一，並在道門法典中立下鐵律：普通人不得修行，身有離識者方可修行，而修行者不得在俗世為王，也不能從軍做官。並從此嚴把修行入境這第一道關口，設立五大道院，未經身份檢視和通過道院試者自行入境修行者，皆殺無赦。
其次為了加強道門力量，集中資源衝擊大道試，同時也防止俗世外欲對於修行者的影響，道門下令盡遷天下修行宗派入桃園。繼而又將數百宗派強行兼並重組為三十六堂，受道門總殿直轄。再後來，為了去蕪存菁、提高效率、讓修行天才們少走彎路，道門又組織總殿長老花費百餘年時間整理歸納天下所有的修行功法，編製出八百道藏，分為術武兩科，作為道門正宗的修行功法，天下所有修行者隻能擇一修行。凡是未被列入八百道藏的功法，皆被列為邪法，予以禁毀。包括對道門取得第一次千年戰爭起到重大作用的血誓陣法，也因其過於血腥殘忍、易於引誘控陣者沉浸於專製獨裁而被禁止。
專製和獨裁，是那時道門最大的禁忌。
可在有些人看來，恰恰是道門在專製和獨裁。
這些人包括俗世裏有野心的國王與權臣，還有不甘於被道門兼並的小宗派，更多的是一些年輕的修行者。
公道的講，道門的這些舉措確實對人類有利。但是，道門從一個臨時的反抗組織發展至今，早已經成了一個機構龐大、構成錯綜複雜的龐然大物，自然會有自己的利益，也必然會全力維護自己的利益，然後和不符合自己利益的其他團體發生衝突。
這似乎是人類社會任何組織發展的必然結果。
國王和權臣們想要開疆辟土，想要一統天下，再不濟也想通過修行追求長生長壽，能更久的品嚐權力的美味，更久的享受金錢美女的滋味。
而那些小宗派們，則向往著能進入道門的總殿、八觀，哪怕是三十六堂。即便不能，也希望能夠保有自己的宗派，寧當雞頭不做鳳尾。
而與道門衝突最激烈的就是那些普通的年輕修行者。在第一次千年戰爭之前，修行界如百花盛開，宗派多達數百，修行功法更是不計其數，有天賦的年輕人便有了無數選擇，有了無數的機會，即便在大宗派無法出人頭地，也可另投別宗一試身手。這門功法不適合自己，更有無數的選擇從頭再來。便是普通人也可以修行，並可以此作為在俗世出仕為官、出人頭地的資本。可現在道門一統，世上絕大多數的普通人被斷絕了修行的機會。便是能夠修行，途徑隻剩下了術武兩科，千軍萬馬過獨木橋，無數年輕人被湮沒在教條刻板、一成不變的道院修行中，便是少數天才，與那些道門世家、高層的子弟相比，即便同修一門功法，可是修行的環境、老師、藥物、法寶等方麵的巨大差別，足以讓大多數天才變成庸才、庸才變成蠢才。更別提道門以人類存亡、種族大義突擊培養的精英人才，幾乎全是世家、高層子弟。
所以對於大多數出身平凡的年輕人來說，周國皇族在時，還能靠著自己的努力拚出一份前途。而在道門治下，一個比周國皇族龐大無數倍的利益集團封堵了他們幾乎所有的機會，他們的修行還有什麼意義？
當這種矛盾無法調和時，第二次千年戰爭爆發。
相比上次戰爭，第二次千年戰爭堪稱道門內戰。道門裏的小宗派和大多數年輕人脫離道門，自組光明神教，也就是道門口中的魔教。與此同時，俗世的諸多小國或主動、或被動的卷入了修行者的戰爭。不過與大周帝國相比，這些小國的實力孱弱而且分散，無法影響戰爭的大局。
這場戰爭從一開始便與上次戰爭有著巨大的區別。畢竟人類自相殘殺導致上次大道試險象環生的教訓尚有餘悸，下次大道試關乎人類存亡，所以就算徹底撕破了臉誰也不敢下死手，尤其是對於人類的希望——也就是那些高境修行者更是如此。喬異人與魔教教主之戰，境界之高和激烈程度堪比幽王與沈燎的千古第一戰，卻沒有如後者般打出同生共死的結果，魔教教主認輸，喬異人便翩然而去，後人對此無法理解，在當時所有人卻都認為理所應當。
一邊是矛盾無法調和，一邊卻沒法下死手，這場戰爭自然是打得拖拖拉拉、沒完沒了，可以說到今天也沒結束。畢竟被道門視為叛逆和魔教的光明神教盡管實力大損，甚至快兩百年都沒選出一個教主，進而四分五裂，但仍然與道門對峙至今。
不過這場戰爭對俗世的影響甚大。支持魔教的小國盡被消滅殆盡的同時，道門也逐漸發現過於分裂的俗世政權對於修行者有害無益，便主動引導支持道門的俗世政權，通過各種方式吞並組合，天下數十個小國最終形成了齊楚秦燕趙魏韓七國，並延續至今。
道門表麵上是這場戰爭事實上的勝利者，可是諸多矛盾和變化也在潛移默化中孳生並發展，並深刻的影響著道門的發展與決策。
最顯著的一個變化，就是作為當初道門嚴把修行入口而設立的五大道院，因為是天下所有正統修行者唯一的入口和道門各大機構人才來源唯一的出口，實力和影響愈發凸顯，已經超過了三十六堂，與道門中樞八大道觀相比也不遑多讓，更成了道門與世俗聯係的指定機構。